做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

利用ffmepg提取视频帧实际上是利用C#调用ffmepg命令行进行处理对应的视频,然后输出出视频帧 GetPicFromVideo("); static public string GetPicFromVideo(string VideoName, string WidthAndHeight, string CutTimeFrame) { string ffmpeg = @"E:\ffmpeg\bin\ffmpeg.exe";//ffmpeg执行文件的路径 string P

原文地址 网易博客 前一段时间看到一篇文章"利用Matlab提取图图片中的数据",觉得思路挺好,遂下载下来研究了一番,发现作者所编写的程序没有考虑原始图片非水 平放置的情况,而实际扫描图片时,将图片完全放置水平难度较大... 同时作者也没有考虑对数坐标的情况,且程序GUI界面不太人性化,操作有点不习惯.因此借着作者良好意愿,对其程序进行了改进~ 2011-6-9 shanyunh@QQ.com 考虑一张非水平无变形的曲线图,现将其曲线数据取出来,步骤如下:

正则表达式是一个特殊的字符序列,它能帮助你方便的检查一个字符串是否与某种模式匹配. Python 自1.5版本起增加了re 模块,它提供 Perl 风格的正则表达式模式. re 模块使 Python 语言拥有全部的正则表达式功能. compile 函数根据一个模式字符串和可选的标志参数生成一个正则表达式对象.该对象拥有一系列方法用于正则表达式匹配和替换. re 模块也提供了与这些方法功能完全一致的函数,这些函数使用一个模式字符串做为它们的第一个参数. 如何利用正则表达式提取文中特定内容呢? 函数

利用python开发了一个提取sim.log 中的各个关键步骤中的时间并进行统计的程序: #!/usr/bin/python2.6 import re,datetime file_name='/home/alzhong/logs/qtat1/R2860.01.13/sim-applycommitrollback-bld1.log' file=open(file_name,'r') acnum=[];time_res=[];lnum=0 def trans_time(time): t1=datet

说明: ①Elm格式: PLMD ID    Uniprot Accession    Position     Type     Sequence   Species    PMIDsPlMD编号 Uniprot数据库编号         位点 翻译后修饰类型 序列信息 物种 PMID PLMD-1   O00115     52     Ubiquitination  MIPLLLAALLCVPAGALTC Homo sapiens   21963094;23266961 ②代码说明:从上述

在B站看到一个up发的病名为爱的钢琴曲,感觉很好听,然后当然是要加入歌单啊.然而不知道怎么转换成mp3,找来找去找到了EFFmpeg 这篇只是达到了我简单的需求,以后可能会有EFFmpeg更详细的使用案例.下面开始了. 一.下载B站视频, 链接:病名为爱 下载之后是 .blv 格式(我的手机是这个格式) 二.下载 EFFmpeg 官网直接搜索,我电脑是win10,下载之后解压将bin文件夹加入环境变量,在cmd中输入 ffmpeg -version  显示版本号即为安装成功. 三.文件转换 cm

最近在学Jmeter,遇到需要登录之后才能进行下一步操作的场景,网上查了各位大神的资料,东拼西凑总算是做好满足需求了,写一下经过和步骤吧. 一.正常调用 按正常流程添加线程组.HTTP请求(登录和添加).HTTP请求默认值.HTTP信息头管理器等,然后跑看看能不能通过. 添加失败,试着在同一个线程组下添加HTTP Cookie 管理器,看看能不能成功: 通过了.但是现在线程数是和循环次数都是1,如果循环次数是1000次,那也登录接口也要调用1000次,影响性能测试结果,这个时候可以把登录单独放到

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v

代码段: 1.执行clob转String public static String ClobToString(Clob sc) throws SQLException, IOException { String reString = ""; Reader is = sc.getCharacterStream(); // 得到流 BufferedReader br = new BufferedReader(is); String s = br.readLine(); StringBuff

年前有点忙,没来的及更博,最近看爬虫正则的部分 巩固下 1.爬取的单页面:http://blog.csdn.net/column/details/why-bug.html 2.过程 解析url获得网站源代码 3.找到文章标题列表和文章url(a标签下’href'属性)组成列表 4.for循环取出 #解析用到的还是urlllib urllib2两个模块 并加了个header请求表头 代码及过程如下: #coding:utf-8 import re import urllib import urll

前言 正则表达式的基础知识就不说了,有兴趣的可以点击这里,提取一般分两种情况,一种是提取在文本中提取单个位置的字符串,另一种是提取连续多个位置的字符串.日志分析会遇到这种情况,下面我会分别讲一下对应的方法. 一.单个位置的字符串提取 这种情况我们可以使用(.+?)这个正则表达式来提取. 举例,一个字符串"a123b",如果我们想提取ab之间的值123,可以使用findall配合正则表达式,这样会返回一个包含所以符合情况的list. 代码如下: ? 1 2 3 4 import re s

这里使用filebeat直连elasticsearch的形式完成数据传输,由于没有logstash,所有对于原始数据的过滤略显尴尬(logstash的filter非常强大). 但是由于业务需求,还是需要将message(原始数据)中的某些字段进行提取,具体方式如下: 1. /path/目录下建立pipeline.json文件 { "description" : "test-pipeline", "processors" : [ { "g

源正文: [p=24, null, left][color=#000][font=宋体]近日,香港著名漫画家马荣成在香港举办的"[color=#ff660][url=http://cul.china.com.cn/2013-08/04/content_6179875.htm#]风云[/url][/color]盛宴"上宣布封笔,并宣布即将完结连载24年的<风云>漫画.[/font][/color][/p][p=24, null, left][color=#000][font=

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

转自原文 利用ArcGIS水文分析工具提取河网(转) DEM包含有多种信息,ArcToolBox提供了利用DEM提取河网的方法,但是操作比较烦琐(帮助可参看Hydrologic analysis sample applications),今天结合我自己的使用将心得写出来与大家分享.提取河网首先要有栅格DEM,可以利用等高线数据转换获得.在此基础上,要经过洼地填平.水流方向计算.水流积聚计算和河网矢量转化这几个大步骤. 1．洼地填平 DEM洼地(水流积聚地)有真是洼地和数据精度不够高所造成的洼地.

1.创建对象 Selector类的实现位于scrapy.selector模块,创建Selector对象的时候,可以将页面的Html文档字符串传递给Selector构造器方法 2.选中数据 调用Selector对象的xpath或者css方法(传入xpath或者css选择器表达式),可以选中文档中的某一部分 xpath和css方法返回的是一个SelectorList对象,其中包含每个被选中部分对应的Selector对象,SelectorList支持列表接口,可以使用for循环迭代访问其中的每一个Se

0x01 前言 通常情况下,即使拥有管理员权限,也无法读取域控制器中的C:\Windows\NTDS\ntds.dit文件.那么什么是ntds.dit呢? ntds.dit文件是一个数据库,用于存储Active Directory数据,包括有关用户对象,组和组成员身份的信息.它包括域中所有用户的密码哈希.通过提取这些哈希值,可以使用诸如Mimikatz之类的工具执行哈希传递攻击,或使用诸如Hashcat之类的工具来破解这些密码.这些密码的提取和破解可以脱机执行,因此将无法检测到.一旦攻击者提取了

  在我们进行事件抽取的时候,我们需要触发词来确定是否属于某个特定的事件类型,比如我们以政治上的出访类事件为例,这类事件往往会出现"访问"这个词语,但是仅仅通过"访问"这个触发词来判断是否属于出访类事件是不可靠的,比如我们会碰到以下情况: 通过上面的例子,我们知道,像访问速度,访问量这种文档虽然出现了访问,但却不属于政治上的出访类事件.因此,这时候我们需要借助文本分类模型来判断,显然,这是一个二分类模型.   本文将会讲述如何利用BERT+DNN模型来判断文档是否属

之前看过某个同学的一篇有关与使用JSoup解析学校图书馆的文章,仔细一看,发现竟然是同校!!既然对方用的是java,那么我也就来个C#好了,虽然我的入门语言是java. C#没有JSoup这样方便的东西,我也没有仔细去找,因为只要利用正则表达式,同样可以很好的解析网页内容而不需要其他帮助.现在做前端的程序员,如果正则表达式不熟悉,反而去依赖第三方的话,感觉很可惜! 这是我们学校图书馆的登录界面的body: <body onload="bodyload()"> <for