TPM.read counts.RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权.查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome 作者:小哈  来源:嘉因 在RNA测序分析,哪家公司适合我一文中,聊过类似的问题. 这次小哈搬来了statQuest的3个最新视频,https://statquest.org/vid

最近发现很多数据库都使用了 LSM Tree 的存储模型,包括 LevelDB,HBase,Google BigTable,Cassandra,InfluxDB 等.之前还没有留意这么设计的原因,最近调研时间序列数据库的时候才发现这样设计的优势所在,所以重新又复习了一遍 LSM Tree 的原理. 特点 总的来说就是通过将大量的随机写转换为顺序写,从而极大地提升了数据写入的性能,虽然与此同时牺牲了部分读的性能. 只适合存储 key 值有序且写入大于读取的数据,或者读取操作通常是 key 值连续的

RPKM:Reads Per Kilobases Per Million Reads指的是每1百万个reads中比对到每1kb碱基外显子上的reads数 FPKM:Fragments Per Kilobase Per Million reads 当reads来自PE测序数据时使用FPKM TPM: RSEM TCGA数据库中的RNA-seq数据

http://js.40017.cn/touch/hb/p/openApp.js/** * Created by wsy10943 on 2015/5/18. */ window._web_public_app = { /* * 根据ua,判定手机系统ios,android,wp * */ getUa: function () { var ua = window.navigator.userAgent.toLocaleLowerCase(), isApple = !!ua.match(/(ipa

e.g. HDU1002 简单加法 import java.math.BigInteger; import java.util.Scanner; public class Main { public static void main(String[] args) { Scanner cin=new Scanner(System.in); int t=cin.nextInt(); cin.nextLine(); ; ) { t--; String s1=cin.next(); String s2=

shell 命令整理     bash shell 含有许多功能,因此有许多可用的命令:本文档仅罗列了一些常用命令及其使用频率较高的参数.#本文档仅罗列了一些常用命令及其使用频率较高的参数.#version 3.0  2017.1.1#Author woodman 一.bash内建命令 命令 描述 Alias 为指定命令定义一个别名 Cd 切换的指定目录 Declare 声明一个变量或变量类型 Echo 将指定字符串输出到STDOUT Exit 强制shell以指定的退出状态码退出 Export

gdb thread apply all bt 如果你发现有那么几个栈停在 pthread_wait 或者类似调用上,大致就可以得出结论:就是它们几个儿女情长,耽误了整个进程. 注意gdb的版本要高于7.0,之前使用过gdb6.3调试多线程是不行的. 从上图可以看出两个线程都阻塞在wait上,而且还给出了在哪一行代码中,很容易就定位到产生死锁的位置. 有时候线程太多,想写到文件里,可以: (gdb)set logging file <文件名> (gdb)set logging on (gdb)

本文详细介绍了Delphi中常用的各个关键字名称及用法,供大家在编程过程中借鉴参考之用.详情如下: absolute: ? 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 //它使得你能够创建一个新变量, 并且该变量的起始地址与另一个变量相同. var  Str: string[32];  StrLen: Byte absoluteStr; //这个声明指定了变量StrLen起始地址与Str相同. //由于字符串的第0个位置保存了字符串的长度, 所以StrLen的值即字符串长度. begin Str

本文转载自:http://www.cnblogs.com/yaozhongxiao/archive/2012/03/16/2400473.html 如需转载,请注明原始出处.谢谢. ---------------------------------------------------------------------------------------- gcc 使用中常用的参数及命令    1.  执行过程      虽然我们称Gcc是C语言的编译器,但使用gcc由C语言源代码文件生成可执行

一   setCookie        bool setcookie ( string name [, string value [, int expire [, string path [, string domain [, bool secure]]]]] ) 参数 说明 举例 name Cookie 的名字. 使用 $_COOKIE['cookiename'] 调用名为 cookiename 的 cookie. value Cookie 的值.此值保存在客户端,不要用来保存敏感数据. 假

第一章  LINUX简介及安装    1一.LINUX介绍    1二.LINUX安装    2三.LINUX目录    2四.总结来说:    3第二章 常用命令及帐户管理    4一.linux命令格式    4二.常用命令    4三.用户管理命令    5使用技巧:    7第三章 vi 编辑器    7一.Linux 系统中的编辑器知识    7二.vi 的模式    7三.命令:    8第四章 SHELL的使用    8一:Shell的环境    8二.Bash的主要功能    8

监控SQL 1.监控事例的等待: select event,sum(decode(wait_time,0,0,1)) prev, sum(decode(wait_time,0,1,0)) curr,count(*) from v$session_wait group by event order by 4; 2.回滚段的争用情况: select name,waits,gets,waits/gets ratio from v$rollstat a,v$rollname b where a.usn=

这篇文章主要介绍了非常实用的PHP常用函数,汇总了加密解密.字符串操作.文件操作.SQL注入等函数的实例与用法说明,在PHP项目开发中非常具有实用价值,需要的朋友可以参考下 本文实例总结了一些在php应用开发中常用到的函数,这些函数有字符操作,文件操作及其它的一些操作了,分享给大家供大家参考.具体如下: 1.PHP加密解密 PHP加密和解密函数可以用来加密一些有用的字符串存放在数据库里,并且通过可逆解密字符串,该函数使用了base64和MD5加密和解密. 复制代码 代码如下: function

PHP获取文件扩展名(后缀) function getExtension($filename){ $myext = substr($filename, strrpos($filename, '.')); return str_replace('.','',$myext); } 使用方法如下: $filename = '我的文档.doc'; echo getExtension($filename); PHP获取文件大小并格式化 以下使用的函数可以获取文件的大小,并且转换成便于阅读的KB,MB等格式

collections包含对tuple.list.dict等派生出新功能 namedtuple用来为tuple类型派生出一个新名字的tuple类,并提供用属性引出的功能. >>> from collections import namedtuple >>> Point = namedtuple('Point', ['x', 'y']) >>> p = Point(1, 2) >>> p.x 1 >>> p.y 2 d

一些说明: 表myapp_person的名称是自动生成的,如果你要自定义表名,需要在model的Meta类中指定 db_table 参数,强烈建议使用小写表名,特别是使用MySQL作为后端数据库时. id字段是自动添加的,如果你想要指定自定义主键,只需在其中一个字段中指定 primary_key=True 即可.如果Django发现你已经明确地设置了Field.primary_key,它将不会添加自动ID列. 本示例中的CREATE TABLE SQL使用PostgreSQL语法进行格式化,但值

一些说明: 表myapp_person的名称是自动生成的,如果你要自定义表名,需要在model的Meta类中指定 db_table 参数,强烈建议使用小写表名,特别是使用MySQL作为后端数据库时. id字段是自动添加的,如果你想要指定自定义主键,只需在其中一个字段中指定 primary_key=True 即可.如果Django发现你已经明确地设置了Field.primary_key,它将不会添加自动ID列. 本示例中的CREATE TABLE SQL使用PostgreSQL语法进行格式化,但值

[datetime] No1: 获取当前时间 No2: 时区转换 >>> from datetime import datetime, timedelta, timezone >>> tz_utc_8 = timezone(timedelta(hours=8)) # 创建时区UTC+8:00 >>> now = datetime.now() >>> now datetime.datetime(2015, 5, 18, 17, 2, 1

#  2  collections 是Python内建的一个集合模块,提供了许多有用的集合类. # 2.1 namedtuple #tuple可以表示不变集合,例如,一个点的二维坐标就可以表示成: p=(1,2) #但是看到(1,2),很难看出这个tuple是用来表示一个坐标的.定义一个class又小题大做了,这时,namedtuple就派上用场了 from collections import namedtuple Point=namedtuple('Point',['x','y']) p=P

hashlib 什么是hashlib 什么叫hash:hash是一种算法(3.x里代替了md5模块和sha模块,主要提供 SHA1, SHA224, SHA256, SHA384, SHA512 ,MD5 算法),该算法接受传入的内容,经过运算得到一串hash值 hash值的特点是: 只要传入的内容一样,得到的hash值必然一样=====>要用明文传输密码文件完整性校验 不能由hash值返解成内容=======>把密码做成hash值,不应该在网络传输明文密码 只要使用的hash算法不变,无论校