GATK4 检测的SNP标记,有些位点会在检测过程中完成 phasing,在后续做基因型填充的时候有坑. GATK4 phasing 结果的缺失位点不是 ./. 也不是 .|.  而是直接变成一个单独的点:下图黄线标记出来的部分,上面是原始结果,下面是修改后结果. 基于此后续做 phasing 才能顺利进行. 最后附上处理脚本: 1 use strict; 2 open A,"gzip -dc $ARGV[0]|"; 3 open U,"| gzip > $ARGV[1…

公众号:SAP Technical 本文作者:matinal 原文出处:http://www.cnblogs.com/SAPmatinal/ 原文链接:[MM系列]SAP里批量设置采购信息记录删除标记   前言部分 用事务代码MEMASSIN(或者使用MASS,选择对象类型BUS3003即可) 操作步骤 选择表EINA,在选择字段LOEKZ,然后执行 放入你要设置的信息记录或者根据相应的选择条件进行筛选,执行 单机“选择字段”按钮可以添加你需要的条件进行筛选. 最后运行出来的界面里进行的删除标记…

Pandas提供了duplicated.Index.duplicated.drop_duplicates函数来标记及删除重复记录 duplicated函数用于标记Series中的值.DataFrame中的记录行是否是重复,重复为True,不重复为False pandas.DataFrame.duplicated(self, subset=None, keep='first') pandas.Series.duplicated(self, keep='first') 其中参数解释如下: subse…

标记字段 代码中有时候有这种需求:需要一个公共访问的标记字段,以下称为标记字段. 下面是案例: 一个订单详情页面,如果页面在显示中,程序中其它地方需要访问这个"正在查看中"的订单信息,订单详情页面打开和关闭时负责设置和清除公共字段所标记的订单对象.在像Android这样的设备上,假设页面可以打开多个,但是用户只会看到最上面的一个,那么此时只有处在任务栈最上面的OrderDetailActivity对象在其onStart和onStop中负责标记的订单的设置.假设有1和2两个详情页面依次被…

背景: 今天被人文集forwarded和forwarding记录的事情. 简单介绍: 当堆表跟新某一个列的时候发现,不够放了,那么就在那行记录上标记forwarding,并把数据放到另外一个page,行被标记上forwarded. 有<深入解析 sql server 2008> 可以看 p272,里面稍微有点提及 关于page的资料: 可以查看 http://www.sqlskills.com/blogs/paul/inside-the-storage-engine-anatomy-of-a-…

在libsvm和liblinear软件包里有一个C函数叫libsvmread,这个函数的作用是把如下格式的文本文件\begin{align*} 1 & \ \ *:* \ \ *:* \\ -1 & \ \ *:* \ \ *:* \end{align*}读取进MATLAB,将第一列的$1,-1$串存成一个类标记向量,之后的特征存成矩阵. 但是有一些多标记数据集是保存成如下格式的\begin{align*} 1,3,6 & \ \ *:* \ \ *:* \\ 0,3,8 &…

AA记录: 将域名指向一个IPv4地址(例如:100.100.100.100),需要增加A记录 NSNS记录: 域名解析服务器记录,如果要将子域名指定某个域名服务器来解析,需要设置NS记录 SOASOA记录: SOA叫做起始授权机构记录,NS用于标识多台域名解析服务器,SOA记录用于在众多NS记录中标记哪一台是主服务器 MXMX记录: 建立电子邮箱服务,将指向邮件服务器地址,需要设置MX记录.建立邮箱时,一般会根据邮箱服务商提供的MX记录填写此记录 TXTTXT记录: 可任意填写,可为空.一般做…

ADDTABLE 在当前数据库中添加一个自由表 APPEND 在表的末尾添加一个或多个新记录 APPEND FROM ARRAY 由数组添加记录到表中 APPEND FROM 从一个文件中读入记录,追加到当前表的尾部 APPEND GENERAL 从文件中导入OLE对象并将其放入通用字段中 APPEND MEMO 将文本文件的内容复制到备注字段中 APPEND PROCEDURES 将文本文件中的存储过程追加到当前数据库中 AVERAGE 计算数值表达式或字段的算术平均值 BLANK 清除当前记…

* 记录和统计时间(微秒)和内存使用情况 * 使用方法: * <code> * G('begin'); // 记录开始标记位 * // ... 区间运行代码 * G('end'); // 记录结束标签位 * echo G('begin','end',6); // 统计区间运行时间 精确到小数后6位 * echo G('begin','end','m'); // 统计区间内存使用情况 * 如果end标记位没有定义,则会自动以当前作为标记位 * 其中统计内存使用需要 MEMORY_LIMIT_ON…

题意 概括为主席树区间加区间询问 题解 记录一下标记永久化的方法.每个点存add和sum两个标记,表示这个区间整个加多少,区间和是多少(这个区间和不包括祖先结点区间加) 然后区间加的时候,给路上每结点的sum更新,然后到达完整区间后更新add.询问的时候把路径上所有结点(不包括自己)的add加起来乘以区间长度,再加上sum 大概思想就是:区间内的加法用sum维护,区间外的加法询问的时候再考虑贡献 #include <algorithm> #include <cstdio> usin…

本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图. 本文使用自己的数据,因为安装R包后使用内置数据集运行出结果较容易,但是自己的数据就可能会有一些不大不小的“坑”,我替你们趟了... 一 载入R包 数据 数据为内置CEUData保存后,进行了“细微”的处理(去掉SNP碱基之间的“/”),这种基因型文件很常见: library("LDheatmap…

本文转载自InnoDB 的记录结构和页结构 概述 InnoDB将数据划分为若干个页,以页作为磁盘和内存之间交互的基本单位,中页的大小一般为16KB.也就是在一般情况下,一次最少从磁盘中读取16KB的内容到内存中,一次最少把内存中的16KB内容刷新到磁盘中. MySQL 里共有四种行格式: Compact Redundant Dynamic Compressed 指定行格式的方法 CREATE TABLE 表名 (列的信息) ROW_FORMAT=行格式名称 ALTER TABLE 表名 ROW_…

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_…

目录 研究一:G19833组装,2014NG 研究二:BAT 93组装,2016 genome biology 菜豆属(Phaseolus L.)为同源二倍体作物,包含有80 多个物种,多数为野生种,仅有5 个栽培种,分别为普通菜豆(P. vulgaris L.).多花菜豆(P. cocineus L.).利马豆(P. lunatus L.).丛林菜豆(P. dumosus L.)和宽叶菜豆(P. acutifolius L.),其中普通菜豆在世界范围内种植范围最广.栽培面积最大.食用人群最多.…

目录 1. 前言 2. BLUP方法 ABLUP GBLUP ssGBLUP RRBLUP 3. 贝叶斯方法 BayesA BayesB BayesC/Cπ/Dπ Bayesian Lasso 4. 机器学习 支持向量机 集成学习 深度学习 5. 其他模型 RKHS GWAS-assisted GS 非加性效应 多变量模型 多组学 6. 小结 参考资料 1. 前言 在介绍GS模型之前,我们有必要先来了解一下混合线性模型(Mixed Linear Model,MLM).混合线性模型是一种方差分量模…

目录 什么是基因组选择? 基因组选择技术的发展 基因组选择的原理和流程 基因组选择的模型 基因组选择的展望 参考资料 什么是基因组选择? 基因组选择(Genomic Selection,简称GS)这一概念由挪威生命科学大学的Theo Meuwissen 教授于2001年提出.它是一种利用覆盖全基因组的高密度分子标记进行选择育种的新方法,可通过构建预测模型,根据基因组估计育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)进行早期个体的预测和选择,从而缩短世代间隔…

目录 1.GWAS模型 1.1卡方检验 1.2 相关性系数的t检验 1.3 一般线性模型GLM 1.4 混合线性模型MLM 1.5 压缩混合线性模型CMLM 1.6 SUPER 1.7 FarmCPU 1.8 Blink 2.GS模型 2.1 MAS 2.2 GBLUP 2.3 GBLUP的扩展(ssBLUP,sBLUP,cBLUP) 2.4 rrBLUP 2.5 rrBLUP的扩展(Bayes类) 2.6 BLUP vs Bayes 3.GWAS和GS模型比较 最近看了不少统计基因组方面的资料…

全基因组选择(Genomic selection, GS)是一种利用覆盖全基因组的高密度标记进行选择育种的新方法,可通过早期选择缩短世代间隔,提高育种值(Genomic Estimated Breeding Value, GEBV)估计准确性等加快遗传进展,尤其对低遗传力.难测定的复杂性状具有较好的预测效果,真正实现了基因组技术指导育种实践. 原理 常规育种手段主要利用性状记录值.基于系谱计算的个体间亲缘关系,通过最佳线性无偏估计(best linear unbiased predication…

在Web服务开发中,服务端缓存是服务实现中所常常采用的一种提高服务性能的方法.其通过记录某部分计算结果来尝试避免再次执行得到该结果所需要的复杂计算,从而提高了服务的运行效率. 除了能够提高服务的运行效率之外,服务端缓存还常常用来提高服务的扩展性.因此一些大规模的Web应用,如Facebook,常常构建一个庞大的服务端缓存.而它们所最常使用的就是Memcached. 在本文中,我们就将对Memcached进行简单地介绍. Memcached简介 在介绍Memcached之前,让我们首先通过一个示例…

10-6. TPT继承模型中使用存储过程 问题 想在一个TPT继承模型中使用存储过程 解决方案 假设已有如Figure 10-6所示模型. 在模型里, Magazine(杂志) and DVD继承于基类Media(媒体,译注:示例数据库中的表名其实为:Medium,你在做例子或是下文代码出现Medium,请自己辨别). 在数据库里,每个实体各自有一个表,我们用TPT方式为为些表建模.我们想用一个存储过程从数据库中为这些模型来获取数据. Figure 10-6. A model using Tab…

转载:http://freeloda.blog.51cto.com/2033581/1288553 大纲 一.前言 二.环境准备 三.安装与配置Nginx 四.Nginx之反向代理 五.Nginx之负载均衡 六.Nginx之页面缓存 七.Nginx之URL重写 八.Nginx之读写分离 注,操作系统为 CentOS 6.4 x86_64 , Nginx 是版本是最新版的1.4.2,所以实验用到的软件请点击这里下载:http://yunpan.cn/QXIgqMmVmuZrm 一.前言 在前面的几…

转载自:http://www.wowotech.net/kernel_synchronization/linux2-6-11-RCU.html 一.前言 无论你愿意或者不愿意,linux kernel的版本总是不断的向前推进,做为一个热衷于专研内核的工程师,最大的痛苦莫过于此:当你熟悉了一个版本的内核之后,内核已经推进到一个新的版本,你曾经熟悉的内容可能会变得陌生(这里主要说的是该模块的内部实现,实际上,内核中的每一个子系统都是会尽量保持接口API的不变).怎么应对这种变化呢?一方面,具体的实现…

提到session,大家肯定会联想到登录,登录成功后记录登录状态,同时标记当前登录用户是谁.功能大体上就是这个样子,但是今天要讲的不是功能,而是实现.通过探讨session的实现方式来发掘一些可能你之前不知道的有趣的事情.为 了记录session,在客户端和服务器端都要保存数据,客户端记录一个标记,服务器端不但存储了这个标记同时还存储了这个标记映射的数据.好吧,还是说 点白话吧,在客户端记录的其实是一个sessionid,在服务器端记录的是一个key-value形式的数据结构,这里的key肯定是…

TCP 是一个面向连接的协议,无论哪一方向另一方发送数据之前,都必须先在双方之间建立一条连接.本节将详细讨论一个TCP 连接是如何建立的以及通信结束后是如何终止的. 建立一个 TCP 连接 TCP使用三次握手 ( three-way handshake ) 协议来建立连接,图 3-10 描述了三次握手的报文序列.www.2cto.com 这三次握手为: 请求端(通常称为客户)发送一个 SYN 报文段( SYN 为 1 )指明客户打算连接的服务器的端口,以及初始顺序号( ISN ). 服务器发回包…

1.实现首先我们先简单理解一下RBAC,顾名思义,RBAC是基于角色的权限设计.既然根据角色去分权限,那么我们就得有角色表,权限表,角色对应权限表,这是最基本的.角色是什么,就是你的身份,你的职位,也就是一个用户拥有这个身份才能获得某种权力.插一句,角色下辖的是用户,一个角色组可以有多个用户,一个用户也可能有多个角色,多对多的关系.打开RBAC.class.php,你会发现官方已经告诉你,需要准备的东西.首先是配置文件需要设置的东西如下: // 配置文件增加设置 // USER_AUTH_ON …

最近在研究thinkphp框架发现其中有好多东西很值得借鉴今天看了一下函数G()很适合调试出页面执行的时间和使用的内存情况具体的代码如下 <?php /** * 记录和统计时间(微秒)和内存使用情况 * 使用方法: * <code> * G('begin'); // 记录开始标记位 * // ... 区间运行代码 * G('end'); // 记录结束标签位 * echo G('begin','end',6); // 统计区间运行时间 精确到小数后6位 * echo G('begin',…

dnspython 是Python实现的一个DNS工具包,支持几乎所有的记录类型,可以用于查询,传输并动态更新ZONE信息,同时支持TSIG(事务签名)验证消息和EDNS0(扩展DNS).可以替代nslookup,dig等工具. #pip安装 pip3 install dnspython #最新版本v1.15.0 模块域名解析方法详解 dnspython提供了大量的DNS处理方法,最常用的是域名查询. dnspython提供了一个DNS解析器类------resolver,使用它的 query方…

在ThinkPHP中有许多使用简便的单字母函数(即快捷方法),可以很方便开发者快速的调用,但是字母函数却不方便记忆,本文将所有的字母函数总结一下,以方便以后查找. 1.U() URL组装 支持不同URL模式 U($url='',$vars='',$suffix=true,$domain=false) @param string $url URL表达式,格式:'[模块/控制器/操作#锚点@域名]?参数1=值1&参数2=值2...'   @param string|array $vars 传入的参数…

ThinkPHP3.2 G函数代码及 使用方法 代码: // 内存是否可调用 define('MEMORY_LIMIT_ON',function_exists('memory_get_usage')); /** * 记录和统计时间(微秒)和内存使用情况 * 使用方法: * <code> * G('begin'); // 记录开始标记位 * // ... 区间运行代码 * G('end'); // 记录结束标签位 * echo G('begin','end',6); // 统计区间运行时间 精确…

大纲 一.前言 二.环境准备 三.安装与配置Nginx 四.Nginx之反向代理 五.Nginx之负载均衡 六.Nginx之页面缓存 七.Nginx之URL重写 八.Nginx之读写分离 注,操作系统为 CentOS 6.4 x86_64 , Nginx 是版本是最新版的1.4.2,所以实验用到的软件请点击这里下载:http://yunpan.cn/QXIgqMmVmuZrm 一.前言 在前面的几篇博文中我们主要讲解了Nginx作为Web服务器知识点,主要的知识点有nginx的理论详解.ngin…