在转录组测序(RNA-Seq)中,基因的表达量是我们关注的重点.基因表达量的衡量指标有:RPKM.FPKM.TPM. RPKM:Reads Per Kilobase Million:说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million Reads”​,即“每一百万条Reads中,对基因的每1000个Base而言,比对到该1000个base的Reads数”,计算公式. FPKM:Fragments per Kilobase Million,F

与之对应的是single cell RNA-Seq,后面也会有类似文章. 参考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业:RNA-seq基础入门传送门 资料:RNA-seq Data Analysis-A Practical Approach(2015) Bioinformatic Data Skill biostar handbook A survey of best practices for RNA-seq data an

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:

转录组分析综述 转录组 文献解读 Trinity cufflinks 转录组研究综述文章解读 今天介绍下小编最近阅读的关于RNA-seq分析的文章,文章发在Genome Biology 上的A survey of best practices for RNA-seq data analysis .由于文章较长和枯燥,小编认为重要的信息,已经加粗加红,可以直接看重要信息.不要问我为啥这么好,请叫我雷锋. 摘要 现在RNA-seq数据使用广泛,但是没有一套流程可以解决所有的问题.我们重点关注RNA-

StringTie是約翰·霍普金斯大學计算机生物中心开发的一款转录组组装软件,在组装转录本的完整度,精度和速度方面都较以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有参考基因组转录组主流的组装软件. 软件的下载 wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz tar zxvf stringtie-1.3.6.Linux_x86_64.tar.gz StringTie 使用说明:新

/*设置TPM命令格式*/ ssize_t tpm_getcap(struct device *dev, __be32 subcap_id, cap_t *cap, const char *desc) { struct tpm_cmd_t tpm_cmd; int rc; struct tpm_chip *chip = dev_get_drvdata(dev); tpm_cmd.header.in = tpm_getcap_header; if (subcap_id == CAP_VERSION

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng

参考: 转录组文章的常规套路 文章解读:<Science>小麦转录组研究文章 转录组数据饱和度评估方法 Paper这个东西是多么的诱人,可以毕业,可以评职称,可以拿绩效. 现在的文章都是有套路的,也不能说是水文,但大多是一个模式下的产物,真正有价值的好文其实是少之又少的. 大部分的Paper都是八股文,只需要填词就好了. Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies gen

参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD

http://bbs.pediy.com/showthread.php?t=202638 http://www.zhihu.com/topic/19671262/newest 2015年3月18日,微软宣布与腾讯.360等国内几家知名互联网企业达成战略合 作,可通过其旗下产品直接将现在的盗版或正版XP.Win7.Win8.x等系统一键升级到最新的正版Win10,2015年7月29日就将发布并开启下 载该操作系统的桌面正式版本.实际上,升级后的Win10操作系统采用的可信计算模块(Trusted 

揭秘TPM安全芯片技术及加密应用 首发:http://safe.it168.com/a2012/0912/1396/000001396884.shtml 从2003年开始,重要数据丢失已经成为严重的信息安全问题.尽管企业.机构和个人均不同程度地部署了保密措施,但泄密案例还是层出不穷.从近年来国内外公开发布的失泄密案件资料中,我们选择了以下几个经典案例. 2010年阿桑奇和他的"维基解密"几乎成为所有政府和企业的梦魇.各种"爆料"犹如一个个重磅炸弹,以致于整个世界引起

取数游戏(TPM) 难度级别:D: 运行时间限制:1000ms: 运行空间限制:51200KB: 代码长度限制:2000000B 试题描述 给你一个n*n的格子的棋盘,每个格子里面有一个非负数.从中取出若干个数,使得任意的两个数所在的格子没有公共边,就是说所取的数所在的2个格子不能有公共边,并且取出的数的和最大.(二分图匹配练习) 输入 第一行是一个正整数n (n<20).接下来是 n*n 个非负数. 输出 输出可能取得的最大的和. 输入示例 35 9 48 3 62 7 1 输出示例 30 其

可信计算平台模块TPM 2.0的相关标准和技术准则由 TCG ( Trust Computing Group )于2011年前后提出,至今已经过了多次修改.该标准无疑将成为下一代可信计算平台模块的业界规范,各大硬件厂商正着手根据标准研发新一代TPM芯片,Windows 8也增加了对TPM的更多支持. 相比于TPM 1.2,TPM 2.0 的标准进行了较大幅度的调整和修改,改进了授权模式,同时最大限度的支持多种密码学算法,供用户选择,这其中加入了对ECC算法的支持,可以兼容中国提出的SM系列算法.

一.基本名称,容易混淆 1.dm-crypt是linux的2.6内核开始集成的一种磁盘加密功能.十几年来,连sche调度算法都被改了N次,但dm-crypt一直稳定在内核中,稳定性还是很好的. 2.cryptsetup是linux一般自带的一个用户态工具,用来操作dm-crypt. [root@localhost mnt]# whereis cryptsetup cryptsetup: /usr/sbin/cryptsetup /usr/share/.gz 3.luks是dm-crypt 最常用

没有tpm芯片,采用模拟器的方式来测试. 实验环境:内核版本 3.10.0-327 软件包准备: 内网,没有仓库,自己网上下载: 1. cmake-3.9.6-Linux-x86_64.tar.gz 解压后就已经有bin文件,可以直接使用bin下的cmake, ls cmake-3.9.6-Linux-x86_64/ bin doc man share 2. 然后下载gmp,我使用的是gmp-6.1.2版本, ./configure && make && make inst

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

转载:https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ 建立在高通量测序基础上的微生物群落研究,当前主要有三大类:基于16S/18S/ITS等扩增子做物种分类的Metataxanomics.鸟枪法打断全基因组DNA序列的Metagenomics和基于mRNA信息的宏转录组方法Meta-transcriptomics. 16S,也即是我们通常所说的微生物多样性,是一种相对快速和经济适用的方法,但是PCR导致了偏好的产生,这就降低了注释准确度.此外,

转录组分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 转载▼ 标签: 生物信息学 转录组   1.Hisat2建立基因组索引: First, using the python scripts included in the HISAT2 package, extract splice-site and exon information from the gene annotation file:   $ extract_splice_

HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据 本文总阅读量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown处理转录组数据思路如下: 数据质控 将RNA-seq的测序reads使用hisat2比对 samtools将sam文件转成bam,并且排序,为下游分析做准备 stringtie对每个样本进行转录本组装 stringtie 将所有样本的转录本进行合并 注意:此处的mergelist.txt是自己创建的 计算表达量并且为Ballgown包提供输入文件