命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed..bim..fam 参考链接: https://www.biostars.org/p/203706/

全基因组关联分析流程: 一.准备plink文件 1.准备PED文件 PED文件有六列,六列内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female; other=unknown) Phenotype PED文件是空格(空格或制表符)分隔的文件. PED文件长这个样: 2.准备MAP文件 MAP文件有四列,四列内容如下: chromosome (1-22, X, Y or 0 if unplaced) r

haploview弹出这种错误是因为haploview的缺失值默认为0,而plink文件的缺失值一般用"-9"表示,当ped文件的缺失值为"-9"时,haploview不认得该字符,就弹出错误提示.解决方法为将文件中所有的"-9"替换为0. 在linux界面中,用vim命令编辑ped文件后,输入以下字符 :1,$s/-9/0/g "1"表示从该文件的第一行至最后一行,"/-9/0/"表示将该文件的"

一.为什么要校正case和control数量比例不平衡情况 试问作为生信届人员,最怕的是什么,当然是统计结果不靠谱.统计结果不靠谱包括两方面:一个是假阴性,一个是假阳性.假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了,假阳性可以理解为一大堆青蛙,你不知道哪个才是你的真命天子.假阴性就罢了,最多让你错过发现真理的机会,但万一假阳性呢,你拿着一个看似完美的结果吭哧吭哧做实验验证,一年半载的周期下来,什么结果都验证不出来,岂不是坑了做实验的人.因此,我们就要在源头上,把这个不靠谱的统计结果杜绝出去. 上一篇文

数据预处理(DNA genotyping.Quality control.Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型数据统计分析 逻辑回归(表型数据为二元) 线性回归(表型数据为连续性变量) 表型数据正态分析(如果不是正态分布,需转换处理为正态分布) 表型数据均值.中值.最大值.最小值 影响因子对表型的影响分析 3.画曼哈顿图(GWAS)和QQ plot图 (一).准备plink文件 (1).准备PED文件 PED文件有六列

---恢复内容开始--- 我们经常说幻想着使用已有数据发表高分文章,的确,这样的童话故事每天都在发生,但如何走出第一步我们很多小伙伴不清楚,那么我们就从水稻SNP数据库的使用来讲起. http://snp-seek.irri.org/ 这是3k的水稻变异库,上面保存着现成的SNP,由于数据过大,网站的维护方使用了Plink的格式来给我们在线储存SNP的信息,可以理解毕竟3025个水稻的全基因组SNP,怎么算都不是个小数. Plink格式是如下三个文件: base_filtered_v0.7.be

将plink文件用“--recode HV ”的参数生成即可 /software/plink --file yourfile --recode HV --snps-only just-acgt --out yourfile_haploview

用--recode命令,--out表示转化的文件的名字,本例已经命名为“filter” /plink-1.07-x86_64/plink --bfile filter --recode --out filter --noweb

一.合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件,则用以下命令: plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 如果是二进制文件和ped,map格式文件,则用以下命令: plink --bfile data1 --merge data2.ped data2.map --make-bed --out merge 如果都是二进制文件,则用以下命令: plink --bfi

一般来说有两种解决方案. 第一种:添加“--plink-tped”参数: 用vcftools的“--plink”参数生成plink格式文件时,小样本量测试可以正常生成plink格式,用大样本量时产生Writing PLINK PED and MAP files ... Error:  Could not open temporary file.报错,于是尝试将“--plink"参数修改为”--plink-tped“参数,成功运行,具体如下: /bin/vcftools --vcf 1000Gen

VCFtools can convert VCF files into formats convenient for use in other programs. One such example is the ability to convert into PLINK format. The following function will output the variants in .ped and .map files. ./vcftools --vcf input_data.vcf --

plink1.9版本支持转化为VCFv4.2格式 plink2.0版本支持转化为VCFv4.3格式 两个版本用到的命令不一样 对于plink1.9版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --recode vcf-iid --out new_vcf 生成的vcf为4.2版本 对于plink2.0版本,转化为vcf文件的命令行为: plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf 生成

1)plink.exe属于putty套件, 注册到环境变量;emacs的bin目录也要注册到环境变量中; 2)在.emacs中增加如下: (require 'tramp)(setq tramp-default-method "plink") ;; 这样在emacs的minibuffer中C-x C-f之后就不必再输入/plink:(byte-compile-file "E:/tools/emacs-24.3/lisp/net/tramp-sh.el") ;; 避免错

1.PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式,并用作plink程序的输入.PLINK是一个免费的,开源的全基因组关联分析工集,旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的,大规模的分析.PED能够处理二倍体SNP数据. 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped 每一行对应一个individual 以下前6列是必须的(id是字母数字): o Family ID (Family ID用来表示家族,同一个家族用同一个family ID表示) o Individual ID (用来

目录 前言 原因 解决方法 方法一:修改样本名 方法二:修改--id-delim 方法三:加入--double_id或--const-fid参数 前言 将vcf转化为plink格式时,命令如下: plink --vcf snp.vcf --recode --allow-extra-chr --out test 出现错误: Error: Multiple instances of '_' in sample ID. If you do not want '_' to be treated as a

当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

最近有需求,对WGS测序获得SNP信息进行筛减,可问题是测序个体少,call rate,maf,hwe,等条件过滤后,snp数量还是千万级别,所以后面利用plink工具根据LD信息来滤除大量SNP标记. 工具版本:PLINK v1.90b4.6 64-bit (15 Aug 2017) 一.格式转换 首先将准备好的vcf文件转换下格式,map和ped格式: 1 plink --allow-extra-chr --recode --chr-set 18 --vcf test.gz --out s_

用 SSH 来传输文件 PuTTY 提供了两个文件传输工具 PSCP (PuTTY Secure Copy client) PSFTP (PuTTY SFTP client) PSCP 通过 SSH 连接,在两台机器之间安全的传输文件,可以用于任何 SSH(包括 SSH v1.SSH v2) 服务器. PSFTP 则是 SSH-2 中新增的特性,使用的是新的 SFTP 协议,使用上与传统的 FTP 类似.事实上 PSCP 如果发现 SFTP 可用,PSCP就会使用 SFTP 协议来传输文件,否则

将矩阵输出到txt文件中的方法,遍寻网络,始见真经!!! fid=fopen('C:Documents and Settingscleantotal.ped','wt');%写入文件路径 matrix=input_mattrix                        %input_matrix为待输出矩阵        [m,n]=size(matrix);       for i=1:1:m          for j=1:1:n             if j==n       

一.文件操作系统概述 1.概述: php中的文件操作系统主要是对文件和目录的操作.文件在windows系统下分为3种不同:文件.目录.未知,在linux/unix系统下分为7种不同:block.char.dir.fifo.file.link和unknown七种类型.目录在windows系统:D:/a/b/c.php 或 D:\a\b\c.php,在linux/unix系统: /a/b/c.php,为统一建议使用"/"作为目录之间的分割符. 2.目录或文件属性获取函数 *(1)取得文件类