对于双端比对的数据,生成的BAM文件中,R1端序列和R2端序列的标识符是一样的,之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端,哪条序列是R2端,昨天仔细研究了一下,原来代表R1端和R2端的信息都存储在flag中,即bam文件的第二列: 在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思 /*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair */ #define BAM_

做ios开发,AFNetworking 这个网络框架肯定都非常熟悉,也许我们平时只使用了它的部分功能,而且我们对它的实现原理并不是很清楚,就好像总是有一团迷雾在眼前一样. 接下来我们就非常详细的来读一读这个框架的代码,我们的目标就是理解了它的思想之后,能够明白我们的请求是如何实现的,我们的代码哪里还需要进行改进,如果能够更进一步,我们能够总结出一套适合大部分应用的网络架构思想. 能够让一些人从中受益. 我们先来看看整个框架的文件系统,我们先不对每个文件的作用进行说明,在整个源码解读最后的一篇中我

/*M/////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////// // // IMPORTANT: READ BEFORE DOWNLOADING, COPYING, INSTALLING OR USING. // // By downloading, copying, installing or using the software you agree to this licen

Solr4.8.0源码分析(19)之缓存机制(二) 前文<Solr4.8.0源码分析(18)之缓存机制(一)>介绍了Solr缓存的生命周期,重点介绍了Solr缓存的warn过程.本节将更深入的来介绍下Solr的四种缓存类型,以及两种SolrCache接口实现类. 1.SolrCache接口实现类 前文已经提到SolrCache有两种接口实现类:solr.search.LRUCache 和 solr.search.LRUCache. 那么两者具体有啥区别呢? 1.1 solr.search.LR

Solr4.8.0源码分析(6)之非排序查询 上篇文章简单介绍了Solr的查询流程,本文开始将详细介绍下查询的细节.查询主要分为排序查询和非排序查询,由于两者走的是两个分支,所以本文先介绍下非排序的查询. 查询的流程主要在SolrIndexSearch.getDocListC(QueryResult qr, QueryCommand cmd),顾名思义该函数对queryResultCache进行处理,并根据查询条件选择进入排序查询还是非排序查询. 1  /** 2 * getDocList ve

Solr4.8.0源码分析(5)之查询流程分析总述 前面已经写到,solr查询是通过http发送命令,solr servlet接受并进行处理.所以solr的查询流程从SolrDispatchsFilter的dofilter开始.dofilter包含了对http的各个请求的操作.Solr的查询方式有很多,比如q,fq等,本章只关注select和q.页面下发的查询请求如下:http://localhost:8080/solr/test/select?q=code%3A%E8%BE%BD*+AND+l

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.

之前写过一篇关于android5.0 init的介绍,这篇博客是介绍android6.0init,之前有的代码介绍不详细.而且分析 解析init.rc那块代码也没有结合init.rc介绍. 一. main函数的一些准备工作 下面我们分析下源码: [cpp] view plain copy int main(int argc, char** argv) { if (!strcmp(basename(argv[0]), "ueventd")) { return ueventd_main(a

偶然在知乎上看到这个问题,Android 5.0 如何实现将布局的内容延伸到状态栏,之前也见过多个应用的这个功能,但是知乎上的答案却没有一个真正实现此功能的一类是把标题栏设置App主题颜色,一类是提取App主题颜色然后设置成状态栏的颜色,这两种方法都只是设置了状态栏的背景色,而没有实现布局延伸到状态栏这个功能 下面是综合网上的一些东西整理的,废话不说,看代码 1 public class MainActivity extends Activity { @SuppressLint("Inlined

今天给朋友装Office2010,由于朋友之前使用的是绿化版的0ffice2007,所以卸载后安装Office遇到了若要安装Office2010,需要在计算机上安装MSXML版本6.10.1129.0.我就具体教教大家怎么解决这个问题.   工具/原料 win7/win8电脑一台 方法/步骤 1 下载MSXML 6.0,在微软官方下载中心就能下载.或者在百度上搜索下载msxml6_x86.msi和msxml6_x64.msi.32位系统只用下载msxml6_x86.msi. 2 下载好后运行这两

转自:http://blog.chinaunix.net/uid-25845340-id-2982887.html 摘要:第二章主要讲述linux如何处理ARM cortex A9多核处理器的中断.异常.介绍了中断向量表的入口.通用的中断处理代码.中断和软中断.延迟处理.中断异常的返回过程. 第二章内容较多,会分几个部分讲述.本部分主要讲进入.退出中断的过程,这部分代码涉及的都是汇编部分. 法律声明:<LINUX3.0内核源代码分析>系列文章由谢宝友(scxby@163.com)发表于http

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V

reference:https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 (序列ID及长度) 参考序列名,这些参考序列决定了比对结果sort的顺序,SN是参考序列名:LN是参考序列长度:每个参考序列为一行. @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta7 (比对所使用的软件及版本) 这里的ID是bwa,PN是bwa,VN是0.7.12-r1039版本.CL可以认为是运行程

TODO: 待修正 Binder简介 Binder是android系统中实现的一种高效的IPC机制,平常接触到的各种XxxManager,以及绑定Service时都在使用它进行跨进程操作. 它的实现基于OpenBinder项目,属于核心库.framework层的Binder通信用到的相关java类型都是对应C++类型的一个封装. 这里framework层就是android提供的java api层,类似jre中的java标准类库,也就是我们sdk中用到的各种java类型. IPC和远程对象(Rem

笔记:Memory Notification: Library Cache Object loaded into SGA在警告日志中发现一些这样的警告信息:Mon Nov 21 14:24:22 2011Memory Notification: Library Cache Object loaded into SGAHeap size 5800K exceeds notification threshold (2048K)Details in trace file c:\oracle\produ

写得太好了,本来还想自己写的,奈何肚里墨水有限,直接转吧.正所谓前人种树,后人乘凉.. View的绘制和事件处理是两个重要的主题,上一篇<图解 Android事件分发机制>已经把事件的分发机制讲得比较详细了,这一篇是针对View的绘制,View的绘制如果你有所了解,基本分为measure.layout.draw 过程,其中比较难理解就是measure过程,所以本篇文章大幅笔地分析measure过程,相对讲得比较详细,文章也比较长,如果你对View的绘制还不是很懂,对measure过程掌握得不是

CheatSheet文档中包含了GMock所有常用的东西,看了这个基本上就可以用它了,本文接上篇博文:Google C++单元测试框架GoogleTest---Google Mock简介--概念及基础语法 ,建议先看上一篇,再看本篇内容. 本文翻译自:https://github.com/google/googletest/blob/master/googlemock/docs/CheatSheet.md 一.定义一个模拟类 1. 模拟一个正常的类,就是接口类 给: class Foo { ..

View 绘制机制 1. View 树的绘图流程 当 Activity 接收到焦点的时候,它会被请求绘制布局,该请求由 Android framework 处理.绘制是从根节点开始,对布局树进行 measure 和 draw.整个 View 树的绘图流程在ViewRoot.java类的performTraversals()函数展开,该函数所做 的工作可简单概况为是否需要重新计算视图大小(measure).是否需要重新安置视图的位置(layout).以及是否需要重绘(draw),流程图如下: Vi

以下是两遍关于锁的介绍的文章,第一篇介绍锁等级以及常用操作,第二篇主要介绍了oracle中两个用以查询数据库任意对象的两个视图 一: http://www.cnblogs.com/lguyss/archive/2009/12/17/1626700.html ORACLE里锁有以下几种模式: 0:none 1:null 空 2:Row-S 行共享(RS):共享表锁,sub share  3:Row-X 行独占(RX):用于行的修改,sub exclusive  4:Share 共享锁(S):阻止其

总体概要: MQTT系列文章分为4部分 1.MQTT简介 2.mosquitto服务器搭建 3.编写Mosquitto的可视化工具 4.使用Mosquitto完成Android推送服务 文章钢要: 对MQTT协议有一定认识 对MQTT运行原理有一定了解 一.什么是MQTT 如果使用Mosquitto做Android推送那么一定无法绕过的就是MQTT协议,什么是MQTT协议呢? MQTT(Message Queuing Telemetry Transport,消息队列遥测传输)是IBM开发的一个即