本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 1 ##安装Y叔的包 2 library(remotes) remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb") #若报错 force ,则强制安装 remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb", for

这个包依赖极有可能是这个:https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ,如果可以看懂会很好理解 由于KEGG数据库分享数据的策略改变,因此KEGG.db包不在能用,推荐KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG changed their policy about sharing their data and so the KEGG.db package is no longer allowed to be curr

一.Berkeley DB的介绍 (1)Berkeley DB是一个嵌入式数据库,它适合于管理海量的.简单的数据.如Google使用其来保存账户信息,Heritrix用其来保存froniter. (2)key/value是Berkeley DB用来管理数据的基础,每个key/value对代表一条记录. (3)Berkeley DB在底层实现采用B树,可以看成能够存储大量数据的HashMap. (4)它是Oracle公司的一个产品,C++版本最新出现,之后JAVA等版本也陆续出现.它不支持SQL语

这里是第一个文件,命名为JavaSE_01.java,我在这个文件里面声明了一个m1()方法,通过包机制,我将在另外一个文件夹里访问这个文件里的东西,确切的说是访问这个文件生成的一个class文件; package com.jaovo.webTeah.db; /* * Java包机制 * * 也就是软件包机制,软件世界中的两大难题:命名和缓存; * * 在程序命名中取一个言简意赅的名字很难,有时候名字取出来发现这个名字已经存在,包括IP,域名,MAC地址冲突等,在计算机中都出现了命名冲突的问题,

一.模块 1.1 什么是模块 # 什么是模块 # 一组功能的集合,就是模块,在python中一个py文件就一个模块 1.2 为什么要使用模块 # 1.可使代码的结构功能分区更清晰 # 2.可重复使用模块的功能,减少代码冗余 # 3.可以像内置模块一样,重复使用,提高开发的效率 1. 3 如何使用 #在同目录中有三个文件 # simple_mod.py # test1.py # test2.py # test1.py 和 test2.py 分别以两种方式导入 simple_mod.py  #! /

1)enrichGO:(GO富集分析) 描述:GO Enrichment Analysis of a gene set. Given a vector of genes, this function will return the enrichment GO categories after FDR control 语法:enrichGO(gene, OrgDb, keyType = "ENTREZID", ont = "MF",pvalueCutoff = 0.0

方案一.openstack 官方 trove解决方案 此方案进行过镜像的打包,由于网络问题,还未能成功实现 方案二.salt 或者ansible+ docker 由于 docker部署数据库,在数据库这层上面再加一层docker,数据库性能方面有少许的影响,而且使用docker会打破传统的DB运维,在不考虑运维,性能影响的情况下是可以选择这种Cloud DB部署的 方案三.salt 或者ansible+ db_packagepool+deploy_scripts 此方案是iaas交付os之后,在

一.Berkeley DB的介绍 (1)Berkeley DB是一个嵌入式数据库,它适合于管理海量的.简单的数据.如Google使用其来保存账户信息,Heritrix用其来保存froniter. (2)key/value是Berkeley DB用来管理数据的基础,每个key/value对代表一条记录. (3)Berkeley DB在底层实现采用B树,可以看成能够存储大量数据的HashMap. (4)它是Oracle公司的一个产品,C++版本最新出现,之后JAVA等版本也陆续出现.它不支持SQL语

1. 包简介 任何包系统设计的目的都是为了简化大型程序的设计和维护工作,通过将一组相关的特性放进一个独立的单元以便于理解和更新,在每个单元更新的同时保持和程序中其它单元的相对独立性.这种模块化的特性允许每个包可以被其它的不同项目共享和重用,在项目范围内.甚至全球范围统一的分发和复用. 每个包一般都定义了一个不同的名字空间用于它内部的每个标识符的访问.每个名字空间关联到一个特定的包,让我们给类型.函数等选择简短明了的名字,这样可以在使用它们的时候减少和其它部分名字的冲突. 每个包还通过控制包内名字

一,引言 还记得国庆期间,我们学习了一下关于Azure Cosmos DB 的一些基础知识以及Azure Cosmos DB 的几种支持数据库类型.今天就开始分享一些实战操作,如何通过Azure Portal 创建 Cosmos DB,以及在实际项目中如何通过代码操作数据库. 今天要演示的是 Core(SQL) 核心,SQL API 是具有丰富的SQL查询功能的无架构 JSON 数据库引擎,它是以 json 形式的文档数据库.同时微软提供了对应的 EF 的操作包 ----- Microsoft.

目录 MySQL和Maria DB的介绍 MySQL和Maria DB的安装 yum源安装MySQL(Centos6.5+Mysql5.1) 源码包安装MySQL yum源安装Maria DB 源码包安装Maria DB 数据库的配置文件 数据库的配置 数据库的初始化配置 数据库的用户管理 数据库的用户权限 配置phpMyAdmin管理数据库 MySQL数据库的安全加固 修改root用户口令 绕过权限认证,空密码登录 MySQL和Maria DB的介绍 MySQL是世界上最流行的开源数据库,是由

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc

首先在lib下导入: 与打印日志信息有关的架包 log4j-1.2.16.jar mybatis架包:mybatis-3.1.1.jar 连接数据库的架包:mysql-connector-java-5.1.6-bin.jar 建立User封装类,这儿只写属性,不写setter和getter,tostring方法 private int id; private String name; private int age; 在src目录下建立db.properties文件,连接数据库的属性和值 dri

系统需求 首先确定操作系统环境,不建议在 Windows 上面搞,所以你需要用: Mac OS X 任意 Linux 发行版本 配置系统包 $ sudo apt-get install -y build-essential openssl curl libcurl4-openssl-dev libreadline6 libreadline6-dev git zlib1g zlib1g-dev libssl-dev libyaml-dev libxml2-dev libxslt-dev autoc

之前比较关注如何使用Cassandra,但是真正想大规模使用前提还是需要搞清楚备份机制,确保数据安全. 本文主要内容来自文档 "Cassandra2.2"的翻译.最后部分为真实操作案例. 这里假设你已经了解了Cassandra的压缩.墓碑.数据一致性. 原始文档链接:http://docs.datastax.com/en/cassandra/2.2/cassandra/operations/opsBackupRestore.html 备份和数据恢复 关于镜像 Cassandra 通过直

       YII 框架源码分析    百度联盟事业部——黄银锋 目 录 1. 引言 3 1.1.Yii 简介 3 1.2.本文内容与结构 3 2.组件化与模块化 4 2.1.框架加载和运行流程 4 2.2.YiiBase 静态类 5 2.3.组件 6 2.4.模块 9 2.5 .App 应用   10 2.6 .WebApp 应用   11 3.系统组件 13 3.1.日志路由组件  13 3.2.Url 管理组件  15 3.3.异常处理组件  17 3.4.Cache 组件   17 3

一.登录页面主要代码:login.jsp<%@ page language="java" import="java.util.*" pageEncoding="gb2312"%><body> <form id="form1" name="form1" method="post" action="servlet/LoginServlet"&

转载请注明本文出自Cym的博客(http://blog.csdn.net/cym492224103),谢谢支持!   Android开发编码规范 目的及指导原则 目的 统一规范 Eclipse编辑环境下Java的编码风格和标准 指导原则 1)首先是为人编写程序,其次才是计算机.这是软件开发的基本要点,软件的生命周期贯穿产品的开发.测试.生产.用户使用.版本升级和后期维护等长期过程,只有易读.易维护的软件代码才具有生命力. 2)保持代码的简单清晰,避免过分的编程技巧.保持代码的简单化是软件工程化的

步骤0 - 安装系统需要的包 Mac 请安装 Xcode 开发工具,它将帮你安装好 Unix 环境需要的开发包 Ubuntu 请安装 $ sudo apt-get install -y build-essential openssl curl libcurl3-dev libreadline6 libreadline6-dev git zlib1g zlib1g-dev libssl-dev libyaml-dev libxml2-dev libxslt-dev autoconf automak