5.4利用RFLP和SNP绘制遗传图 因为限制性标记可以确定那个分子水平上的突变(即已知基因座),但是无法和蛋白质功能相联系.所以我们采用限制性标记的多态性,即该限制酶识别的位点若发生突变,则大概率在该基因座附近,所以可以将这些位点和表型相联系.所以可以据此判断遗传病的突变位点(因为突变在靶基因附近,所以酶限制位点在靶基因附近)和判定两个基因是否重组(若发生重组,则限制酶位点转移) 因为RELP利用序列长度从而定位距离(例如DNA指纹(DNA fingerprinting),就是比较亲子之间染色…

转自声明的奥秘 www.lifeomics.com DNA甲基化与肿瘤发生:         DNA甲基化水平和模式的改变是肿瘤发生的一个重要因素.这些变化包括CpG岛局部的高甲基化和基因组DNA低甲基化状态.如图1左所示,在正常细胞中,位于抑癌基因启动子区域的CpG岛处于低水平或未甲基化状态,此时抑癌基因处于正常的开放状态,抑癌基因不断表达抑制肿瘤的发生.而在肿瘤细胞中,该区域的CpG岛被高度甲基化,染色质构象发生改变,抑癌基因的表达被关闭,从而导致细胞进入细胞周期,凋亡丧失,DNA修复缺陷,…

SNP/单核苷酸多态性分析 SNP(Single Nucleotide Polymorphism),即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态.一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因.SNP在人类基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点.有些SNP位点还会影响基因的功能,导致生物性状改变甚至致病.单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源.进化及迁移等方面)和疾病相关基因…

本文隶属于AVR单片机教程系列.   单片机的应用场景时常涉及到模拟信号.我们已经会使用ADC把模拟信号转换成数字信号,本讲中我们要学习使用DAC把数字信号转换成模拟信号.我们还将搭建一个简单的功率放大器电路,用DAC通过扬声器播放音乐. SPI总线 集成DAC的单片机不多,ATmega系列就不在此列.我们将要使用的10位ADC是通过SPI总线通信的,因此我们先来学习SPI总线. SPI是一种同步串行通信总线,支持全双工通信.所谓同步,就是有时钟信号,类似上一讲中的595和165,并且硬件实现上…

代码也需要有秩序,就像世界需要秩序,基于SOLID architecture principles. 一.SOLID原则 S.O.L.I.D.是一组面对面向对象设计的最佳实践的设计原则.术语来自Robert C.Martin的著作Agile Principles, Patterns, and Practices in C#,代表了下面五个设计原则: (1)SRP(Single Responsibility Principle): 单一责任原则: (2)OCP(Open Closed Princi…

在程序设计领域,一个广泛认可的定义是“一种将不同的特殊行为和单个泛化记号相关联的能力”.和纯粹的面向对象程序设计语言不同,C++中的多态有着更广泛的含义.除了常见的通过类继承和虚函数机制生效于运行期的动态多态(dynamic polymorphism)外,带变量的宏,模板,函数重载,运算符重载,拷贝构造等也允许将不同的特殊行为和单个泛化记号相关联,由于这种关联处理于编译期而非运行期,因此被称为静态多态(static polymorphism). 静态多态性 1. 函数重载与缺省参数 (1)函数重…

转自:http://www.cnblogs.com/kunhu/p/3631285.html 在程序设计领域,一个广泛认可的定义是“一种将不同的特殊行为和单个泛化记号相关联的能力”.和纯粹的面向对象程序设计语言不同,C++中的多态有着更广泛的含义.除了常见的通过类继承和虚函数机制生效于运行期的动态多态(dynamic polymorphism)外,带变量的宏,模板,函数重载,运算符重载,拷贝构造等也允许将不同的特殊行为和单个泛化记号相关联,由于这种关联处理于编译期而非运行期,因此被称为静态多态(…

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

DNA甲基化检测服务 DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,真核生物中的甲基化仅发生于胞嘧啶,即在DNA甲基化转移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶转变为5'-甲基胞嘧啶.DNA甲基化通常抑制基因表达,去甲基化则诱导了基因的重新活化和表达.这种DNA修饰方在不改变基因序列前提下实现对基因表达的调控.脊椎动物DNA的甲基化状态与生长发育调控密切相关,比如在肿瘤发生时,抑癌基因CpG岛以外的CpG序列非甲基化程度增加, CpG岛中的CpG则呈高度甲基化状态,导致抑癌基因…

定义 主要指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性. 在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性.即:在不同个体的同一条染色体或同一位点的核苷酸序列中,绝大多数核苷酸序列一致而只有一个碱基不同的现象. 首先来看看多态性(polymorphism)的英文解释 Polymorphism the quality or state of existing in or assuming different forms: such as: a variation in a…

来源:Kerson Huang, Lectures on Statistical Physics and Protein Folding, pp 24-25 把双链DNA解开就像拉拉链.设DNA有\(N\)个链环(link),每个链环有两种状态:闭合着或打开着,后一种状态比前一种状态的能量高\(\Delta\).打开的链环连续地排在一起,闭合的链环连续地排在一起,如下图所示.由于热涨落,链环会自发闭合或打开.问:打开的链环平均有多少? DNA的拉链模型 DNA的可能状态用打开的链环数目标记,\(…

首先是昨天在北京大学oj网上看到一个简单的算法题目,虽然简单,但是如何完成一段高效.简洁.让人容易看懂的代码对于我这个基础不好,刚刚进入计算机行业的小白来说还是有意义的.而且在写代码的过程中,会发现自己平时学习中不会发现的问题,所以想写下这个博客,主要是便于自己对算法的理解. 来,上题. DNA Sorting Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 91599   Accepted: 36781 Descript…

题目给m个病毒串,问不包含病毒串的长度n的DNA片段有几个. 感觉这题好神,看了好久的题解. 所有病毒串构造一个AC自动机,这个AC自动机可以看作一张有向图,图上的每个顶点就是Trie树上的结点,每个结点都可以看作是某个病毒串的前缀,Trie树的根则是空字符串. 而从根出发,在AC自动机上跑,经过k次转移到达某个结点,这个结点所代表的病毒串前缀可以看作长度为k的字符串的后缀,如果接下去跑往ATCG四个方向转移,就能到达新的结点,转移到新的长k+1字符串的后缀. 这样带着一个后缀状态的转移就能绕开…

题目一串DNA最少需要修改几个基因使其不包含一些致病DNA片段. 这道题应该是AC自动机+DP的入门题了,有POJ2778基础不难写出来. dp[i][j]表示原DNA前i位(在AC自动机上转移i步)且后缀状态为AC自动机结点j的最少需要修改的基因数 转移我为人人型,从dp[i][j]向ATCG四个方向转移到dp[i+1][j'],如果结点被标记包含致病基因就不能转移. #include<cstdio> #include<cstring> #include<queue>…

题目地址:http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1560 BFS题解:http://www.cnblogs.com/crazyapple/p/3218107.html 构造一个串,使得它包含所有的给定DNA序列,并且要求长度最短.采用dfs策略,对于每个串定义1个指针,当全部指针为串尾时判断构造的长度,由于状态空间过大,但是又存在冗余搜索,可以用迭代加深将状态减少.最长待构造长度 + 当前长度 < 迭代的最大深度则直接return,大大减少了状态数.…

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1560 DNA sequence Time Limit: 15000/5000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 732    Accepted Submission(s): 356 Problem Description The twenty-first century is a…

DNA Sequence Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 11860   Accepted: 4527 Description It's well known that DNA Sequence is a sequence only contains A, C, T and G, and it's very useful to analyze a segment of DNA Sequence,For ex…

DNA repair Time Limit: 2000MS Memory Limit: 65536KB 64bit IO Format: %I64d & %I64u Description Biologists finally invent techniques of repairing DNA that contains segments causing kinds of inherited diseases. For the sake of simplicity, a DNA is repr…

参考: SSR标记 分子标记开发与筛选之SSR SSR 分子标记开发策略及评价 SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展 SSR(Simple Sequence Repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物PCR为基础的分子标记技术,也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列. 生物的基因组中,特别是高等生物的基因组中含有大量的重…

问题描述: 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题. 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度. 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D:空格可以插入到任意的位置(包括两端),但是相同位置不能同时为空格,也即是不存在C[i]和D[i]同时为空格的情况.然后为对齐后的序列的每个位置打分,总分为每个位置得分之和,具体的打分规则如下: a.如果C[i] == D[i…

引用自NCBI的概念(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/docs/rs_attributes.html#gmaf) Global minor allele frequency (MAF):  dbSNP is reporting the minor allele frequency for each rs included in  a default global population. Since this is being provided…

函数说明: 1. .hist 对于Dataframe格式的数据,我们可以使用.hist直接画出直方图 对于一些像年龄和工资一样的连续数据,我们可以对其进行分段标记处理,使得这些连续的数据变成离散化 就好比:我们可以将0-9岁用0表示 10-19用1表示 20-29用2表示 ... 下面我们对一个年龄数据进行了分段标记处理 代码: 第一步:导入数据 第二步:对年龄特征使用.hist画出直方图,直方图本身也是一个分段的过程 第三步:使用np.floor(/10)取整,将比如5岁的年龄计算后为0 第四…

DNA甲基化测序方法介绍 甲基化 表观遗传学 DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能.遗传印记.胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一. DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最 DNA 甲基化是表观遗传学(Epigenetics)的重要组成部分,在维持正常细胞功能.遗传印记.胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要作用,是目前新的研究热点之一. DNA 甲基化及CpG岛 DNA 甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一,可能存…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA复制相关实验 一. 1.聚合酶活力测定 掺入法 膜结合法 1)DNA聚合酶以标记的dNTP为底物反应 2)分离dNTP 硝酸纤维素滤膜(带正电) 点样 缓冲溶液洗脱dNTP 50mmol·L-1 N…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的突变和修复 一.复制错误及修复 1.突变的本质 点突变 大范围插入.缺失 染色体结构整体重排 与转座子插入,细胞重组异常活动有关 染色体上有重组热点 微卫星DNA极易发生突变 如CA二核苷酸序列重…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580?from=search&seid=16993146754254492690 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al DNA的复制,染色体组装 一.Replication Enzymes 复制酶 1.酶结构: 手状结构.thumb不动,而finger动. 手掌:①聚合作用. β折叠片层 2个二价金属离子(Mg2+orMn…

DNA序列编码中Hairpin的定义和计算 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文献 [1] 张凯. DNA计算核酸编码优化及算法设计[D]. 2008. [2] Shin, Soo Yong , et al. "Multiobjective evolutionary optimization of DNA sequences for reliable DNA computing." IEEE Transactions on Evolutionary Compu…

从官网搬过来的 囧rz 哈工大讯飞语言云 由哈工大 和科大讯飞 联合研发的中文自然语言处理云服务平台.结合了哈工大“语言技术平台——LTP” 高效.精准的自然语言处理核心技术和讯飞公司在全国性大规模云计算服务方面的 丰富经验,显著提升 LTP 对外服务的稳定性和吞吐量,为广大用户提供电信级稳定 性和支持全国范围网络接入的语言云服务,有效支持包括中小企业在内开发者的商 业应用需要. 作为基于云端的服务,语言云具有如下一些优势: 免安装:用户无需调用静态库或下载模型文件,只需要根据API参数集构造H…

DNA Sequence Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 65536K Total Submissions: 19991   Accepted: 7603 Description It's well known that DNA Sequence is a sequence only contains A, C, T and G, and it's very useful to analyze a segment of DNA Sequence,For ex…

DNA binding motif比对算法 2012-08-31 ~ ADMIN 之前介绍了序列比对的一些算法.本节主要讲述motif(有人翻译成结构模式,但本文一律使用基模)的比对算法. 那么什么是基模么?基模是对DNA结合位点的一种描述.它有几种描述方式,一种是共同序列(consensus sequences)一种是位点倾向距阵(Position Specific Frequency Matrices(PSFM))而对于PSFM,有两种表示方式,一种叫PCM,一种叫PFM,前者是Positi…