Fastqc 能够自动识别序列的碱基编码格式,我查看一下源代码,发现是碱基编码格式一共分为 1)sanger/illumina 1.9 2) illumina 1.3 3) illumina 1.5 其核心的代码为 public static PhredEncoding getFastQEncodingOffset(final char lowestChar) { if (lowestChar < '!') { throw new IllegalArgumentException("No

javascript的浮点数: Javascript的数字都是双精度浮点数: 64位编码数字: 能表达53位精度的整数: 进行位运算时会隐式地转化为32位整数(0,1序列)后计算: 浮点数运算可能会有精度问题,最好是都用整数计算: 严格模式:考虑到兼容性问题,可以用将自身包裹在立即调用的函数表达式里再连接其他文件: 判断NaN:判断自身是否全等: 对象隐式转换: 一般对象通过valueOf方法强制转化为数字,通过toString方法强制转化为字符串: 在两者都有的情况下,对象会选择valueOf

库和API的设计: 在参数设计中保持好的习惯:如顺序,width,height;top,right,bottom,left;如命名: 将undefined看作没有值而不要表示非特定的值: 在允许0,空字符串等为有效参数的地方,不要通过真值测试(||)来实现参数默认值: 使用//var x === undefined ? 0 : x; 接受多参数对象的时候可以选用选项对象: 在处理多个预设值的时候可以用extend function extend(target, source) { if(sour

使用Object的直接量实例构造轻量级的字典: 使用for/in循环,使用对象字面量来构建,并确保不增加Object.prototype属性来导致for/in循环:(考虑到兼容性,如Array.prototype是允许增加属性的): 如果确实需要在Object.prototype中增加属性那么使用Object.defineProperty Object.defineProperty(Object.prototype, 'allkeys', { value : function () { var

方法调用: 通常某个对象调用方法查找该方法并将该对象作为该方法的接受者(this): 使用call自定义接受者 可以调用在给定对象中不存在的方法: 定义高阶函数,允许使用者给回调函数指定接受者: 使用bind方法: 当高阶函数传递对象方法时,可以使用匿名函数在适当的接受者上调用方法,或使用bind绑定接受者: 使用bind方法实现函数的柯里化(创建一个固定函数子集的委托函数),这里一般绑定接受者null; 使用高阶函数: 高阶函数就是将函数作为参数或返回值的函数: 出现重复或相似的代码时,可以考

目前下一代主流的视频编码标准有 ITU-T VCEG 推出来的 H.265 和 Google 推出 VP9 . H.265 在 H.264 的基础上保留其中的部分技术,并对相关技术加以改进研发而成.新技术主要通过提升压缩效率.鲁棒性,提高错误恢复能力,减少实时时延.减少信道获取时间等方面,让视频编码达到效率更高.同时 H.265 可以实现利用 1~2Mbps 传输速度传送 720P 普通高清音视频. VP9 是由 Google 开发的开放式.无版权费的视频编码标准,在开发初期曾经被命名为 Nex

注:本文属于转载译文,原文地址:http://blog.csdn.net/vblittleboy/article/details/8982857. 英文地址:https://trac.ffmpeg.org/wiki/Encode/H.264.内容有一定出入,但是可以借鉴学习. x264是一个 H.264/MPEG4 AVC 编码器,本指南将指导新手如何创建高质量的H.264视频. 对于普通用户通常有两种码率控制模式:crf(Constant Rate Factor)和Two pass ABR.码

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4155bb1d0100soq9.html INTEL MEDIA SDK是INTEL推出的基于其内建显示核心的编解码技术,我们在播放高清视频时得益于这个硬解码,极大地降低了CPU占用率.除了解码,它还有编码功能,有硬件编码(SDK HARDWARE)和软件编码(SDK SOFTWARE),那么,INTEL的这个技术到底有多大能耐呢? 最新的小日本TMPGEnc Video Mastering Works 5的编码引擎可以分别调用IN

本文目标:如何创建一个高质量的H.264视频 x264 是一个 H.264 编码器. 通常有2种码率控制(rate control)模式:Constant Rate Factor (CRF) or Two-Pass ABR 码率控制是一种决定为每一帧分配多少比特数bits的方法,它将决定文件的大小和质量的分配how quality is distributed. CRF恒定比率因子 目的是为了使整个文件达到特定的输出质量,而不关心文件大小:此方法在1pass时就可以提供最大的压缩效率.每一帧都得

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score     Probability of incorrect bas

ubantu16.04+mxnet +opencv+cuda8.0 环境搭建 建议:环境搭建完成之后,不要更新系统(内核) 转载请注明出处: 微微苏荷 一 我的安装环境 系统:ubuntu16.04 显卡:gt940m python: 2.7.12 GCC:5.3.0 (ubuntu 默认是5.4, 关于降级,后边有叙述) 二 安装步骤 (一) gcc降级 (可选/安装opencv2.4.13则必选) 根据需要,opencv安装时提示,gcc 不支持5.3以上版本,所以降级. 方法1:5.4 =

编解码学习笔记(一):基本概念 媒体业务是网络的主要业务之间.尤其移动互联网业务的兴起,在运营商和应用开发商中,媒体业务份量极重,其中媒体的编解码服务涉及需求分析.应用开发.释放 license收费等等.最近因为项目的关系,需要理清媒体的codec,比较搞的是,在豆丁网上看运营商的规范标准,同一运营商同样的业务在不同文档中不同的要求,而且有些要求就我看来应当是历史的延续,也就是现在已经很少采用了.所以豆丁上看不出所以然,从 wiki上查.中文的wiki信息量有限,很短,而wiki的英文内容内多,

名称   mplayer − 电影播放器 mencoder − 电影编解码器 概要   mplayer [选项] [文件|URL|播放列表|−] mplayer [选项] 文件1 [指定选项] [文件2] [指定选项] mplayer [选项] {文件和选项组} [组指定选项] mplayer [dvd|dvdnav]://[标题|[开头标题]−末尾标题] [选项] mplayer vcd://轨迹[/设备] mplayer tv://[频道][/input_id] [选项] mplayer r

相关网站:http://m.blog.csdn.net/blog/kimwu/12654517 http://blog.sina.com.cn/s/blog_4be751690100bsgb.html 下载地址:http://files.cnblogs.com/lanye/EZW%E7%B1%BB%E7%AE%97%E6%B3%95.rar 摘  要:本文提出了一种静止图像的分级压缩算法.该方法以著名的EZW算法为基础,对感兴趣区域的图像进行高质量编码,而对背景图像进行粗糙编码.该方法对于存储空

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN

cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档:http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/ 安装:           git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/           cd cutadapt           p

伟大的UHD编解码器的辩论:谷歌VP9与HEVC / H.265 截至今天,伟大的UHD编解码器的争论涉及两个主要参与者:谷歌VP9和HEVC / H.265. 哪一个获得成功并where-involves很多因素和各种streaming-related市场可能会有所不同,我讨论的吗 “编解码器”在2015条流媒体原始资料. 而实际的两个编解码器的性能是一个考虑,通常不是决定factor-certainly不是VP8和h. 不过,编解码器的性能问题,并在本文中,我将分析,看着三个标准:质量.编码

编解码学习笔记(一):基本概念 媒体业务是网络的主要业务之间.尤其移动互联网业务的兴起,在运营商和应用开发商中,媒体业务份量极重,其中媒体的编解码服务涉及需求分析.应用开发.释放license收费等等.最近因为项目的关系,需要理清媒体的codec,比较搞的是,在豆丁网上看运营商的规范 标准,同一运营商同样的业务在不同文档中不同的要求,而且有些要求就我看来应当是历史的延续,也就是现在已经很少采用了.所以豆丁上看不出所以然,从 wiki上查.中文的wiki信息量有限,很短,而wiki的英文内容内多,

文章大纲 一.架构师定义二.架构师分类与具备能力三.研发人员发展的技术路线四.架构师知识体系五.参考文章   一.架构师定义   什么是架构师,这个聊架构话题时永恒的问题.每个公司对架构师的定位也有所不同,因为不同公司所处的阶段,业务模式,应用场景也都不一样.对架构的要求也不一样.  在初创公司的野蛮生长阶段:业务场景和需求边界很难把握,有时候根本不需要架构师,产品需要快速迭代和变现,需求频繁更新,这个时候需要的是快速实现.当然如果公司成长以后,这个阶段就是欠下很多技术债,埋下很多坑,如果人员流

2017年5月25日 0. 概述 FFmpeg可通过Nvidia的GPU进行加速,其中高层接口是通过Video Codec SDK来实现GPU资源的调用.Video Codec SDK包含完整的的高性能工具.源码及文档,支持,可以运行在Windows和Linux系统之上.从软件上来说,SDK包含两类硬件加速接口,用于编码加速的NVENCODE API和用于解码加速的NVDECODE API(之前被称为NVCUVID API).从硬件上来说,Nvidia GPU有一到多个编解码器(解码器又称硬件加