生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(非循环子图) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 这个算法理解细节理解比较困难,建议看孙啸的生物信息学相关章节. 2. 算法要求所有序列覆盖整个目标DNA,并保证相邻片段有足够的覆盖连接(引自孙啸 生物信息学). 3. 最后推导出符合条件的序列构成的有向图没有回路,并有哈密顿路径. 4. 利用拓扑排序,得到顶点的有序排列. 5. 组装. 贴上Python代码,发现问题我会及时更正. 转载请保留出处! 简单DNA序列组装(非循环子图) # -*-…

生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边: 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边: 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边: 4. 重复上述步骤,得到所有符合条件的边: 5. 拼接得到的边: 6. 加入孤立点(如果有). 附上Python代码,如果有问题我会及时更正(确实不太熟算法) DNA序列组装(贪婪算法) 转载请保留出处! # -*- coding: utf-8 -*- """ Crea…

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i…

在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取.在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能. 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: >>> seq="ATGATATAGtatatatgCAAGAGg" >>> subseq = seq[1:6] >>> subseq "TGATA" 注意,切片操作是“0…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_4af3f0d20100fq5i.html 短序列组装(Sequence assembly)几乎是近年来next-generation sequencing最热门的话题.简单来说,就是把基因组长长的序列打断(shotgun sequencing),因为我们不知道基因组整条序列是如何排列(成一条链,最后成为一条染色体)组合(如何区分不同染色体)的,而我们又无法实现一次 把整条长序列完整测序(现在有单子测序可能是一个新的sunlig…

All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful to identify repeated sequences within the DNA. Write a function to find all the 10-letter-long seq…

C代码实现非循环单链表, 直接上代码. # include <stdio.h> # include <stdlib.h> # include <malloc.h> //C代码实现非循环单链表 //定义链表结点 typedef struct Node{ int data;//数据域 struct Node* pNext;//指针域 }* PNODE,NODE; //函数声明 PNODE initHead(void); void init(PNODE pHead) ; bo…

http://blog.csdn.net/jj12345jj198999/article/details/8951120 coursera上 web intelligence and big data 终于布置了HW7,这一次的要求是对一系列DNA序列进行预测,具体说明如下: Data Analytics Assignment (for HW7) Predict the Ethnicity of Individuals from their Genes   ===================…

题目描述: 一个DNA序列由A/C/G/T四个字母的排列组合组成.G和C的比例(定义为GC-Ratio)是序列中G和C两个字母的总的出现次数除以总的字母数目(也就是序列长度).在基因工程中,这个比例非常重要.因为高的GC-Ratio可能是基因的起始点. 给定一个很长的DNA序列,以及要求的最小子序列长度,研究人员经常会需要在其中找出GC-Ratio最高的子序列. 输入 输入一个string型基因序列,和int型子串的长度 输出 找出GC比例最高的字串 样例输入 AACTGTGCACGACCTGA…

大意: 一个DNA序列是环状的,这意味着有N个碱基的序列有N种表示方法(假设无重复).而这N个序列有一种最小的表示,这个最小表示的意思是这个序列的字典序最小(字典序的意思是在字典中的大小 比如ABC<ACB,B<BCD,EF<G) 方法:在一个序列中从任意两个位置开始,产生的序列的大小是可以比较的.然后利用这种比较方法找出最小值 #include <iostream> using namespace std; #define MAX 105 int lessthan(char…