Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法
picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下:
Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158:1872 101
解决办法:在命令行最后再加上 VALIDATION_STRINGENCY=LENIENT
可成功运行
Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法的更多相关文章
- 使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法:
使用IDEA操作Hbase API 报错:org.apache.hadoop.hbase.client.RetriesExhaustedException的解决方法: 1.错误详情: Excepti ...
- flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错:UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte解决方法
flask+sqlite3+echarts2+ajax数据可视化报错: UnicodeDecodeError: 'utf8' codec can't decode byte 解决方法: 将 py文件和 ...
- 【pycharm】pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法
pycharm上安装tensorflow,报错:AttributeError: module 'pip' has no attribute 'main' 解决方法 解决方法: 在pycharm的安装目 ...
- mycat重启报错Failed to connect to the Wrapper at port解决方法
报错信息 ERROR | wrapper | 2018/05/11 14:01:55 | Startup failed: Timed out waiting for a signal from the ...
- Python报错UnicodeDecodeError: ascii codec can t decode byte 0xe0 ...解决方法
用命令(python setup.py install)安装webpy时候总是报错 在网上搜索到的解决方法如下: 1. 这是Python 2 mimetypes的bug 2. 需要将Python2.7 ...
- 启动tomcat时,报错:IOException while loading persisted sessions: java.io.EOFException解决方法
报错原因:加载持久化session错误,tomcat加载时读取的文件是是*.ser,session序列化文件,文件的位置是tomcat\work\Catalina\localhost,找到sessio ...
- 编译lua5.3.2报错提示libreadline.so存在未定义的引用解决方法
从官网上下载5.3.2的源码后,make linux进行编译,提示报错: gcc -std=gnu99 -o lua lua.o liblua.a -lm -Wl,-E -ldl -lreadline ...
- 安装SQl Server 报错 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 ServicePack 1" 解决方法
前言 之前装Sql Server都没遇到过这样的问题, 昨天重装了系统之后, 然后安装SQl Server 报错,提示 "需要 Microsoft.NET Framework 3.5 Ser ...
- MFC项目中:报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点”解决方法
编译的时候,报错:“fatal error LNK1561: 必须定义入口点” 解决方案1: 右键->属性->链接器->高级->入口点,设置成:WinMainCRTStartu ...
随机推荐
- css3圣诞雪景球
本来想多做几个了 无奈最近太忙 于是模仿做了一个在codepen看到的圣诞雪景球 算是送给自己的圣诞礼物 演示地址:http://www.qdfuns.com/notes/26668/d5e177 ...
- Service实时向Activity传递数据案例
转自 http://www.cnblogs.com/linjiqin/p/3147764.html 演示一个案例,需求如下:在Service组件中创建一个线程,该线程用来生产数值,每隔1秒数值自动加1 ...
- HTML 基础知识
HTML 语言格式:1<标签名>内容</标签名> <标签名 属性>2<标签名></标签名>3<标签名/> 知识点:静态与动态网页 ...
- javascript-- test() 匹配正则 与 逻辑运算符 “!”
在使用正则表达式验证"时分秒"的时候遇到了一个问题,因为业务需求,需要提供两个input 给用户输入开始时间和结束时间. js 代码: var regtime=/^([0-1]?[ ...
- 使用Mysql Workbench 画E-R图
MySQL Workbench 是一款专为MySQL设计的ER/数据库建模工具.你可以用MySQL Workbench设计和创建新的数据库图示,建立数据库文档,以及进行复杂的MySQL 迁移.这里介绍 ...
- 北京培训记day5
高级数据结构 一.左偏树&斜堆 orz黄源河论文 合并,插入,删除根节点 打标记 struct Node { int fa,l,r,w,dep } tree[Mx]; int Merge(in ...
- Scrum Meeting 20161209
本周Sprint Master 史少帅 会议概要 工作总结: · 陈双, 王永超: 打分功能合并到主分支并且测试成功 · 鲍航波 录音上传.下载接口封装完成,可供调用 · 侯宇泰, 史少帅: 修复录音 ...
- PHP 信号管理
.note-content { font-family: "Helvetica Neue", Arial, "Hiragino Sans GB", STHeit ...
- Jenkins 安装FAQ
1.对路径的访问被拒绝,如: 解决办法:以管理员模式进入DOS命令窗口,参考Jenkins安装中的第4步: 2.服务不能启动,提示: 解决办法:启动Windows Service(InstallU ...
- 第八章 交互技术,8.1 VR电商购物(作者:宋五)
8.1 VR电商购物 前言 GM LAB在2016年3月成立,是一个旨在探索最新电商购物体验的实验室.在探索VR购物的过程中,有两个需要核心解决的问题:一个是VR购物的产品形态是什么,另一个是VR环境 ...