braker注释同源

2024-08-06

【基因组预测】braker2基因结构注释要点记录

目录流程使用问题记录下braker2的使用要点,以备忘记. 流程使用 braker2有很多流程,根据你的数据:组装的基因组.转录组.蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明: https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER 现在的动植物组装,大多数都含有以上三类数据吧,因此可选择如下流程,用公共数据库OrthoDB中的直系同源蛋白,根据自己的物种选择,有动物植物微生物等,如我选择植物就有300多万条序列. 作者指出,braker2并非证据越多越

【基因组注释】同源注释比对软件tblastn、gamp和exonerate比较

基因结构预测中同源注释策略,将mRNA.cDNA.蛋白.EST等序列比对到组装的基因组中,在文章中通常使用以下比对软件: tblastn gamp exonerate blat 根据我的实测,以上软件整体都比较慢.gmap可设置多线程来提升速度.tblastn虽然也可以,但对提速没什么影响.exonerate和gamp巨吃内存. 以下是跑的资源情况.我的组装基因组约400Mb.tblastn的查询序列311764条,gmap的查询序列1483791条,exonerate的查询序列43632条.

COG注释--转载

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可

kegg-kass注释--转载

在注释KEGG的时候,一直用到kaas,具体kaas是个什么东东,简单的总结一下吧. KEGG是由日本人搞的一个代谢图,收录基因和基因组的数据库,数据库可以分为 3大部分,基因数据库, 化学分子物质数据库,以及基于基因和化学分子物质相互关系而建立起来的代谢路径数据库,在KEGG数据库中,有一个"专有名词"KO(KEGG Orthology),它是蛋白质(酶)的一个分类体系,序列高度相似,并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组,然后打上KO(或K标签,KEGG ortho

利用servlet做转发，实现js跨域解决同源问题

做前端开发,避免不了跨域这个问题,跨域具体什么概念,不赘述,博客里太多.简单说下,我们用js发请求,不管post还是get,如果发请求的对象和当前web页面不在同一域名下,浏览器的同源策略会限制发请求,也就是说,如果单独写个HTML,用js发远程请求,是发布出去的,浏览器会认为这是不安全的,js在这里能做的很有限. 网上看了很多文章,小弟愚钝,只用js一直没解决这个问题,jQuery的Ajax据说可以,但是测试后发现不行,也许是浏览器版本的原因.有种方法是jsonp,但是好像需要服务器支持,我对

CCS 6新建文件自动生成注释

对于CCS6,可以通过配置,达到新建源文件或者头文件时,自动生成适当的注释: 一.新建源文件自动生成配置. 在某个文件夹下右击选择 New - Source File. 点击 Configure,再选择对应的语言,然后点击Edit. 此时就出现了一个可编辑的模版.适当的配置模版,保存.可以参考下列程序: /**************************************************************** @版权 : 个人开发,禁止用于商业用途 @文件名 : ${fi

同源策略与CORS

同源策略同源策略是浏览器保护用户安全上网的重要措施,协议.域名.端口号三者相同即为同源. 不同源下,浏览器不允许js操作Cookie.LocalStorage.DOM等数据或页面元素,也不允许发送ajax请求,同源下则不受影响. 下图是在Chrom控制台中发送ajax跨域请求的报错信息: 图片中黄色部分提示响应被阻止,说明在跨域的情况下,请求依然发送到了服务器且服务器返回了数据,只是被浏览器拦下了. 对于跨域问题可以使用CORS来解决,使用CORS时,HTTP请求分为两种情况:简单请求与复

GO注释

1.GO资源简介由于生物系统的惊人复杂性和需要分析的数据集的不断增加,生物医学研究越来越依赖于以可计算的形式存储的知识.基因本体论(GO)项目为基因功能和基因产物的可计算知识提供了目前最全面的资源.GO知识库由两个主要部分组成: 基因本体论Gene Ontology (GO),提供了生物功能(“术语”)及其相互关系的逻辑结构,表现为有向无环图. GO注释(GO annotations)的语料库,将特定的基因产物(蛋白质.非编码RNA或大分子复合物,为简单起见,我们通常将其称为“基因”)与特定的

XSS中的同源策略和跨域问题

转自 https://www.cnblogs.com/chaoyuehedy/p/5556557.html 1 同源策略所谓同源策略,指的是浏览器对不同源的脚本或者文本的访问方式进行的限制.比如源a的js不能读取或设置引入的源b的元素属性. 那么先定义下什么是同源,所谓同源,就是指两个页面具有相同的协议,主机(也常说域名),端口,三个要素缺一不可. 可以看下面的几个示例来更加清楚的了解一下同源的概念: URL1 URL2 说明是否允许通信 http://www.foo.com/js/a.js

【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此

使用BRAKER2进行基因组注释

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------

浅谈JSP注释

HTML注释 JSP文件是由HTML尿急和嵌入的Java程序片段组成的,所以在HTML中的注释同样可以在JSP文件中使用.注释格式:  <table><tr><td>欢迎访问!</td></tr></table> 使用该方法注释的内容在客户端浏览器中是看不到的,但是可以通过查看页面源代码看到注释内容.查看源代码如下: <head> <met

注释生成Api文档

1.开发背景最近一直在写dubbo接口,以前总是用word文档写接口描述然后发给别人.现在太多了,而且跟别人对接联调的人家急着用,根本没时间去写word文档.那就想想怎么用doc文档注释自动生成接口文档了.本来以前对这一块有点印象,但是并不熟悉,加上没有很强烈的要去使用的意图,所以一直没有弄.今天要感谢公司的大神,大家都叫他欧神,神一样的男人.让我用文档注释.然后就知道怎么弄了,以下是生成的流程. 2.生成方法先说生成的方法吧,免得一开始将注释规范可能读者觉得比较繁琐,而且注释规范基本上

grep 查找bash脚本中的注释代码

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

在C#里面给PPT添加注释

平常开会或者做总结报告的时候我们通常都会用到PowerPoint演示文稿,我们可以在单个幻灯片或者全部幻灯片里面添加注释,这样观众可以从注释内容里面获取更多的相关信息. 有些朋友不清楚如何在幻灯片里面添加注释,下面我跟大家分享一下如何在C#里面为幻灯片添加注释. 在这里我使用了一个免费控件——Free Spire.Presentation,有兴趣的朋友可以下载使用. 需要添加的命名空间: using Spire.Presentation; using System.Drawing; 详细步骤和代

跨域之同源策略 Same-origin policy

同源策略是浏览器中最基本的隔离潜在恶意文件的安全策略,他限制了来自不同源(origin)的文档或脚本之间的相互作用. 何谓同源在跨域之URL中介绍过一个URL的标准格式如下: 协议类型://服务器地址(必要时需加上端口号)/路径/文件名对比URL的标准格式,这里的同源就是指: 协议类型相同(protocol) 服务器地址相同(host,也可以叫域名相同) 端口相同(port,一般默认为80) 下面是维基百科上的例子. 假如一个URL为http://www.example.com/dir/pa

设置eclipse中自动添加get,set的注释为字段属性的注释

一:说明首先具体来看一下是什么效果,上图可能会更清楚一点就是在get/set中自动加上属性的注释,那我们要怎么配置呢? 二:配置 2.1:下载附件下载附件 2.2:替换class 原生的eclipse是无法达到这个效果的,需要我们去修改里面的jar包才行. 我们找到eclipse的目录,然后用windows自带的搜索工具,搜索org.eclipse.jdt.ui_*.jar,*代表的是版本号. 我们先复制一份,备份出来,避免修改失败. 关闭eclipse. 用压缩软件打开这个jar,找到o

go语言注释

Go语言注释实例代码教程 - Go支持C语言风格的/* */块注释,也支持C++风格的//行注释. 当然,行注释更通用,块注释主要用于针对包的详细说明或者屏蔽大块的代码. 每个包都应有一个包注解,即 package 前的块注解.对多个文件的包,包注解只需出现在一个文件中,随便哪个.包注解应该介绍此包,并作为一个整体提供此包的对应信息.它首先出现在 godoc 页面,来安排好后续的详细文档. 注解不需多余排版如星星横幅等.生成的结果呈现时可能不是等宽字体,所以不要靠空格对齐, godoc,类似 g

代码的坏味道（13）——过多的注释(Comments)

坏味道--过多的注释(Comments) 特征注释本身并不是坏事.但是常常有这样的情况:一段代码中出现长长的注释,而它之所以存在,是因为代码很糟糕. 问题原因注释的作者意识到自己的代码不直观或不明显,所以想使用注释来说明自己的意图.这种情况下,注释就像是烂代码的除臭剂. 最好的注释是为函数或类起一个恰当的名字. 如果你觉得一个代码片段没有注释就无法理解,请先尝试重构,试着让所有注释都变得多余. 解决方法如果一个注释是为了解释一个复杂的表达式,可以运用提炼变量(Extract Variab

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