paired-end reads的拼接 发表于2012 年 8 月 13 日 Velvet中paired-end reads的拼接 文件格式 要将两头测序(paired-end)的reads放到同一个文件当中,fastq格式,必须成对的依次放置reads [interleaved],velvet是成对读取的,另外Velvet假设来自两头read是反向互补的,如果不是,需要用反向互补序列来代替第一个read.Fastq格式中paired-end reads的编号相同,但是其有/1或者/2的后缀,通

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

~~和唐老师一个实验室的人开发的~~ CD-HIT is a very widely used program for clustering and comparing protein or nucleotide sequences. CD-HIT was originally developed by Dr. Weizhong Liat Dr. Adam Godzik's Lab at the Burnham Institute (now Sanford-Burnham Medical Res

默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_paired.fq.gz lane1_forward_unpaired.fq.gz lane1_reverse_paired.fq.gzlane1_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10 LEADING:3TRAILING:3 S

海宝建议用这个拼接软件 http://www.broadinstitute.org/software/discovar/blog/?page_id=98 DISCOVAR – variant caller 适合于call variant 和拼接小基因组 DISCOVAR de novo 适合拼接大基因组 下载: ftp://ftp.broadinstitute.org/pub/crd/DiscovarDeNovo/latest_source_code/LATEST_VERSION.tar.gz

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t

Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are gaining popularity. Several protocols and products are available for the library preparation step, and

用以下命令修复: bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq bbrename.sh 下载地址网上自行搜索 对于多个fq文件,可以用以下命令: while read line do nohup bbrename.sh in=${line}_R1.fq in2=${line}_R2.fq out=${line}_R1.sh.fq out2=${line}_R2.sh.fq & done < na

参考:https://www.biostars.org/p/106291/#106344 1.inner mate distance : the distance from the right most end of the left read to the left most end of the right read 2.the "insert size"=sequence between adapters (actually encompasses R1 and R2 as we

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

主页:github: PacificBiosciences/FALCON 简介 Falcon是一组通过快速比对长reads,从而来consensus和组装的工具. Falcon工具包是一组简单的代码集合,我使用它们来研究单倍体和二倍体基因组的高效组装算法. 为了提高计算速度,它有一些后台代码是使用C来实现的,为了方便一些简单的前端是用Python编写的. Falcon不是一个傻瓜的组装工具(除了很小的基因组),为了得到最好的结果,你可能需要了解各种分布式计算系统和一些基本的基因组组装理论.FAQ

改编: python ~/tools2assemble/run_fastuniq.py SHT-3K-1_1.fq.gz SHT-3K-1_2.fq.gz 好像不支持gz文件,要先解压 http://sourceforge.net/projects/fastuniq/ 下载: http://sourceforge.net/projects/fastuniq/files/FastUniq-1.1.tar.gz/download 如果下载下来文件名是download 改一下名字 这是个tar.gz文

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件. 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵.参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值,方差. 看看一些生物学意义特殊的基因表现如何,比如GAPDH,β-ACTIN等等. [1]安装计数软件:htseq-count # conda安装 $ conda install -c bioconda

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的

Description Input 第一行包含一个正整数testcase,表示当前测试数据的测试点编号.保证1≤testcase≤20. 第二行包含三个整数N,M,T,分别表示节点数.初始边数.操作数.第三行包含N个非负整数表示 N个节点上的权值. 接下来 M行,每行包含两个整数x和 y,表示初始的时候,点x和点y 之间有一条无向边, 接下来 T行,每行描述一个操作,格式为"Q x y k"或者"L x y ",其含义见题目描述部分. Output 对于每一个第一类

点此看题面 大致题意: 给你一个字符串\(s\),每次问你一个子串\(s[a..b]\)的所有子串和\(s[c..d]\)的最长公共前缀. 二分 首先我们可以发现一个简单性质,即要求最长公共前缀,则我们必然取\(s[a..b]\)的一个子串\(s[x..b]\),因为求最长公共前缀取长了不会影响答案. 那么如果我们二分答案\(mid\),就变成了每次判断原串第\(c\)个后缀长度为\(mid\)的前缀是否是原串第\(a\sim b-mid+1\)个后缀中某一后缀的前缀. 后缀自动机+线段树合并

java sound resource 合并的说法有歧义,为了方便大家搜索到这里,所以用这个标题,实际上是连接(concat),可以理解为字符串concat方法所指定的含义. AudioConcat.java源码 * AudioConcat.java * * This file is part of jsresources.org */ /* * Copyright (c) 1999 - 2001 by Matthias Pfisterer * All rights reserved. * *

https://blog.csdn.net/dataminer_2007/article/details/41907581一. sort merge joins连接(排序合并连接) 原理 指的是两个表连接时, 通过连接列先分别排序后, 再通过合并操作来得到最后返回的结果集的方法. 假如表 T1 和 T2 的连接方式是排序合并连接, oracle 执行步骤如下:(1) 根据 sql 语句中的谓词条件(如果有) 访问 T1 表, 得到一个过滤的结果集, 然后按照 T1 中的连接列对结果集进行排序(2

Array 是javascript中经常用到的数据类型.javascript 的数组其他语言中数组的最大的区别是其每个数组项都可以保存任何类型的数据.本文主要讨论javascript中数组的声明.转换.排序.合并.迭代等等基本操作. 原文:http://www.cnblogs.com/kelsen/p/4850274.html 创建数组和数组检测 1.使用Array构造函数 创建数组. //创建一个空数组 var cars = new Array(); //创建一个指定长度的数组 var car