vcf和bed的位置信息区别 vcf和gff一般是从1-base开始计数,也就是文件里所代表的的位置是染色体的真实位置 bed文件一般所代表的位置是从0开始计数的,是一个半闭合区间,也就是(0,200]表示一个长度为200bp的序列,起始位置在染色体上其实是1到200的位置 pysam在处理的时候和bed是类似的,也是一个半闭合的区间,同时也是从0开始计数的. samtools则是从1开始计数 根据位置信息提取序列的方法 samtools提取 samtools faidx Vv.12X.dna.

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

参考资料 通讯录导入导出vcf格式文件方法可参考: https://qiaodahai.com/android-iphone-mobile-phones-contacts-import-and-export.htmlvCard维基百科:https://en.wikipedia.org/wiki/VCardvCard Format Specification:https://www.rfc-editor.org/rfc/pdfrfc/rfc6350.txt.pdf 手动导出实例 Android(A

vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 当然, 假设你想在应用中, 利用代码生成, 全然能够.先导出通讯录数据, 再解析, 再生成vcf文件就可以. 參考以下代码: -(NSString*)generateVCardStringWithContacts:(CFArrayRef)contacts { NSInteger counter =

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s

前面[UWP开发之Mvvmlight实践五:SuspensionManager中断挂起以及复原处理]章节已经提到过Template10,为了认识MvvmLight的区别特做了此实例. 原代码地址:https://github.com/NewBLife/UWP/tree/master/MvvmDemo/FileOperationDemo 应用主要功能: 本地任何文件多项选择添加 照相机图片添加 显示添加文件(.jpg.png.pdf.xls等)的缩略图 列表文件删除 默认程序显示添加后的文件 应用

前几天,领导让我找一下老系统(Java)里getRemoteUser方法都哪个文件用了,package是什么,方法被调用了多少次,当时因为着急,所以,直接人工找的,但是以后要是再出现,人工找就太讨厌了,毕竟程序员以懒著称,因此,写了一个小工具进行查询. 一.效果图 从图中不难看出,现在的功能只能查询两类文件java和cs,毕竟是针对我们用的,如果想扩展的话,也是没有问题的,毕竟方法是通用的. 最终得到的是一个excel 二.开发过程 1.首先建一个实体类 实体类里面包含包名.文件名和使用次数 c

import java.io.BufferedReader; import java.io.BufferedWriter; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundException; import java.io.FileOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStreamReader; im

在项目开发过程中,有时会需要用到调用第三方程序实现本系统的某一些功能,例如本文中需要使用到的swftools插件,那么如何在程序中使用这个插件,并且该插件是如何将PDF文件转化为SWF文件的呢?接下来就会做一个简单的介绍. 在.NET平台中,对C#提供了一个操作对本地和远程的访问进程,使能够启动和停止系统进程.这个类就是System.Diagnostics.Process,我们首先来了解一下该类. 一.解析System.Diagnostics.Process类 在C#中使用Process类可以提

今天在测试时遇到了需要将大量整理好的Excel数据转换为plist文件的情况.百度了一下教程,发现虽然别人也遇到过类似的情况,但是有些讲的还是不够细致.所以做如下整理.   百度到的内容中有使用MesaSQLite的情况,由于没有走通,在这里暂时不提.   实际处理过程如下:   1.转化excel文件到记事本文件.复制粘贴出来即可,这部分的操作我是在windows下进行的,使用的是excel跟notepad++.使用默认操作也导致后面遇到了一些问题.   2.直接将转化后的记事本文件拖入Xco

使用java统计某文件夹下所有文件的行数 经理突然交代一个任务:要求统计某个文件夹下所有文件的行数.在网上查了一个多小时没有解决.后来心里不爽就决定自己写一个java类用来统计文件的行数,于是花了两个小时将代码写出(可见我的java功底还是挺烂的).虽然有很多有待改进的地方,依然有纪念意义. 本java类的核心是通过BufferedReader类的readLine()方法,间接的统计行数:通过递归遍历文件. 这个类只是写来完成任务的.结果不是很严谨,许多情况并没考虑到:比如判断想读取某一类文件怎

# 查看当前目录下的文件数量(不包含子目录中的文件) ls -l|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件数量(包含子目录中的文件) 注意:R,代表子目录 ls -lR|grep "^-"| wc -l # 查看当前目录下的文件夹目录个数(不包含子目录中的目录),同上述理,如果需要查看子目录的,加上R ls -l|grep "^d"| wc -l # 查询当前路径下的指定前缀名的目录下的所有文件数量# 例如:统计所有以“2016

# -*- coding: utf-8 -*- import os, errno def fileName(path):#获取文件夹 str = '' for i in range(1,len(path.split('\\'))): str+=path.split('\\')[i]+'\\' return str def mkdir_p(path): #创建目录树 try: os.makedirs(path) except OSError as exc: # Python >2.5 (excep