二分答案,(具体可见http://blog.csdn.net/neither_nor/article/details/51669114),然后就是判定问题,sa和sam都可以做,用sam写了一下,先用sam建后缀树,然后用主席树维护right集合就好了,每次判断把对应节点倍增到深度为mid的点,然后看一下他的子树里有没有right在对应区间的点就好了. (前几天用sa写了一下,bz能A,洛谷一直WA,有空重构吧...) #include<iostream> #include<cstrin…

佳媛姐姐过生日的时候,她的小伙伴从某东上买了一个生日礼物.生日礼物放在一个神奇的箱子中.箱子外边写了 一个长为\(n\)的字符串\(s\),和\(m\)个问题.佳媛姐姐必须正确回答这\(m\)个问题,才能打开箱子拿到礼物,升职加薪,出任CE O,嫁给高富帅,走上人生巅峰.每个问题均有\(a,b,c,d\)四个参数,问你子串\(s[a..b]\)的所有子串和\(s[c..d]\)的最长公 共前缀的长度的最大值是多少?佳媛姐姐并不擅长做这样的问题,所以她向你求助,你该如何帮助她呢? Input 输入…

传送门 题意:给一个字符串SSS. 有mmm次询问,每次给四个参数a,b,c,da,b,c,da,b,c,d,问s[a...b]s[a...b]s[a...b]的所有子串和s[x...y]s[x...y]s[x...y]的最长公共前缀是多少. 思路:先翻转字符串转化为求最长公共后缀. 设现在求s[a...b]s[a...b]s[a...b]的所有子串和s[x...y]s[x...y]s[x...y]的最长公共后缀是多少. 然后二分答案,设最长公共后缀为s[y−mid+1...y]s[y-mid+…

SAM,即Suffix Automaton,后缀自动机. 关于字符串有很多玩法,有很多算法都是围绕字符串展开的.为什么?我的理解是:相较于数字组成的序列,字母组成的序列中每个单位上元素的个数是有限的.对于有限的东西,相较于无限的东西就会具有一些奇妙的性质.最简单的,就是序列扩展成的树每个节点的儿子数是有限的.所以根据这个,从字符串Hash,到KMP,再到Suffix Array,Suffix Automaton,纷纷诞生. 后缀数组在处理字符串上相当于一把好钢,他能应付在字符串的大多数问题.那么…

SAM感觉写起来比SA更直观(?) #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstring> #include <cmath> #include <cstdlib> #include <algorithm> #define ll long long #define N 600005 using namespace std; inline int read(){ int ret=0…

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670…

后缀自动机一·基本概念 时间限制:10000ms 单点时限:1000ms 内存限制:256MB 描述 小Hi:今天我们来学习一个强大的字符串处理工具:后缀自动机(Suffix Automaton,简称SAM).对于一个字符串S,它对应的后缀自动机是一个最小的确定有限状态自动机(DFA),接受且只接受S的后缀. 小Hi:比如对于字符串S="aabbabd",它的后缀自动机是: 其中红色状态是终结状态.你可以发现对于S的后缀,我们都可以从S出发沿着字符标示的路径(蓝色实线)转移,最终到达终…

Description 佳媛姐姐过生日的时候,她的小伙伴从某东上买了一个生日礼物.生日礼物放在一个神奇的箱子中.箱子外边写了 一个长为n的字符串s,和m个问题.佳媛姐姐必须正确回答这m个问题,才能打开箱子拿到礼物,升职加薪,出任CE O,嫁给高富帅,走上人生巅峰.每个问题均有a,b,c,d四个参数,问你子串s[a..b]的所有子串和s[c..d]的最长公 共前缀的长度的最大值是多少?佳媛姐姐并不擅长做这样的问题,所以她向你求助,你该如何帮助她呢? Input 输入的第一行有两个正整数n,m,分别…

在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字(Read的名字) 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1     序列是一对序列中的一个 2     比对结果是一个pair-end比对的末端 4     没有找到位点 8     这个序列是pair中的一个但是没有找到位点 16   在这个比对上的位点,序列与参考序列反向互补 32   这个序列在pair-end中的的mate序列与参考序列反响互补 64   序列是 mate 1 128 序列是 m…

这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '…