martini-新分子的参数化】的更多相关文章

http://jerkwin.github.io/2016/10/10/Martini%E5%AE%9E%E4%BE%8B%E6%95%99%E7%A8%8BMol/ 对新分子的参数化可以分为两种情况,一种是基于已知片段对新分子进行参数化,一种是基于全原子力场模拟对新分子进行参数化. 基于已知片段对新分子进行参数化:为一个含有已知片段, 但尚未被描述过的新分子构建Martini拓扑. 图1 非对称"流星锤"脂分子族, 大亲水端葡萄糖通过烷烃链与小亲水端连接 首先, 将图1中的分子拆分为…
参数化测试与Mock 转载自https://blog.csdn.net/sunliduan/article/details/42026509 单元测试概念 说到测试,大家都不会陌生,从我们开始学习编程开始,就知道测试.测试和编程就像两个双胞胎似的,可是,显然我们更钟情于双胞胎中的一个--编程.一些人可能对测试了然于胸,却匮乏于行动,一些人也可能对测试只是闻其名不知其意.下面这篇博文就是给大家在零基础上讲解一下Java中单元测试的使用. 首先来说说,究竟什么是单元测试?单元测试是指对软件中的最小可…
1.0 前言 ​ JUnit 4引入了一项名为参数化测试的新功能.参数化测试允许开发人员使用不同的值反复运行相同的测试. 1.1 参数化设置 这里我们直接上例子吧. 题目: ​ 输入小写的字符串.如字符串前缀为ab开头,则将前缀ab替换为ef并打印出替换后字符串,返回文字"替换前缀后的字符串为:"和替换后字符串值:如后缀为cd并且前缀不为ab,替换字符串中所有cd为gh并打印出替换后字符串,返回文字"替换cd后的字符串为:"和替换后字符串值:否则全部字母大写输出,返…
NeurIPS 2018 中的贝叶斯研究 WBLUE 2018年12月21日   雷锋网 AI 科技评论按:神经信息处理系统大会(NeurIPS)是人工智能领域最知名的学术会议之一,NeurIPS 2018 已于去年 12 月 3 日至 8 日在加拿大蒙特利尔市举办.来自 Zighra.com 的首席数据科学家在参加完此次会议之后,撰写了一篇关于贝叶斯研究的参会总结,雷锋网 AI 科技评论编译整理如下. 此次会议支持现场直播,所有讲座的视频内容均可以在 NeurIPS 的 Facebook 主页…
摘要:人工智能在数据密集型应用中取得了成功,但它缺乏从有限的示例中学习的能力.为了解决这一问题,提出了少镜头学习(FSL).利用先验知识,可以快速地从有限监督经验的新任务中归纳出来.为了全面了解FSL,我们进行了一项调查研究.我们首先要澄清对FSL的正式定义.进而得出不可靠经验风险最小化是FSL的核心问题.基于如何利用先验知识来处理核心问题,我们将不同的FSL方法分为三类:数据利用先验知识来增加监督经验,模型利用先验知识来约束假设空间,算法利用先验知识改变对假设空间中最优假设参数的搜索.在这种统…
目录 01 Introduction Bridging this gap between AI and humans is an important direction. FSL can also help relieve the burden of collecting large-scale supervised data. Driven by the academic goal for AI to approach humans and the industrial demand for…
转自:http://www.cnblogs.com/richardcuick/p/5627298.html 拥护型原型   你自然而然地就会被社会.政治和环境问题所吸引. 你认为世界需要改变. 你承诺要在有生之年做一些有脚趾的事情. 你决心解决社会问题. 当看到或是听到有人或是有动物遭到虐待.环境遭到破坏,你会为此采取行动,改变这种状况. 一旦发现问题,你会马上考虑解决问题的方式. 你会为某一组织或事业的困境忧心. 你的工作范围与社会活动家有重叠,其中涉及法律.社会工作.卫生保健或是社区发展等范…
Given two integers representing the numerator and denominator of a fraction, return the fraction in string format. If the fractional part is repeating, enclose the repeating part in parentheses. For example, Given numerator = 1, denominator = 2, retu…
之前一直都很迷惑pow()函数时怎么实现的,对于整数次的幂我还能很容易做到,但是对于分数次幂就不是那么好做了.需要一些高等数学级数的知识. 我这里实现了求ln(x), pow(double x, double y), exp(x), sin(x), cos(x), sinh(x), cosh(x), tanh(x), arctanh(x)等一些常见的函数功能.具体请看代码 /*============================================================…
Hitchhiker 是一款开源的 Restful Api 集成测试工具,你可以在轻松部署到本地,和你的team成员一起管理Api. 详细介绍请看: http://www.cnblogs.com/brookshi/p/7440663.html 在线体验: http://www.hitchhiker-api.com/, 可以用 try without login 来免登录使用. 这次版本主要是增加一些体验方面的更新: request的header提示及自动完成 request的header种类基本…
JUnit最佳实践 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 public class CardServiceTest {     /**      * 最佳实践:      * 1. 测试方法上必须使用@Test进行修饰      * 2. 测试方法必须使用public void 进行修改,不能带任何的参数      * 3. 新建一个源代码目录存放我们的测试代码,测试类的包和被测试的一致      * 4. 测试单元中每个方法必须独立测试,不能有任何…
在介绍junit之前,把一些知识点提前了解一下 单元测试是一个对单一实体(类或方法)的测试. 测试用例(Test Case)是为某个特殊目标而编制的一组测试输入.执行条件以及预期结果,以便测试某个程序路径或核实是否满足某个特定需求. 测试套件:通常把一组相关的测试称为一个测试套件(test suite).    通过测试套件,将服务于同一个测试目的或同一运行环境下的一系列测试用例有机的组合起来.测试套件是按照测试计划所定义的各个阶段的测试目标决定的,即先有测试计划,后面才有测试套件. 回归测试是…
前言 JUnit 是一个回归测试框架,被开发者用于实施对应用程序的单元测试,加快程序编制速度,同时提高编码的质量. JUnit 测试框架具有以下重要特性: 测试工具 测试套件 测试运行器 测试分类 了解 Junit 基础方法 加入依赖 在 pom.xml 中加入依赖: <dependency> <groupId>junit</groupId> <artifactId>junit</artifactId> <scope>test<…
"数字口袋精灵app"二次开发 目录: 一.项目github总仓库推送 二.开发成员 三.分工与合作 四.各模块成果 五.心得墙 六.团队成员贡献分 内容: 一.项目github总仓库: https://github.com/LiangZhilin/We-have-bing 二.开发人员: 223孙海林(商软2班) 225江志彬(商软2班) 256林集团(商软2班) 224颜文生(商软2班) 404曹嘉琪(商软1班) 142梁植淋(商软1班) 三.分工与合作: 林集团.颜文生:负责该安…
Ioc 器管理的应用程序设计,前奏:容器属于哪里?   我将讨论一些我认为应该应用于“容器管理”应用程序设计的原则. 模式1:服务字典 字典或关联数组是我们在软件工程中学到的第一个构造. 很容易看到使用依赖注入组成对象的字典和IoC容器之间的类比: 未使用容器 使用容器 这两看起来不同的是: 一些花哨的新术语'Register'和'Resolve'被使用,而不是索引器访问 记录器是通过反射创建的,在相互依赖的情况下保存一些打字和配置代码 如果你进入一个已经建立了依赖注入容器的项目,并且必须弄清楚…
首语: 此文实现客观的评测了使线性化的反转深度的效果.整篇只在表明反转可以线性化,解决距离增加带来的增长问题,有多少优势--%! 我的天呢!我竟然完整得翻译了一遍. 使用标记点地图构建SLAM的方法,有一种EKFmonocularSLAM的存在,可以不使用BA直接完成稀疏场景地图重建,详细方法和代码见官网:http://www.openslam.org/ EKF-SLAM使用EKF方法,所使用的方法参考两篇论文: Long Description        This code contain…
1.集合的理解和好处 2.集合的框架体系图 ★ 3.Collection接口的特点和使用 ★ 4.List和Set接口的特点和使用★ 5.List接口的实现类学习★ 6.Set接口的实现类学习★ 7.Map接口的特点和使用★ 8.Map接口的实现类学习★ 9.Collections工具类的使用★ 10.泛型的使用★ 0.集合的学习思路 层面1:应用层面 √ 可以掌握重点的集合类的使用步骤 层面2:理解层面[面试前掌握] 理解ArrayList的源码 理解HashMap的源码 掌握: Collec…
程序分析:抓住分子与分母的变化规律:分子a:1,2,3,5,8,13,21,34,55,89,144...分母b:2,3,5,8,13,21,34,55,89,144,233...分母b把数赋给了分子a,同时自己与分母的和(a+b)变成新分子赋给分母b. 代码: #include<stdio.h> int main() { , b = , i, j, n; float s = 0.0; printf("请输入项数:\n"); scanf_s("%d",…
转载自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w6xg.html 自我学习总结: 1.打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域. 2.围绕x轴旋转90:rotat x by 90  (或者rotat x to 90) 3.原子颜色设置+动力学键:      用fortran编写成lammps文件,可以识别原子类型,比如系统原子类型是1和2,点击VMD Main-Graphics-Colors-Cate…
摘要:华为云数据库高级内核技术专家详解GaussDB(for MySQL)Partial Result Cache特性,如何通过缓存中间结果对算子进行加速? 本文分享自华为云社区<GaussDB创新特性解读:Partial Result Cache,通过缓存中间结果对算子进行加速>,作者:GaussDB 数据库 . 为了加速查询性能,传统的关系型数据库,比如Oracle.DB2,都有结果集缓存的特性,用来缓存一条查询语句的结果集.如果后续同样的语句被查询,数据库将直接从结果集缓存中获取结果,而…
部分内容来自http://jerkwin.github.io/9999/08/01/Martini%E7%B2%97%E7%B2%92%E5%8C%96%E5%8A%9B%E5%9C%BA%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%86%8C/ 参考了Martini官网的一些内容http://cgmartini.nl/ Martini力场是一种适用于生物分子体系分子动力学模拟的粗粒化(CG, coarse-grain)力场, 该力场采用系统化的方式进行参数化,结合了"自上而下&…
若干年前读研的时候,学院有一个教授,专门做群蚁算法的,很厉害,偶尔了解了一点点.感觉也是生物智能的一个体现,和遗传算法.神经网络有异曲同工之妙.只不过当时没有实际需求学习,所以没去研究.最近有一个这样的任务,所以就好好把基础研究了一下,驱动式学习,目标明确,所以还是比较快去接受和理解,然后写代码实现就好了.今天就带领大家走近TSP问题以及群蚁算法. 机器学习目录:[目录]数据挖掘与机器学习相关算法文章总目录 本文原文地址:群蚁算法理论与实践全攻略——旅行商等路径优化问题的新方法 1.关于旅行商(…
值参数化测试允许您使用不同的参数测试代码,而无需编写同一测试的多个副本. 假设您为代码编写测试,然后意识到您的代码受到布尔参数的影响. TEST(MyCodeTest, TestFoo) { // A code to test foo(). } 通常人们在这种情况下将他们的测试代码考虑为具有布尔参数的函数. 该函数设置标志,然后执行测试代码: void TestFooHelper(bool flag_value) { flag = flag_value; // A code to test fo…
LR性能测试之参数化设置 Q:何为参数化? LR在录制程序运行的过程中,VuGen(脚本生成器) 自动生成了包含录制过程中实际用到的数值的脚本,如果你企图在录制的脚本中使用不同的数值执行脚本的活动(如查询.提交等等),那么你必须用参数值取代录制的数值,这个过程叫做参数化.通俗讲,就是把脚本中一个数值,通过读取文件或者数据库的方式进行替换. Q:为什么要参数化?   最直白讲就是为了模拟数据的真实性.一些提交数据我们想让它提交内容每次都有不同的变化,那么可以对提交内容进行参数化,常见到的如一些系统…
为进一步了解这种连接性产生的差异,在认识soma这个独立的逻辑单元后,进化过程设计了一整套系统设计来使用这个逻辑单元.为促成细胞体之间发生连接构成系统dendrite和axon之间的连接需要引入新的功能单元Synapses.Synapse叫做突触,书上说得特别好,这玩意是特指细胞间通讯的部位,它本身不是一种细胞,而是细胞之间的连接点. 输入和输出的信号沿着神经纤维一直传递,这种单一材质内的活动(这种信号估计是离子迁移,我看的资料没咋说清楚)按照最快120m/s的速度在Dendrite和Axon中…
  LR在录制程序运行的过程中,VuGen(脚本生成器) 自动生成了包含录制过程中实际用到的数值的脚本,如果你企图在录制的脚本中使用不同的数值执行脚本的活动(如查询.提交等等),那么你必须用参数值取代录制的数值,这个过程叫做参数化. 以下为参数化过程:     在编写好的脚本里面,选中要替换的字段,右键-替换为参数       新建参数后,要 创建表.才能编辑,设置相关属性         参数化过程比较简单,参数化时复杂的是对参数属性的设置.主要是以下两个属性的组合. select  next…
基数评估 目录 基数评估 说明 基数评估准确的重要性 模型假设 启用新的基数评估 验证基数评估的版本 在迁移到新的基数评估前要测试 校验基数评估 偏差问题 需要手动处理的变化 避免因为新的CE造成性能下降 SQL Server 2014中的修改 增加多个谓词的相关性的假设 修改超出统计信息范围的评估 Join评估算法修改 Join包含(Containment)假设的修改 不同值计数评估的变化 诊断输出 新基数评估的调优方法 修改数据库兼容级别 使用跟踪标记 基础调优方法 说明 查询优化器的目的是…
转载至: http://www.cnblogs.com/lzrabbit/archive/2012/04/21/2460978.html 错误认识1.不需要防止sql注入的地方无需参数化 参数化查询就是为了防止SQL注入用的,其它还有什么用途不知道.也不关心,原则上是能不用参数就不用参数,为啥?多麻烦,我只是做公司内部系统不用担心SQL注入风险,使用参数化查询不是给自己找麻烦,简简单单拼SQL,万事OK 错误认识2.参数化查询时是否指定参数类型.参数长度没什么区别 以前也一直都觉的加与不加参数长…
Power Query和Power Map是微软前不久在WPC上发布的Power BI中新的针对Excel的功能.借助这两样功能,自助式BI将更方便你发现和处理数据并且丰富数据的可视化功能. Power Query和Power Map的前身分别是Data Explorer和GeoFlow,这两样功能在SQL Server 2014 CTP1里都有提到.结合Power Pivot和Power View,这四大功能组成了微软最新的Power BI系列. 本文源自微软商业智能官方博客里的内容,主要演示…
对参数化的取值,只有一个用户的情况能分清,但是多用户多迭代就搞不懂,特意使用Parameter List中自带的参数化模拟器Simulate Parameter进行简单的实验,3条数据 + 4个用户 + 4次迭代,具体情况如下. 3条数据准备如下,Select column采用的By number :1. Sequential & Each iteration 注:此时“Continue with last value”失效 Sequential & Each Occurrence 模拟器…