http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

Finding Enriched Motifs in Genomic Regions (findMotifsGenome.pl) 在指定区域做motif enrichment,大大降低了假阳性. MEME也可以做,但是设定更加复杂. 转录因子的表达具有高度的组织特异性,而且已知的TF只有1000多个,基因有30000多个,所以一个TF的靶基因可能有几百个,而且具有高度的时空组织特异性. 实验的方法就不说了,可靠.成本高.耗费劳力. 以下只说高通量数据的预测方法. 最简单的预测就是基于基因表达,c

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

[怪毛匠子]独家整理 不可以转载 MEME工具 http://meme-suite.org DNA motif 搜索算法总结 http://www.bbioo.com/lifesciences/40-115984-1.html online tools http://chipseek.cgu.edu.tw/main_menu.py RSAT http://rsat.sb-roscoff.fr https://bioconductor.org/help/course-materials/2010/

在SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 --SQL2008查找某数据库中的列是否存在某个值 create proc spFind_Column_In_DB ( @type int,--类型:1为文字类型.2为数值类型 )--需要搜索的名字 ) as --创建临时表存放结果 create table #tbl(PK int identity primary key ,tbl sysname,col sysname) ),) begin declare curTable cursor fa

问题描述 给出一个包含n个整数的数列,问整数a在数列中的第一次出现是第几个. 输入格式 第一行包含一个整数n. 第二行包含n个非负整数,为给定的数列,数列中的每个数都不大于10000. 第三行包含一个整数a,为待查找的数. 输出格式 如果a在数列中出现了,输出它第一次出现的位置(位置从1开始编号),否则输出-1. 样例输入 61 9 4 8 3 99 样例输出 2 数据规模与约定 1 <= n <= 1000.     作者注:在做此题的时候,第十行查找相等的时候多循环了一次,因此一直不满分.

组件创建了,就有方法找到这些组件.在DOM.Jquery都有各自的方法查找元素/组件,ExtJS也有自己独特的方式查找组件.元素.本次从全局查找.容器内查找.form表单查找.通用组件等4个方面介绍组件的查找方式. 目录 1. 全局查找方式 2. 容器内查找 3. form查找子组件 4. 通用组件查找方式 1. 全局查找方式 全局查找方式指在整个ExtJS框架中查找组件. 1.1 Ext.getCmp(id) :返回此id对应的组件 说明:此方法是在所有组件中查找匹配此id的组件. 参数: ①

今天这篇博客就聊聊几种常见的查找算法,当然本篇博客只是涉及了部分查找算法,接下来的几篇博客中都将会介绍关于查找的相关内容.本篇博客主要介绍查找表的顺序查找.折半查找.插值查找以及Fibonacci查找.本篇博客会给出相应查找算法的示意图以及相关代码,并且给出相应的测试用例.当然本篇博客依然会使用面向对象语言Swift来实现相应的Demo,并且会在github上进行相关Demo的分享. 查找在生活中是比较常见的,本篇博客所涉及的这几种查找都是基于线性结构的查找.也就是说我们的查找表是一个线性表,我

要自当前光标位置向上搜索,请使用以下命令:         /pattern   Enter           其中,pattern   表示要搜索的特定字符序列.         要自当前光标位置向下搜索,请使用以下命令:         ?pattern   Enter           按下   Enter   键后,vi   将搜索指定的   pattern,并将光标定位在   pattern   的第一个字符处.例如,要向上搜索   place   一词,请键入:        

在程序中,使用查找功能是少之不了.今天在ASP.NET环境下演示一回. 在cshtml视图中,有三个文本框,让用户输入关键词,然后点击最右连的“搜索”铵钮,如果有结果将显示于下面. Html: 表格放2行.一行是标题,一行作为输入框. jQuery代码: controller: 处理好条件,传入数据库中去: 根据需要,你可以使用OR或者AND. 条件中,你可以实现"=","<>","LIKE","BETWEEN xxx AN

本文地址 原文地址 分享提纲: 0. 引子 1. 感性认识GeoHash 2. GeoHash算法的步骤 3. GeoHash Base32编码长度与精度 4. GeoHash算法 5. 使用注意点(曲线突变--8个邻居来解决) 6. geohash的php .python.java.C#实现代码 7. 参考资料 引子 机机是个好动又好学的孩子,平日里就喜欢拿着手机地图点点按按来查询一些好玩的东西.某一天机机到北海公园游玩,肚肚饿了,于是乎打开手机地图,搜索北海公园附近的餐馆,并选了其中一家用餐

jQuery 的选择器常用的元素查找方法 基本选择器: $("#myELement")    选择id值等于myElement的元素,id值不能重复在文档中只能有一个id值是myElement所以得到的是唯一的元素 $("div")           选择所有的div标签元素,返回div元素数组 $(".myClass")      选择使用myClass类的css的所有元素 $("*")             选择文档中

出于安全性的考虑,不建议在bash脚本中注释掉不使用的代码.也就是说如果某段代码不使用了,那么应该删除掉,而不是简单地注释掉.假如你突然意识到这一点,而以前并没有遵从这个原则,现在需要找出脚本中的注释性代码,这可能是一个不小的工作量,让我们写一个脚本来帮助你吧,准确性无法达到百分之百,但是能够提升效率. 1.找出注释性代码的特点. 因为是bash脚本,注释行必然包含# grep "#" 2.判断其是普通注释还是代码注释 这是重点,也是难点,如何判断一个注释行是普通注释还是对代码的注释呢

Linux 文件查找 在Linux系统的查找相关的命令: which 查看可执行文件的位置 whereis 查看文件的位置 locate 配合数据库查看文件位置 find 实际搜寻硬盘查询文件名称 whereis whereis命令是定位可执行文件.源代码文件.帮助文件在文件系统中的位置.这些文件的属性应属于原始代码,二进制文件,或是帮助文件.whereis 程序还具有搜索源代码.指定备用搜索路径和搜索不寻常项的能力. 语法 whereis [-bmsu] 文件或者目录名称 参数 -b 定位可执

请直接查找CWnd类!!! CWnd* cWnd; cWnd= cWnd->FindWindowW(L"kwmusicmaindlg",NULL); CRect cRect; cWnd->GetWindowRect((LPRECT)(&cRect));//得到窗口的矩形 cWnd->MoveWindow(&(CRect(,,,)),);//移动 cWnd->ShowWindow(SW_SHOWMAXIMIZED);//...SW cWnd->

一.查找文件 使用快捷键[ctrl+shift+R]弹出弹出文件查找框,如下图所示: 二.查找包含某个字符串的文件 使用快捷键[ctrl+H]在弹出对话框中选File Search选项,然后在第一个文本框中粘贴(我一般用粘贴)或自已手动录入(容易写错)要查找的字符串(可以是英文字符也可以是汉字),在第二个文本框中输入你所要查找的文件(比如:*.jsp)最后点击Search按钮,这样MyEclipse就会在整个当前的工作空间中查找所有的jsp文件,并把查找结果输出在控制台上,也可以多文件查找,只要

字符串截断函数是指:Stuff 和 SubString,字符串查找函数是:CharIndex 和 PatIndex 一,SubString 截取子串 最常用的字符串函数,用于截取特定长度的子串. SUBSTRING ( expression ,start , length ) 参数说明: start 参数:整数,表示开始位置:字符的序号(index)从1开始,即第一个字符的序号是1: length参数:整数,表示截取字符的最大数量:如果start+Length 大于字符串的总长度,那么返回从St

查找 Lookup 窗体是一个容器,也可以把TextBox,Button也看成是一个容器,可以往容器里面添加按钮. 参考下面的实现代码,给TextBox增加查找按钮. var btn = new Button(); btn.Size = new Size(25, txtOutputPath.ClientSize.Height + 2); btn.Location = new Point(txtOutputPath.ClientSize.Width - btn.Width, -1); btn.Cu

前言 今天接到领导布置的一个任务,是之前同事负责的项目.离职了,现在客户有些地方需要修改,由于我之前参与过,就落在我的头上了. 然后我就把代码弄了过来,打开发现其中需要用到水晶报表.(我觉得不好用,不想占用多余的磁盘空间,就没有安装) 想想算了,大不了重新添加一下就完事了呗. 一开始都还好,没有什么问题. 等安装到"SQL Server 运行时(X64)"时,弹了一个文件查找对话框: 在安装了Visual Studio 2008 Service Pack 1之后,添加或移除功能Visu

iOS对于数据库的操作:增加.删除.查找.修改 首先需要创建一个数据库:本程序的数据库是在火狐浏览器里的插件里写的微量型数据库 火狐找查找SQLite Manager的步骤: 第一步:在工具栏找到附加组件,点击进入 第二步:搜索 SQP,找到并下载,安装完成之后需要重启浏览器 第三步:在工具只乐观找到SQLite Manager,点击打开 SQLite Manager界面如图所示 注:SQLite Manager是微量型的数据库编程软件,所以一次只能执行一句代码!!! 创建数据库 --数据库的建