bam文件生成index

SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

[怪毛匠子整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

Thymeleaf利用layout.html文件生成页面布局框架

1.layout.html文件生成布局 <!DOCTYPE html> <html lang="zh-CN" xmlns:th="http://www.thymeleaf.org" xmlns:layout="http://www.ultraq.net.nz/web/thymeleaf/layout"> <head> <meta charset="utf-8" /> <t

第三百七十三节，Django+Xadmin打造上线标准的在线教育平台—创建用户app，在models.py文件生成3张表，用户表、验证码表、轮播图表

第三百七十三节,Django+Xadmin打造上线标准的在线教育平台—创建用户app,在models.py文件生成3张表,用户表.验证码表.轮播图表创建Django项目项目 settings.py配置配置数据库 """ Django settings for MxOnline project. Generated by 'django-admin startproject' using Django 1.10. For more information on this

ffmpeg文件生成m3u8文件及ts切片程序(一)

ffmpeg文件生成m3u8文件及ts切片程序(一) 实现目标:输入本地文件,实现m3u8切片,功能点请看注释,注意:注释很重要. 参考: http://www.cnblogs.com/mystory/archive/2013/04/07/3006200.html https://github.com/johnf/m3u8-segmenter/pull/10/files#diff-e1c7f1b21ff66b32c10d790c3855aedeR42 https://github.com/joh

阿里 EasyExcel 7 行代码优雅地实现 Excel 文件生成&下载功能

欢迎关注个人微信公众号: 小哈学Java, 文末分享阿里 P8 资深架构师吐血总结的 <Java 核心知识整理&面试.pdf>资源链接!! 个人网站: https://www.exception.site/essay/how-to-create-excel-by-seven-line-code 目录一.前言二.Apache poi.jxl 的缺陷三.阿里出品的 EasyExcel,安利一波四.EasyExcel 解决了什么五.快速上手六.特殊场景支持七.Web 下载示例代

pcap文件生成metadata——使用tshark解析tcpdump的pcap包

pcap文件生成metadata #!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- import os import time, datetime import struct in_path = "/home/bonelee/dns_tunnel_tool/iodine_when_idle.pcap" tmp_dir = "/tmp" out_path = "/tmp/out_metadata.txt"

Pysam 处理bam文件

Pysam可用来处理bam文件安装: 用 pip 或者 conda即可使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

python脚本将json文件生成C语言结构体

1.引言以前用过python脚本根据excel生成相关C语言代码,其实本质就是文件的读写,主要是逻辑问题,这次尝试将json文件生成C语言的结构体. 2.代码这是一个json文件,生成这个结构体的本质是深度优先遍历,为了适应最复杂的情况,随便写了一个json文件(大家也可以根据需求自己改,我是自己写的,成功之后就去生产随机json的网站测试,目前没有啥问题,如果大家可以发现问题欢迎指出,在此感谢!) { "BE1":{ "apb_base_addr" : &qu

Android first---xml文件生成与解析

一.使用append进行xml生成 Message类属性:private String body; private String date; private String address; private String type; public class MainActivity extends Activity { List<Message> smsList; @Override protected void onCreate(Bundle

ActiveX: 如何用.inf和.ocx文件生成cab文件

ssl证书生成：cer&jks文件生成摘录

一.生成.jks文件 1.keystore的生成: 分阶段生成: keytool -genkey -alias yushan(别名) -keypass yushan(别名密码) -keyalg RSA(算法) -keysize 1024(密钥长度) -validity 365(有效期,天单位) -keystore e:/yushan.keystore(指定生成证书的位置和证书名称) -storepass 123456(获取keystore信息的密码):回车输入相关信息即可: 一次

LINQ to XML 从逗号分隔值 (CSV) 文件生成 XML 文件

参考:http://msdn.microsoft.com/zh-cn/library/bb387090.aspx 本示例演示如何使用语言集成查询 (LINQ) 和 LINQ to XML 从逗号分隔值 (CSV) 文件生成 XML 文件. 下面的代码对字符串数组执行 LINQ 查询. 在 C# 版本中,该查询使用 let 子句将每个字符串分隔成字段数组. C# VB // Create the text file. string csvString = @"GREAL,Great Lake

将WSDL文件生成的Java文件

C#根据WSDL文件生成WebService服务端代码

转自:http://www.cnblogs.com/liyi93/archive/2012/01/30/2332320.html 虽然现在已经进入了.NET FrameWork 4.0的时代,WebService也已经逐渐被淘汰,取而代之的是WCF. 但在工作中难免遇到需要兼容旧版本程序和按照以前的文档进行开发. 一般一个已经实现功能的WebService会发布自己的WSDL文件,供客户端调用生成代理类. 但有时是先有server与client交互的接口定义(WSDL)文件,然后由server和

core文件生成总结

1.确定系统支持生成core dump文件 ulimit -c 如果返回0, 可以ulimit -c unlimited 设定 2.kill 加上信号量, kill 信号如下信号信号值功能信号信号值功能信号信号值功能 SIGHUP 1 SIGTTOU 22 SIGRTMIN+11 45 SIGINT 2 SIGURG 23 SIGRTMIN+12 46 SIGQUIT 3 SIGXCPU 24 SIGRTMIN+13 47 SIGILL 4 SIGX

由WSDL文件生成WEB service server端C#程序（转）

一般一个已经实现功能的WEB Server会发布自己的WSDL文件,供客户端生成代理类. 但有时是先有的server与client交互的接口定义(WSDL)文件,然后由server和client端分别写程序,一个提供web服务,一个使用web服务. 以下介绍如何由已有的WSDL文件在VS2005中生成server端代码. 1)使用VS2005提供的工具wsdl.exe由WSDL文件生成cs文件: 使用wsdl.exe的/serverInterface选项(或缩写的 /si)指定输入的wsdl文件

ASP.NET MVC+EF框架+EasyUI实现权限管理系列(16)-类库架构扩展以及DLL文件生成修改和用户的简单添加

原文:ASP.NET MVC+EF框架+EasyUI实现权限管理系列(16)-类库架构扩展以及DLL文件生成修改和用户的简单添加 ASP.NET MVC+EF框架+EasyUI实现权限管系列 (开篇) (1):框架搭建 (2):数据库访问层的设计Demo (3):面向接口编程 (4 ):业务逻辑层的封装 (5):前台Jquery easyUI实现 (6):EF上下文实例管理 (7):DBSession的封装 (8):DBSession线程内唯一 (9)

dump文件生成与调试（VS2008）

总结一下dump文件生成和调试的方法: 1:用SetUnhandledExceptionFilter捕获未处理的异常,包含头文件<windows.h>.函数原型为: LPTOP_LEVEL_EXCEPTION_FILTER WINAPI SetUnhandledExceptionFilter( __in LPTOP_LEVEL_EXCEPTION_FILTER lpTopLevelExceptionFilter ); SetUnhandledExceptionFilter返回值为:The Se

（转）使用jdk的xjc命令由schema文件生成相应的实体类

背景:在webservice的开发过程中涉及到这一知识点,又必要来学习一下. 1 根据编写的schema来生成对应的java实体 1.1 实战 xcj命令有schema文件生成Java实体类 1.使用方法 xjc fileName.xsd -d 生成java实体类的目录 -p 生成的包名 2. eg: xjc catalog.xsd -d d: \test -p com.xjc.bean xjc szfs.tws.biz.info.billchange.xsd -d E:\Work\直连接口

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