DAVID 富集可视化

  • 2024-11-07

DAVID 进行 GO/KEGG 功能富集分析

何为功能富集分析? 功能富集分析是将基因或者蛋白列表分成多个部分,即将一堆基因进行分类,而这里的分类标准往往是按照基因的功能来限定的.换句话说,就是把一个基因列表中,具有相似功能的基因放到一起,并和生物学表型关联起来. 何为GO和KEGG? 为了解决将基因按照功能进行分类的问题,科学家们开发了很多基因功能注释数据库,.这其中比较有名的一个就是Gene Ontology(基因本体论,GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(京都基因与基因组百科全书,K

富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言 一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能,需要做个富集分析.虽然公司买了最新版的数据库,如KEGG,但在集群跑下来嫌麻烦.这时网页在线或者本地化工具派上用场了. DAVID DAVID地址 以前我会首选DAVID,原因是方便简单.有人说它数据库更新慢,不准确(据说被science点名批评了),也有人说它运行慢,数据库更新慢是硬伤,但我只是大概看下基因集的功能,总体结果不会差到哪里去.至于运行速度我反而觉得比其他工具更快. 使用方法: 注释结果有很多,挑自己感兴趣的数据库,我一般看G

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 成对RNA-seq数据的差异表达分析

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的

GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

转：概率主题模型简介 --- ---David M. Blei所写的《Introduction to Probabilistic Topic Models》的译文

概率主题模型简介 Introduction to Probabilistic Topic Models      转:http://www.cnblogs.com/siegfang/archive/2013/01/30/2882391.html   此文为David M. Blei所写的<Introduction to Probabilistic Topic Models>的译文,供大家参考. 摘要:概率主题模型是一系列旨在发现隐藏在大规模文档中的主题结构的算法.本文首先回顾了这一领域的主要思

AI：IPPR的数学表示-CNN可视化语义分析

前言: ANN是个语义黑箱的意思是没有通用明确的函数表示,参数化的模型并不能给出函数的形式,更进而不能表示函数的实际意义. 而CNN在图像处理方面具有天然的理论优势,而Conv层和Polling层,整流层等都有明确的意义.可以跳过函数形式直接进行语义级别的解析. 可视化是直观理解的一个重要方式,CNN可视化可以辅助对特定数据集绕过语法,直接进行特定网络语义级别的解析.在CNN可视化之后,你可以看到整个特征提取的表象和结果. 这就是一个有趣的地方,我们难以规约卷积核有怎样的函数形式,有怎么样的语法

ggstatsplot绘图|统计+可视化，学术科研神器

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw 更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. ggstatsplot是ggplot2包的扩展包,可以同时输出美观的图片和统计分析结果,对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用. 一 准备数据 gapminder 数据集包含1952到2007年间(5年间隔)的142个国家的life expectancy, GDP per capita, 和 po

精心整理（含图版）|你要的全拿走！（R数据分析，可视化，生信实战）

本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理.建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢! 一 R资料+计划 R语言精品资料年中无套路赠送 R-plotly|交互式甘特图(Gantt chart)-项目管理/学习计划 二 Bioinfo R|fastqcr QC数据处理 :测序结果的数据质控及

CCF虚拟现实与可视化技术专委会丨面向增强现实的可视计算技术研究进展概述

https://mp.weixin.qq.com/s/I-rNwgXHEtwgdpkWzKtVXw 摘要 新一代增强现实技术需要依赖可视计算理论与方法解决大尺度复杂环境下的场景建模.内容生成.感知交互三个关键科学问题.本文从以上三个方面,介绍了面向增强现实的可视计算技术的主要研究进展.其中,场景建模主要涉及复杂场景定位.重建与建模,包括同时定位与地图构建.场景几何与材质精确重建与数字化.实时高质量动态环境重建等:内容生成主要涉及视觉一致性驱动的高逼真度虚实融合,包括场景渲染参数估计.虚拟物体嵌入

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化

本文首发于公众号“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg 之前介绍了使用maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图) R-maftools包绘制组学突变结果(MAF)的oncoplot或者叫“瀑布图”,以及一些细节的更改和注释. 本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用,为更易理解和重现,本次使用TCGA下载的LIHC数据. 一 数据部分 setwd("C:\\Users\\Maojie\

JavaScript数据可视化编程书籍上面的例子(flotr2)

先看demo再看例子 <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> <meta charset="utf-8"> <title></title> </head> <body> <div id="chart" style="width:600px;height:400px;"></d

Systematic comparison of strategies for the enrichment of lysosomes by data independent acquisition 通过DIA技术系统比较各溶酶体富集策略 （解读人：王欣然）

文献名:Systematic comparison of strategies for the enrichment of lysosomes by data independent acquisition(通过DIA技术系统比较各溶酶体富集策略) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2020年1月) IF:4.268 单位: 德国波恩大学 瑞士Biognosys公司 物种:HEK293细胞 技术:数据非依赖性采集(DIA)   一. 概述: 本研究基于

智慧矿山-选矿工艺数字 3D 可视化

前言 现代科技和工业的发展对矿物原料的要求越来越高,直接开采的原矿石往往达不到标准,而原矿通过选矿加工后则可以满足要求.选矿技术在冶金.煤炭.化工.建材和环保等部门都得到应用,对国民经济的发展意义重大.   HT for Web 不止自主研发了强大的基于 HTML5 的 2D.3D 渲染引擎,为可视化提供了丰富的展示效果.介于 2D 组态和 3D 组态上,Hightopo(以下简称 HT )的 HT for Web 产品上的有着丰富的组态化可供选择,本文将介绍如何运用 HT 丰富的 2/3D 组

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结

前言 关于clusterProfiler这个R包就不介绍了,网红教授宣传得很成功,功能也比较强大,主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化.简单总结下用法,以后用时可直接找来用. 首先考虑一个问题:clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注释信息来自哪里? GO的注释信息来自Bioconductor,提供了19个物种的org类型的GO注释信息,如下表所示.Bioconductor中更多的注释包可参考http://www.bioconductor.org/packages/rel

【WEGO】GO注释可视化

导入数据 BGI开发的一款web工具,用于可视化GO注释结果.自己平时不用,但要介绍给别人,简单记录下要点,避免每次授课前自己忘了又要摸索. 地址:http://wego.genomics.org.cn/ 导入文件到灰色框中,可同时导入多个文件进行比较(点一次弹出一次).支持多种文件格式导入,如果是自己导入,可另存为txt导入,通常我们做GO注释后,会有这样一个基因和GO对应关系的文件: 如果是要做个样本比较的话,每个样本一个文件导入,这样才好比较. 也可用Launch WEGO Demo直接用

【Pathview web】通路映射可视化

前言 pathview是一个通路可视化友好的R包,最主要的是它支持多组学数据映射(基因/蛋白-代谢).自己用过它的R包,后来发现有网页版的,果断介绍给学员.因为不常用,记录要点,以后温习备用. 目前web版本和R包访问和应用次数如下,显然R群体用户占主导.Web界面是在PHP上使用Laravel Framework和R构建的.地址:https://pathview.uncc.edu/ 使用时可以游客快速访问,不过注册的话会保留一段时间分析的结果. 工具使用的帮助文档详见:https://path

iOS可视化动态绘制连通图

上篇博客<iOS可视化动态绘制八种排序过程>可视化了一下一些排序的过程,本篇博客就来聊聊图的东西.在之前的博客中详细的讲过图的相关内容,比如<图的物理存储结构与深搜.广搜>.当然之前写的程序是比较抽象的.上篇博客我们以可视化的方式看了一下各种排序的过程,今天博客中我们就来可视化的看一下图的相关部分,今天我们要画的图是无向图,并且每个点到其他点都有直接的连线.今天我们就基于此图来做一些事情.当然本篇博客在画图时我们使用的是Bezier曲线来画的,因为之前也聊过关于Bezier的相关东

发布：.NET开发人员必备的可视化调试工具（你值的拥有）

1:如何使用 1:点击下载:.NET可视化调试工具 (更新于2016-12-29 19:11:00) (终于彻底兼容了部分VS环境下无法使用的问题) 2:解压RAR后执行:CYQ.VisualierSetup.exe 成功后关掉提示窗口即可. PS:一次运行,支持各个VS版本,终身提高调试的效率,而且没任何副作用. 2:开源及后续升级地址: 开源地址:http://code.taobao.org/svn/cyqopen/trunk/CYQ.Visualizer/ 后续升级获取地址:https:/

Webstorm+Webpack+echarts构建个性化定制的数据可视化图表&&两个echarts详细教程（柱状图，南丁格尔图）

Webstorm+Webpack+echarts   ECharts 特性介绍 ECharts,一个纯 Javascript 的图表库,可以流畅的运行在 PC 和移动设备上,兼容当前绝大部分浏览器(IE8/9/10/11,Chrome,Firefox,Safari等),底层依赖轻量级的 Canvas 类库 ZRender,提供直观,生动,可交互,可高度个性化定制的数据可视化图表. ECharts 3 中更是加入了更多丰富的交互功能以及更多的可视化效果,并且对移动端做了深度的优化.   1.npm

热门专题

weechat 命令
微信小程序返回页面时刷新重新加载数据
tortoisesvn项目监视器
logstash最新版
vant Picker 省市区
fastjson1.2.24-rce漏洞复现csdn
C# listview选中行高亮
Object.defineProperty是js里的吗
docker配置dns
shell中字符串的| 运算符
UI GAMMA 线性
shell if -d 通配符
PowerBI 透视表
c gflag 输入参数是空的
java导出Excel easypoi-base
windows jenkins文件下载在哪儿
小程序链接wifi安卓问题怎么解决
LCIS 动态规划 输出路径
Arm Ethos-U55架构
lua 便利 map