转自:https://zhidao.baidu.com/question/2052933434631672387.html 1.解释 解释:表达值倍数变化 ,分析,消除可能的混杂因素,必要时可以用读段 的绝对表达值倍数变化(fold-change)来作为补充. Fold change 用于描述一个初始值到一个最终值的变化程度. 1.例如,若初始值为30,最终值为60,则相应的fold change为2,或者可以描述为一个2折的增长.fold change仅仅靠最终值与初始值的比率计算即可得到.

基因表达谱数据 基因表达谱可以用一个矩阵来表示,每一行代表一个基因,每一列代表一个样本(如图1).所有基因的表达谱数据在“gene_exp.txt”文件中存储,第一列为基因的entrez geneid,第2~61列是疾病样本的表达,第62~76列是正常样本的表达. 图1 基因表达谱的矩阵表示 寻找差异表达的基因: 原理介绍: 差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法.它的优点是计算简单直观

fold change 英文简称 : FC 中文全称 : 倍性变化 所属分类 : 生物科学 词条简介 : 一种用于描述两个用于相比的对象数量差异的方法.例如,第一个样本和第二个样本的量是50/10,那么FC(Ratio)就是5,反之就是0.2. 用这种方法分析微阵列的数据可以说明: 1)从基因表达的绝对值而来的表达变化是有意义的: 2)这种方法可以说明基因表达变化是否显著: 3)可以利用这种模型用于有效数据的筛选.

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is

命令简介: 该命令可以安全关闭或者重新启动系统.你没有看错,shutdown命令不仅可以关闭系统.也可以重启Linux系统.   命令语法: /sbin/shutdown [-t sec] [-arkhncfFHP] time [warning-message] 命令参数: 参数 长参数 描叙 -a Use /etc/shutdown.allow. -c 中断关机:当执行"shutdown -h 12:00"指令时,只要按+键就可以中断关机的指令 -f 重新启动时不进行磁盘检测(fsc

一.   Fedora系统配置 1.      [设置网卡IP] 步骤如下: 1)     用root用户登陆,打开/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0文件 注意:打开的文件要根据网卡来设置,如:网卡eth1的配置文件就是ifcfg-eth1. 2)     设置以下内容: DEVICE=eth0 BOOTPROTO=static IPADDR=10.128.32.36 NETMASK=255.0.0.0 ONBOOT=yes GATEWAY=10.

// Underscore.js 1.9.1// http://underscorejs.org// (c) 2009-2018 Jeremy Ashkenas, DocumentCloud and Investigative Reporters & Editors// Underscore may be freely distributed under the MIT license. (function() { // Baseline setup // -------------- // E

命令简介: 该命令可以安全关闭或者重新启动系统.你没有看错,shutdown命令不仅可以关闭系统.也可以重启Linux系统. 命令语法: /sbin/shutdown [-t sec] [-arkhncfFHP] time [warning-message] 命令参数: 参数 长参数 描叙 -a   Use /etc/shutdown.allow. -c   中断关机:当执行"shutdown -h 12:00"指令时,只要按+键就可以中断关机的指令 -f   重新启动时不进行磁盘检测

命令简介: 该命令用来显示目前所在的工作目录.指令英文原义:print work directory 执行权限    :All User 指令所在路径:/usr/bin/pwd 或 /bin/pwd 命令语法: pwd [OPTION]... 命令参数: 参数 长参数 描叙 -L --logical(无效) 当目录为连接路径时,显示连接路径 -P --physical(无效) 显示实际物理路径,而非使用连接(link)路径 --help 显示命令在线帮助(该参数无法使用) --version 显

命令简介: 该命令用来重启Linux系统.相当于Windows系统中的restart命令. 命令语法: /sbin/reboot [-n] [-w] [-d] [-f] [-i] 或 reboot [-n] [-w] [-d] [-f] [-i] 命令参数: 参数 长参数 描叙 -d 重新启动时不把数据写入记录文件/var/tmp/wtmp -f 强制重新开机,不调用shutdown指令的功能. -h 在系统关机或poweroff之前,将所有的硬盘处于待机模式 -i 关闭网络设置之后再重新启动系

from:http://www.embeddedlinux.org.cn/html/jishuzixun/201307/08-2594.html 段错误调试神器 - Core Dump详解 来源:互联网 作者:Alex 时间:2013-07-08 Tag:Linux   点击: 11670 一.前言: 有的程序可以通过编译, 但在运行时会出现Segment fault(段错误). 这通常都是指针错误引起的. 但这不像编译错误一样会提示到文件某一行, 而是没有任何信息, 使得我们的调试变得困难起来

http://blog.csdn.net/lanmolei814/article/details/45201693 ====================================== 1.Core文件简介 Core文件其实就是内存的映像,当程序崩溃时,存储内存的相应信息,主用用于对程序进行调试.当程序崩溃时便会产生core文件,其实准确的应该说是core dump 文件,默认生成位置与可执行程序位于同一目录下,文件名为core.***,其中***是某一数字. 2.开启或关闭Core文件

统一者管理员指南 Unifier Administration Guide 2014年6月 发布 2014年11月翻译 10.0版本 10.0.1译 关于译者 翻译者QQ:77811970 Email : 77811970@qq.com 更新:219296219(qq群) 由于译者水平有限,本文全面借助网络翻译工具,并作适当的整理与排版,全文内容仅供参考学习使用,加入QQ群观注更新的版本,版本归属Oracle公司. 内容 关于译者... 1 内容.. 2 1.     开始.. 12 1.1. 

Linux core 文件介绍 http://www.cnblogs.com/dongzhiquan/archive/2012/01/20/2328355.html 1. core文件的简单介绍在一个程序崩溃时,它一般会在指定目录下生成一个core文件.core文件仅仅是一个内存映象(同时加上调试信息),主要是用来调试的. 2. 开启或关闭core文件的生成用以下命令来阻止系统生成core文件:ulimit -c 0下面的命令可以检查生成core文件的选项是否打开:ulimit -a该命令将显示

ASE又走到了关键的一步  要生成能决定是否有差异表达的table. 准备借鉴一下cuffdiff和edgeR 的结果 cuffdiff对差异表达基因的描述: 一共十四列: 第一列, test_id a unique identifer describing the transcript, gene, primary transcript, or CDS being tested. eg XLOC_000003 第二列,gene_id eg XLOC_000003 第三列, gene 第四列,

heatmap.2 {gplots} R Documentation Enhanced Heat Map Description A heat map is a false color image (basically image(t(x))) with a dendrogram added to the left side and/or to the top. Typically, reordering of the rows and columns according to some set

一.前言: 有的程序可以通过编译, 但在运行时会出现Segment fault(段错误). 这通常都是指针错误引起的. 但这不像编译错误一样会提示到文件某一行, 而是没有任何信息, 使得我们的调试变得困难起来. gdb: 有一种办法是, 我们用gdb的step, 一步一步寻找. 这放在短小的代码中是可行的, 但要让你step一个上万行的代码, 我想你会从此厌恶程序员这个名字, 而把他叫做调试员. 我们还有更好的办法, 这就是core file. ulimit: 如果想让系统在信号中断造成的错误时

1. core文件的简单介绍 在一个程序崩溃时,它一般会在指定目录下生成一个core文件.core文件仅仅是一个内存映象(同时加上调试信息),主要是用来调试的. 2. 开启或关闭core文件的生成用以下命令来阻止系统生成core文件:ulimit -c 0下面的命令可以检查生成core文件的选项是否打开:ulimit -a该命令将显示所有的用户定制,其中选项-a代表“all”. 也可以修改系统文件来调整core选项在/etc/profile通常会有这样一句话来禁止产生core文件,通常这种设置是

Core文件简单介绍及生成设置方法 Core文件其实就是内存的映像,当程序崩溃时,存储内存的相应信息,主用用于对程序进行调试.当程序崩溃时便会产生core文件,其实准确的应该说是core dump 文件,默认生成位置与可执行程序位于同一目录下,文件名为core.***,其中***是某一数字. 1.文件大小限制(开关) (1)临时性设置 查看core文件是否生成: $ulimit -c  可以查看是否打开此选项,若为0则为关闭: ulimit -c 0可手动关闭 打开core文件生成: $ulim

实现mypwd 1 学习pwd命令 2 研究pwd实现需要的系统调用(man -k; grep),写出伪代码 3 实现mypwd 4 测试mypwd Linux命令学习:pwd命令 该命令用来显示目前所在的工作目录.指令英文原义:print work directory 执行权限 :All User 指令所在路径:/usr/bin/pwd 或 /bin/pwd 命令语法: pwd [OPTION]... 命令参数: 参数 长参数 描叙 -L --logical(无效) 当目录为连接路径时,显示连