bioconduction 主页 http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html 安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("org.Hs.eg.db"

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

首先org.Hs.eg.db是一个关于人类的 一,在R中导入包library(org.Hs.eg.db) http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html (在org.Hs.eg.db导入前需要导入一些其它的包,按要求导入就行) 二,查看org.Hs.eg.db里面的数据类型 三,看你拥有什么类型的数据 e.g 1,"ENSEMBL" (来源于:http://www.b

library(clusterProfiler ) #cat test.txt gene_symbol EXOSC10ARHGEF10LVWA5B1SRRM1PTAFRCSMD2SH3GLB1GBP6ZNF326AKNAD1STRIP1GOLPH3L............... a <- read.table("test.txt",colClasses = "character")b <- a[,1]eg = bitr(b, fromType=&quo

1.安装bioconductor及go分析涉及的相关包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db", type = "source") biocLite("BiocUpgrade") biocLite('cluster

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

1.注释包 物种 OrgDB 按蚊(Anopheles) org.Ag.eg.db 拟南芥(Arabidopsis) org.At.tair.db 牛(Brovine) org.Bt.eg.db 蠕虫(Worm) org.Ce.eg.db 犬(Canine) org.Cf.eg.db 苍蝇(Fly) org.Dm.eg.db 斑马鱼(Zebrafish) org.Dr.eg.db 大肠杆菌 strain K12(E coli strain K12) org.EcK12.eg.db 大肠杆菌str

一.线程的基本概念

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto

参考: R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 Bioconductor的数据包library(org.Hs.eg.db)简介

1)airway简介 在该workflow中,所用的数据集来自RNA-seq,气道平滑肌细胞(airway  smooth muscle cells )用氟美松(糖皮质激素,抗炎药)处理.例如,哮喘患者使用糖皮质激素来减少呼吸道炎症,在该实验设计中,4种细胞类型(airway smooth muscle cell lines )用1微米地塞米松处理18个小时.每一个cell lines都有对照与处理组(a treated and an untreated sample).关于实验设计的更多信息可

1)简介 edgeR作用对象是count文件,rows 代表基因,行代表文库,count代表的是比对到每个基因的reads数目.它主要关注的是差异表达分析,而不是定量基因表达水平. edgeR works on a table of integer read counts, with rows corresponding to genes and columns to independent libraries. The counts represent the total number of

1)enrichGO:(GO富集分析) 描述:GO Enrichment Analysis of a gene set. Given a vector of genes, this function will return the enrichment GO categories after FDR control 语法:enrichGO(gene, OrgDb, keyType = "ENTREZID", ont = "MF",pvalueCutoff = 0.0

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) if(! require("devtools")) install.packages("devtools") if(! require("reshape2")) install.packages("reshape2") if(! require(

https://github.com/Jialab-UCR/GDCRNATools GDCRNATools - An R package for downloading, organizing, and integrative analyzing lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC Introduction The Genomic Data Commons (GDC) maintains standardized genomic, clinical, and

target_gene_id <- unique(read.delim("miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID) # BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler") # BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db") display_number = c(, , ) ## GO enrichment with clusterProf

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,

最近因为极度忙,没有写总结.今天补一下总结. 今天完成关静最后给的大project这个作业来说,结合自己的研究方向是个让我纠结一周多的事.好在找到了对应的研究内容. R的书目前还是很多的.R我一开始觉得比较好用,甚至还有RStudio以及可视化效果.但是最后这个作业居然有个包下载后居然提示要3.0之前的R才能用. http://www.dxy.cn/bbs/topic/32033578 丁香园里这位老兄说没装DBI包,于是装了,但是libraray("hgu95av2")还是不行呢.-

版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/devcloud/article/details/94549627 GO是Gene Ontology的简称,是基因功能国际标准分类体系.它旨在建立一个适用于各种物种的,对基因和蛋白质功能进行限定和描述的,并能随着研究不断深入而更新的语言词汇标准.GO分为分子功能(Molecular Function).生物过程(Biological Proc