说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可.但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程. 安装 这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse. lefse下载地址:https://bitbucket.org/nsegata/lefse/src/default/.这个网站有丰富的学习内容和教程,包括MetaPhIAn等流程,有时间去好好看看. lefse放在了bitbucket上,克隆

pip和conda安装源更改 python模块安装,使用国内源可以提高下载速度. pip源更改: pip源有好几个,我一直用的清华的pip源,它5分钟同步一次. 临时使用: pip 后加参数 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 例:pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pandas 永久使用: Linux下: 修改 ~/.pip/pip.conf (没有就创建一个), 修

版本查询 cpu tensorflow conda env list source activate tensorflow python import tensorflow as tf 和 tf.__version__ 1.11.0 keras conda env list source activate keras import keras 2.2.2 print(keras.__version__) import tensorflow as tf tf.__version__ 1.11.0

一.安装anaconda anaconda安装简单,只要确定自己的系统即可,具体安装请参考这里 二.确定自己的系统版本 我的是centos cat /etc/redhat-release 查看linux系统方法: # 方法一 cat /proc/version # 方法二 lsb_release -a # 方法三 cat /etc/issue # 方法四 cat /etc/redhat-release 三.确定自己的CUDA版本 什么是cuda: CUDA(ComputeUnified Devi

技术背景 Julia是一门为科学计算而生的编程语言,其着重强调了开源.生态与性能.从开源角度来说,相比于Matlab就要友好很多,用户可以免费使用,而且MIT协议应该是最宽松的开源协议之一(截图来自于参考链接3): 而生态则是对表的C/C++语言,我们都知道python是一门生态非常强大的编程语言,各种轮子很大程度上减少了学习成本和工作量,而julia的目标也是如此.最后在性能上是对标的python,我们都知道python作为一门解释性语言,在性能上有较大的牺牲.除非我们使用c++或者fortr

在Linux下安装Postgresql有二进制格式安装和源码安装两种安装方式,这里用的是二进制格式安装.各个版本的Linux都内置了Postgresql,所以可直接通过命令行安装便可.本文用的是Centos6.5. 安装Postgresql # 安装postgresql服务器 yum install postgresql-server #依赖包是否安装 Y/N Y #第三方贡献包 yum install postgresql-contrib #依赖包是否安装 Y/N Y 安装成功后,数据库状态

一.上传Tomcat服务器

Linux下安装使用Solr 1.首先下载Solr.mmseg4j分词包.tomcat并解压,这用google.百度都可以搜索得到下载地址. 2.因为要使用到中文分词,所以要设置编码,进入tomcat安装目录,使用vi修改confserver.xml配置 <Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" connectionTimeout="20000" redirectPort="8443&q

近期因要学习一门技术,必须在Linux下运行,故开始学习如何使用Linux. 在安装jdk时出现了困难,环境变量配置不成功,花了一天时间才搞定,特分享出来,供大家参考. Linux下安装jdk,步骤如下 1:下载jdk包:本章使用的为后缀为tar.gz的文件(不需要安装),如jdk-7u67-linux-i586.tar.gz 2: 把jdk文件保存至Linux下目录:通过控制台,使用mkdir命令生成user/java目录,并把文件放入其下 3:解压tar.gz文件:通过控制台,进入user/

在这个版本 Linux下安装和配置JDK与Tomcat(入门版) 的基础上优化升级 1.下载相关软件 apache-tomcat-6.0.37.tar.gz jdk-6u25-linux-i586-rpm.bin (32位系统的,我的系统为32位的,所以用的是这个咯) jdk-6u25-linux-x64-rpm.bin (64位系统的) 把上述软件统一放到 /usr/local/src/ 文件夹下. 我的“百度网盘”下载页面:进入下载页面 官方下载页面:参考先前的文章(Linux下安装和配置J

cmake是一个跨平台的编译工具,特点是语句简单,编译高效,相对于原有的automake更为高效,接下来说明在Linux下安装cmake工具的过程 首先去cmake官网下载cmake安装包,下载界面网址为:https://cmake.org/download/ 这里下载最新版本的cmake-3.6.1.tar.gz下载完成之后上传到服务器 安装cmake之前应该系统中已经安装gcc和g++,否则无法编译cmake 首先解压cmake安装包并进入目录, .tar.gz cd cmake-/ 然后执

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(零)目录 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(一)购买阿里云服务器 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(二)yum安装svn 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(三)yum安装mysql 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(四)yum安装tomcat 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(五)jetty配置.部署 阿里云服务器Linux CentOS安装配置(六)resin多端口配置.安装.部署 阿里云

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(九)shell编译.打包.部署 1.查询当前目录以及子目录下所有的java文件,并显示查询结果 find . -name *.java -type f -print 2.编译当前目录以及子目录下所有的java文件 find . -name *.java -type f -print -exec javac -sourcepath . {} \; 3.删除上面编译生成的class文件 find . -name *.class -type f -prin

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(八)nginx安装.配置.域名绑定 1.安装nginx yum -y install nginx 2.启动nginx service nginx start 3.访问(nginx默认是80端口) curl 127.0.0.1 4.域名子绑定 编辑文件/etc/nginx/conf.d/default.conf,在底部加入下面代码,完成前几章所述4个端口的子域名绑定 server{ listen 80; server_name tomcat.bingz

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(七)域名解析 1.购买域名 登录阿里云,左侧菜单点击[域名],然后[域名注册],完成域名购买.(一般首年45元) 2.添加域名解析 在域名列表里点击你的域名,进入域名控制台 如上图,点击[域名解析] 然后点击[添加解析],添加下面两项(有提示,很简单的) 3.ping测试 ping www.域名 ping 域名(没有www) 可能会两几分钟延迟,ping不通的话等两分钟再试试 4.下一章,使用nginx为云服务器上不同端口的服务配置不同的子域名

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(六)resin多端口配置.安装.部署 1.下载resin包 http://125.39.66.162/files/2183000003E08525/caucho.com/download/resin-4.0.48.zip 2.解压 unzip resin-4.0.48.zip -d /etc/ 3.启动resin /etc/resin-4.0.48/bin/resin.sh start 4.访问测试 curl 127.0.0.1:8080 5.探索r

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(五)jetty配置.部署 1.官网下载jetty:wget http://repo1.maven.org/maven2/org/eclipse/jetty/jetty-distribution/9.2.17.v20160517/jetty-distribution-9.2.17.v20160517.zip 我用上面的命令下载速度太慢了,于是先下载到本地,再传到服务器的 2.解压:unzip jetty-distribution-9.2.17.v201

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(四)yum安装tomcat 1.yum -y install tomcat  执行命令后,会帮你把jdk也安装好 2.tomcat安装目录:/var/lib/tomcat/ 3.tomcat配置目录:/etc/tomcat/ 4.启动tomcat:service tomcat start 5.访问下:curl 127.0.0.1:8080(安装目录是个空文件夹,所以访问时,没有任何内容返回,这是正常的) 远程访问地址:http://ip:8080(i

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(三)yum安装mysql 1.执行yum安装mysql命令:yum -y install mysql-server mysql-devel 2.启动mysql:service mysqld start 3.创建管理员:mysqladmin -u root password abc,123 4.连接测试:mysql -u root -p 5.show databases; 看看默认的库有哪些 6.新建一个库,并进入新建的库:create databas

阿里云服务器Linux CentOS安装配置(二)yum安装svn 1.secureCRT连接服务器 2.先创建一个文件夹,用来按自己的习惯来,用来存放数据 mkdir /data 3.yum安装svn yum -y install subversion 4.创建svn版本库 mkdir /data/svndata  先创建一个文件夹 svnadmin create /data/svndata/llj  创建版本库 5.修改svn配置 cd /data/svndata/llj/conf  进入配