二代测序的分析过程中,经常需要统计原始下机数据的数据量,看数据量是否符合要求:另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标: 在kseq.h 的基础上稍加改造,就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能,而且速度非常的快 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #include "kseq.h" // STEP 1: declare the type of

你能给别人讲清楚这个概念吗? 二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的.碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%.行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比.例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%.         Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率.         质量值是Q20,则错误识别的概率

主流工具: FastQC fqcheck readfq 拿到测序数据的第一步就是做质量控制 fqcheck之后得到的结果: 它会统计每条reads,按read 1-100位点计算每个位置的ACGTN含量,以及0-41质量值的个数 最终会得到整体的错误率,GC,Q20,Q30 the default quality , sequences, total , average length:100.00 Standard deviations at 0.25: total 0.00%, per bas

目录 1. FastqCount简介 2. 使用 3. 结果 1. FastqCount简介 快速实用小工具:FastqCount https://github.com/zhimenggan/FastqCount 统计指标包括: Total Reads Total Bases N Bases Q20 Q30 GC 2. 使用 压缩文件可搭配pigz使用更香. 单个fastq(.gz)文件: ./FastqCount input.fastq 多文件: pigz -dc R1.fastq.gz R2

工作中有个真理:如果你连自己所做的工作的来龙去脉都讲不清楚,那你是绝对不可能把这份工作做好的. 这适用于任何行业.如果你支支吾吾,讲不清楚,那么说难听点,你在混日子,没有静下心来工作. 检验标准:随时向别人解释你的工作,让别人提出尖锐的问题,看你是不是答不上来. 16S概念 什么是16S?S是什么意思? 16S分析是用来干嘛的?能分析什么? 16S大致的分析原理是什么? 有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关,但大多数还是搞不清楚它们之间的关系. 先明确一些概念: 核糖体:Ribosome,由

最近迷上了spark,写一个专门处理语料库生成词库的项目拿来练练手, github地址:https://github.com/LiuRoy/spark_splitter.代码实现参考wordmaker项目,有兴趣的可以看一下,此项目用到了不少很tricky的技巧提升性能,单纯只想看懂源代码可以参考wordmaker作者的一份简单版代码. 这个项目统计语料库的结果和执行速度都还不错,但缺点也很明显,只能处理GBK编码的文档,而且不能分布式运行,刚好最近在接触spark,所以用python实现了里面

TFS系统集成了一套BI系统,基于SQL Server的Analysis Service进行实现的.通过这几年的深入使用,能够感触到这个数据数据仓库模型是多么的优秀,和微软官方提供的数据仓库示例AdventureWorksDW有的一比.系统本身从基础数据ETL到数据仓库再到Cube中,整个过程浑然一体,对应用户和系统管理员来说,几乎都是透明的.并且对TFS工作项的定制扩展自动支持,用户通过添加工作的相关的维度或度量元数据的属性,在最终的Cub都可以自动的加入和统计数据. 但是,在一个大型客户使用

在一些项目中可能需要对一段字符串中的单词进行统计,我在这里写了一个简单的demo,有需要的同学可以拿去看一下. 本人没怎么写个播客,如果有啥说的不对的地方,你来打我啊 不说废话了直接贴代码: 实现代码: /** * 统计各个单词出现的次数 * @param text */ public static void findEnglishNum(String text){ //找出所有的单词 String[] array = {".", " ", "?"

打开终端, 用cd命令 定位到工程所在的目录,然后调用以下命名即可把每个源代码文件行数及总数统计出来: find . "(" -name "*.m" -or -name "*.mm" -or -name "*.cpp" -or -name "*.h" -or -name "*.rss" ")" -print | xargs wc -l 按下 回车 其中,-name  

微信小程序可以通过生成带参数的二维码,那么这个参数是可以通过APP的页面进行监控的 这样就可以统计每个二维码的推广效果. 今天由好推二维码推出的小程序统计工具HotApp小程序统计也推出了带参数二维码统计功能 帮助统计每个渠道的二维码的推广效果,用户使用情况,留存,付费等. 网址是: www.weixin.hotapp.cn 小程序参数二维码可以做什么? (假如你在3个页面放置了小程序二维码,那么通过每个页面使用小程序的用户是多少呢?) 这时候就需要参数二维码来帮你统计了. 比如: 三.如何使用

HotApp小程序统计,第一个专业的微信第三方小程序监控统计工具 1.什么是HotApp小程序统计 HotApp小程序统计是第一个微信第三方小程序统计工具,就像做android 和 ios开发的人知道友盟统计一样,小程序也需要有个统计工具. 通过这个工具,可以知道小程序的每日新增,每日启动次数,总用户,每天的活跃用户,很多人可能就会说,微信已经提供了,那还需要这个工具做什么? 因为微信只能看到前一天的新增用户,启动次数等数据,而当日的数据,微信的统计还不能提供. HotApp小程序统计 网址:h

有关"数据统计"的一些概念 -- PV UV VV IP跳出率等 版权声明:本文为博主原创文章,未经博主允许不得转载. 此文是本人工作中碰到的,随时记下来的零散概念,特此整理一下. 1.    什么是展现量.点击量.点击率 在百度推广后台可以看到消费.平均价格.点击.展现.点击率.千次展现费用等数据,这些数据是你全面评估推广效果.深入开展推广优化的基础. 在网民搜索查询时,如果您账户内符合网民搜索需求的关键词被触发,该关键词所对应的创意将出现在搜索结果页,称之为关键词和创意的一次展现.

--按周统计SELECT TOP 10DATENAME(year,AddDate) 年,DATENAME(week,AddDate) 周,COUNT(1) 单量,SUM(total) 总金额,AVG(total) 客单价FROM orderinfo t(NOLOCK)WHERE AddDate BETWEEN '2013-1-1' AND '2014-1-1'GROUP BY DATENAME(year,AddDate),DATENAME(week,AddDate)ORDER BY CONVER

系列目录 基于web的网站在线统计一直处于不是很精准的状态!基本上没有一种方法可以确实的统计在线用户! Discuz!NT 在线用户功能算是做得比较好的!参考资料 他的原理大致是根据用户的操作间隔来确定用户是否在线,也可以理解为操作日志,当系统扫描的日志间隔太长将被理解为用户离线,所以要不断的更新操作表和操作表日益增长的烦恼,所以必须定时的清除操作表,当系统启动时要重置表数据! 想到MVC的自带过滤器,在执行方法的前或后对其记录操作!比Discuz!NT的操作可能来得简易了,虽然思想是一样的!

系列目录 上次的探讨没有任何结果,我浏览了大量的文章和个别系统的参考!决定用Cache来做,这可能有点难以接受但是配合mvc过滤器来做效果非常好! 由于之前的过滤器我们用过了OnActionExecuting这个方法来判断权限 现在在方法被执行后我们用OnActionExecuted来监听用户的操作和刷新用户在线列表 首先下载http://files.cnblogs.com/ymnets/OnlineUser.7z这个类库,代码清晰,并加注释 这个类库包括了操作在线用户列表的增删方法,大家可以下

转载请注明出处:http://www.cnblogs.com/Joanna-Yan/p/5395715.html 需求:想让用户扫描一个二维码就能下载APP,并统计被扫描次数. 两种实现方法: 1.一般我们用草料生成二维码,如果没有注册的话只能生成一个包含下载网址的静态码,没有统计功能,而且出了自己截图保存外,草料是不会保存你的二维码的. 如果注册草料后,可以选择生成活码.所谓活码,就是一个指向页面,然后通过这个指向页面,再到你的下载链接.这个指向页面内嵌了统计代码.你可以通过草料的统计功能,看

基于统计学习方法角度谈谈CRF 作者:白宁超 2016年8月2日13:59:46 [摘要]:条件随机场用于序列标注,数据分割等自然语言处理中,表现出很好的效果.在中文分词.中文人名识别和歧义消解等任务中都有应用.本文源于笔者做语句识别序列标注过程中,对条件随机场的了解,逐步研究基于自然语言处理方面的应用.成文主要源于自然语言处理.机器学习.统计学习方法和部分网上资料对CRF介绍的相关的相关,最后进行大量研究整理汇总成体系知识.文章布局如下:第一节介绍CRF相关的基础统计知识:第二节介绍基于自然语

为什么要写统计信息 最近看到园子里有人写统计信息,楼主也来凑热闹. 话说经常做数据库的,尤其是做开发的或者优化的,统计信息造成的性能问题应该说是司空见惯. 当然解决办法也并非一成不变,“一招鲜吃遍天”的做法已经行不通了(题外话:整个时代不都是这样子吗) 当然,还是那句话,既然写了就不能太俗套,写点不一样的,本文通过分析一个类似实际案例来解读统计信息的更新的相关问题. 对于实际问题,不但要解决问题,更重要的是要从理论上深入分析,才能更好地驾驭数据库. 统计信息基础 首先说一个老掉牙的话题,统计信息

本文出处:http://www.cnblogs.com/wy123/p/6008477.html 关于统计信息对数据行数做预估,之前写过对非相关列(单独或者单独的索引列)进行预估时候的算法,参考这里. 今天来写一下统计信息对于复合索引在预估时候的计算方法和潜在问题. 本文原形来自于是个实际业务问题,某SQL在利用一个符合索引做查询的时候,发现始终会出现预估误差较大的情况, 而改变复合索引的列顺序,这个预估行数的误差会发生变化, 也就是说,Create index idx_index1 ON Ta

今天为客户的质量管理部门人员提供TFS咨询过程中,客户的质量管理专家基于TFS提出了一个比较棘手的数据统计需求.需求是这样,客户的数十个软件项目通过质量管理部按照年度版本计划进行软件产品系统的发布,因此对需求的管理有一个基线跟踪的过程,也就是说,当产品发布后,质量管理部门希望统计出与该版本发布后相关的需求.Bug.任务等工作项是否发生变更,以及变更的什么数据. 初始讨论这个需求时,根据对TFS的了解,第一判断出这个数据是可以统计出来了,但是可能要费一番周折.实现的过程确时如此: 首先从TFS的数