1.在linux中安装好R 2.准备好画曼哈顿图的R脚本即manhattan.r,manhattan.r内容如下: #!/usr/bin/Rscript #example : Rscript plot_manhatom.r XXX.assoc XXX.pdf argv <- commandArgs() #define the function to plot the manhatton and quantitle-quantitle plot plot_manhatton<-function(

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo

Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 982  Solved: 635[Submit][Status][Discuss] Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个

Input four integer x1, y1, x2, y2, which is mean that the coordinates of two points A(x1, y1), B(x2, y2). [0 <= x1,y1,x2,y2 <= 10000] Please output manhatton distance between the two points. output format:there is an "\n" behind the manhat

03:基因相关性 总时间限制:  1000ms 内存限制:   65536kB 描述 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性,经常需要将几条不同序列的DNA进行比对,以判断该比对的DNA是否具有相关性. 现比对两条长度相同的DNA序列.首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对,如果一个碱基对中的两个碱基相同的话,则称为相同碱基对.接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例,如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的,否则不相关. 输入 有三行,第一行是用来判定出两条DNA序列

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的

1.  首先我们通过一些方法得到了如下的数据,基于篇幅以及为了教学隐去了其他一些信息. 2. 选中表达数据,执行 开始—条件格式—色阶 选择一个合适的色阶: 3. 选择好颜色之后得到了如下结果:

题目描述 Description 小毛终于来到了冥王星,这是一颗已经不属于行星的矮行星,它的表面温度低于-220度.在这里,小毛惊奇的发现,他带来的厌氧菌开始了基因变异,裂变的速度与光照时间(秒)成乘积关系,公式如下:细菌个数=原个数*时间(秒),而如果关闭照明,则细菌停止繁殖裂变.现在已知n个细菌,经过m段光照时间后,一共有多少个细菌呢? 输入描述 Input Description 第一行为两个整数N,M(均小于1000),第2行为m个时间段的时间(均小于10000). 输出描述 Outpu

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec

ASE又走到了关键的一步  要生成能决定是否有差异表达的table. 准备借鉴一下cuffdiff和edgeR 的结果 cuffdiff对差异表达基因的描述: 一共十四列: 第一列, test_id a unique identifer describing the transcript, gene, primary transcript, or CDS being tested. eg XLOC_000003 第二列,gene_id eg XLOC_000003 第三列, gene 第四列,

首先将坐标系顺时针旋转45度,得到一个新的坐标系,这个坐标系 对应的坐标的manhattan距离就是原图中的距离,然后快排,利用前缀和 数组O(N)求所有的答案,然后找最小值就行了,总时间O(NlogN),今天 体力不足,在此不再赘述... /**************************************************************     Problem:     User: BLADEVIL     Language: Pascal     Result:

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 793  Solved: 503[Submit][Status][Discuss] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 541  Solved: 347[Submit][Status] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度

序列最大长度2w * 5 = 10w, O(n²)的LCS会T.. LCS 只有当a[i] == b[j]时, 才能更新答案, 我们可以记录n个数在第一个序列中出现的5个位置, 然后从左往右扫第二个序列时将第一个序列对应位置的值更新, 用树状数组维护. 时间复杂度O(nlogn) ------------------------------------------------------------------------------------------------- #include<bi

2764: [JLOI2011]基因补全 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 570  Solved: 187[Submit][Status][Discuss] Description 在生物课中我们学过,碱基组成了DNA(脱氧核糖核酸),他们分别可以用大写字母A,C,T,G表示,其中A总与T配对,C总与G配对.两个碱基序列能相互匹配,当且仅当它们等长,并且任意相同位置的碱基都是能相互配对的.例如ACGTC能且仅能与TGCAG配对.一个

1. 文化进化理论 威尔逊认为,从性质上来讲,文化进化总是以拉马克主义为特征的,即文化进化依赖于获得性状的传递,相对来说速度比较快:而基因进化是达尔文主义式的,依赖于经过几个世代的基因频率的改变,因而是缓慢的.威尔逊将可供选择的行为划分为分离的单位,称以文化基因.文化基因的传递可以是纯粹遗传的,也可以是纯文化的,此外,还可以通过基因──文化的方式传递,它同时兼有两者的某些特点:一方面,文化的发展在某种程度上要受到基因的制约和指导:另一方面,文化发明的压力又影响着基因的生存,且最终改变着遗传纽带的

1973: [JLOI2011]基因补全 Time Limit: 1 Sec  Memory Limit: 256 MB Description 在生物课中我们学过,碱基组成了DNA(脱氧核糖核酸),他们分别可以用大写字母A,C,T,G表示,其中A总与T配对,C总与G配对.两个碱基序列能相互匹配,当且仅当它们等长,并且任意相同位置的碱基都是能相互配对的.例如ACGTC能且仅能与TGCAG配对.一个相对短的碱基序列能通过往该序列中任意位置补足碱基来与一个相对长的碱基序列配对.补全碱基的位置.数量不

题目描述 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一