CellPhoneDB 代码

2024-09-02

单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

日期格式代码出现两次的错误 ORA-01810

错误的原因是使用了两次MM . 一.Oracle中使用to_date()时格式化日期需要注意格式码如:select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mm:ss') from dual;原因是SQL中不区分大小写,MM和mm被认为是相同的格式代码,所以Oracle的SQL采用了mi代替分钟.select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mi:ss') from dual;

可爱的豆子——使用Beans思想让Python代码更易维护

title: 可爱的豆子--使用Beans思想让Python代码更易维护 toc: false comments: true date: 2016-06-19 21:43:33 tags: [Python, Java, 经验] category: Python --- 我曾经是一个对Java非常反感的人,因为Java的语法非常啰嗦.而用惯了动态类型的Python再使用静态类型的Java就会觉得多出了很多的工作量. 因为工作的关系,我开始使用Java来做项目.在这个过程中,我发现Java在某些方面

iOS代码规范（OC和Swift）

下面说下iOS的代码规范问题,如果大家觉得还不错,可以直接用到项目中,有不同意见可以在下面讨论下. 相信很多人工作中最烦的就是代码不规范,命名不规范,曾经见过一个VC里有3个按钮被命名为button1.button2.button3,全文没有注释,去看代码逻辑才能知道这三个按钮的意思,我也是醉了! 下面的规范有的定的比较死,大家可以根据自己团队的风格进行修改.该文章主要是OC的代码规范,有几个是Swift的规范. OC和Swift的代码规范如下: 一.VC生命周期模块排列顺序 1. 注意

Jquery的点击事件，三句代码完成全选事件

先来看一下Js和Jquery的点击事件举两个简单的例子 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd"> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <m

redux-amrc：用更少的代码发起异步 action

很多人说 Redux 代码多,开发效率低.其实 Redux 是可以灵活使用以及拓展的,经过充分定制的 Redux 其实写不了几行代码.今天先介绍一个很好用的 Redux 拓展-- redux-amrc.它可以帮助我们使用更少的样板代码发起异步 action. 低效的过去一般情况下,为了清楚地记录异步的过程,我们需要使用三个 action 来记录状态变化.通常,我们的代码会是这样: const LOAD = 'redux-example/auth/LOAD'; const LOAD_SUCCE

编写高质量代码:改善Java程序的151个建议(第5章:数组和集合___建议75~78)

建议75:集合中的元素必须做到compareTo和equals同步实现了Comparable接口的元素就可以排序,compareTo方法是Comparable接口要求必须实现的,它与equals方法有关系吗?有关系,在compareTo的返回为0时,它表示的是进行比较的两个元素时相等的.equals是不是也应该对此作出相应的动作呢?我们看如下代码: class City implements Comparable<City> { private String code; private S

使用 .NET WinForm 开发所见即所得的 IDE 开发环境，实现不写代码直接生成应用程序

直接切入正题,这是我09年到11年左右业余时间编写的项目,最初的想法很简单,做一个能拖拖拽拽就直接生成应用程序的工具,不用写代码,把能想到的业务操作全部封装起来,通过配置的方式把这些业务操作组织起来运行. 项目的核心功能已经基本实现,但12年之后我基本停止了这方面的开发,现在翻出来在这里写出来想和大家交流一下. 鉴于篇幅和精力的原因,请原谅我这篇博文对于技术实现的具体细节谈的不是很多,只能算是一个概述.对业务的说明也不多,我想大家都是技术流,应该一看就明白. 写这个项目的时间是五六年前,现在回过

jsp前端实现分页代码

前端需要订一page类包装,其参数为 private Integer pageSize=10; //每页记录条数=10 private Integer totalCount; //总记录条数 private Integer totalPage; //总页数 private Integer currPage; //当前页 private Integer startIndex; //开始索引 private List<M> list; //结果集进行查询的数据set进对象,在运用ModelAnd

【开源】简单4步搞定QQ登录，无需什么代码功底【无语言界限】

说17号发超简单的教程就17号,qq核审通过后就封装了这个,现在放出来~~ 这个是我封装的一个开源项目:https://github.com/dunitian/LoTQQLogin ———————————————————————————————————————————— 先申请一下创建一个应用网站或者移动注意回调地址(登录的时候会传东西过去) 以网站为例验证后即可成功,具体看创建时候的提示记住上面的id 这个是你的api管理页面(更多可以申请) 下面说一下重头戏: 第一步:引入jq<s

【.net 深呼吸】限制执行代码的权限

前面好几篇文章,老周都跟大伙伴们聊了跟应用程序域有关的话题,干脆咱们一聊到底吧,做学问就应该这样,有恒心. App Domain的创建新应用程序域的方法中,有一个特殊的重载: public static AppDomain CreateDomain(string friendlyName, Evidence securityInfo, AppDomainSetup info, PermissionSet grantSet, params StrongName[] fullTrustAssembl

利用on和off方法编写高效的js代码

先说下将这个话题的起因:最近发现公司的功能代码,很多在dom对象删除以后,其声明的绑定在window上的resize事件还一直存在,导致相同的功能代码执行了几次.对于我这种轻微代码洁癖的人来说,简直是个大坑. 所以,这里以jQuery的resize方法为例,讲解下我所理解的高效写法. 先看一下普通的在window下绑定resize事件: $(window).resize(function(){ console.log("hehe"); }); $(window).resize(func

Python-Jenkins API使用 —— 在后端代码中操控Jenkins

最近在工作中需要用到在后台代码中触发Jenkins任务的构建,于是想到Jenkins是否有一些已经封装好的API类库提供,用于处理跟Jenkins相关的操作.下面就简单介绍下我的发现. Linux Curl 首先找到的是Jenkins官网的wiki:https://wiki.jenkins-ci.org/display/JENKINS/Remote+access+API 在官网首页就有关于触发job的方法: 个人尝试了下,该方式是通过命令行直接调curl去发POST请求的方式来触发job的构建.

在Sublime Text 3上安装代码格式化插件CodeFormatter

1.了解CodeFormatter插件在Sublime Text 3中编写代码,为了能让我们的代码格式变得漂亮整洁,需要一个能自动格式代码的插件.这里发现CodeFormatter插件不错,它能支持常见的几种编程语言: * PHP * JavaScript/JSON * HTML* CSS * SCSS * Python* Visual Basic/VBScript* Coldfusion/Railo/Lucee 2.安装CodeFormatter插件在启动Sublime Text 3程序后

kindeditor4整合SyntaxHighlighter，让代码亮起来

这一篇我将介绍如何让kindeditor4.x整合SyntaxHighlighter代码高亮,因为SyntaxHighlighter的应用非常广泛,所以将kindeditor默认的prettify替换为SyntaxHighlighter代码高亮插件上一篇"让kindeditor显示高亮代码"中已经说过,高亮代码主要用的是class,所以第一步:首先修改kindeditor代码高亮写入pre标签时的class类名: 打开/kindeditor4/plugins/code/code.j

让kindeditor显示高亮代码

kindeditor4.x代码高亮功能默认使用的是prettify插件,prettify是Google提供的一款源代码语法高亮着色器,它提供一种简单的形式来着色HTML页面上的程序代码,实现方式如下: 首先在编辑器里面插入javascript代码: 确定后会在编辑器插入这样的代码: <pre class="prettyprint lang-js"><script> var KE; KindEditor.ready(function(K) { KE = K.cre

【C#代码实战】群蚁算法理论与实践全攻略——旅行商等路径优化问题的新方法

若干年前读研的时候,学院有一个教授,专门做群蚁算法的,很厉害,偶尔了解了一点点.感觉也是生物智能的一个体现,和遗传算法.神经网络有异曲同工之妙.只不过当时没有实际需求学习,所以没去研究.最近有一个这样的任务,所以就好好把基础研究了一下,驱动式学习,目标明确,所以还是比较快去接受和理解,然后写代码实现就好了.今天就带领大家走近TSP问题以及群蚁算法. 机器学习目录:[目录]数据挖掘与机器学习相关算法文章总目录本文原文地址:群蚁算法理论与实践全攻略——旅行商等路径优化问题的新方法 1.关于旅行商(

Android注解使用之通过annotationProcessor注解生成代码实现自己的ButterKnife框架

前言: Annotation注解在Android的开发中的使用越来越普遍,例如EventBus.ButterKnife.Dagger2等,之前使用注解的时候需要利用反射机制势必影响到运行效率及性能,直到后来android-apt的出现通过注解根据反射机制动态编译生成代码的方式来解决在运行时不再使用发射机制,不过随着android-apt的退出不再维护,我们今天利用Android studio的官方插件annotationProcessor来实现一下自己的ButterKnife UI注解框架. 需

[WCF]缺少一行代码引发的血案

这是今天作项目支持的发现的一个关于WCF的问题,虽然最终我只是添加了一行代码就解决了这个问题,但是整个纠错过程是痛苦的,甚至最终发现这个问题都具有偶然性.具体来说,这是一个关于如何自动为服务接口(契约)的每个操作添加FaultContract与WCF服务元数据发布的问题.接下来通过一个简单的实例来说明这个因为少写了一行代码引发的血案. 一.手工添加FaultContract WCF采用基于消息的通信方式,Endpoint的ABC三要素之一的契约(Contract)的本质就是定义消息的结构.契约不

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