缺点:需要联网,经常出错,不是操作问题而是因为网络问题 安装 if("seqinr" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("seqinr")} suppressMessages(library(seqinr)) ls('package:seqinr') ###Retrieving a

一个需求是这样的,一个vector容器中,我需要提取满足一定条件的元素的序列.就比如,一个树形结构,我把该接口拍扁成vector容器,每个节点都有一个惟一ID. 以下就是根据特定的ID查找节点下的子节点: NodeList OrgTreeParser::findChildsById(const std::string &id) { NodeList list; auto iter = std::find_if(std::begin(m_list), std::end(m_list), [&

在预测circRNA时,都是检测breakpoint 处的reads 数,最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式,给出了起始和终止位置: 对于某一个基因来说,其可能产生的circRNA的类型是多样的,以下图为例进行说明 1) 由单个外显子组成的环状RNA, 比如 2)有多个外显子组成的环状RNA, 比如 以上的两种circRNA在序列提取时都非常容易,只需要将circRNA的起始和终止位置能够和某些外显子正好对应上,那么就可以确定其序

集合:元素之间不允许重复 集合属于Python无序可变序列,元素之间不允许重复 集合对象的创建与删除 直接将值赋值给变量即可创建一个集合 >>> a = {3,5}>>> type(a)<class 'set'> set()函数将列表.元组.字符串.range对象等其他可迭代对象转换为集合,如果原来的数据中存在重复元素,则转换为集合的时候只保留一个:如果原序列或迭代对象中有不可哈希的值,无法转换为集合,抛出异常 >>> a_set=set(

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro

1 序列 在Python中,最基本的数据结构是序列,序列中每个元素被分配一个编号,也称为索引.第一个索引为0,第二个则是1,以此类推.序列中最后一个元素被标为-1,倒数第二个元素被标为-2,以此类推. 2 Python内建序列 Python包含6种内建序列,分别是列表,元组,字符串,UNICODE字符串,BUFFER对象和XRANGE对象.开始重点关注列表和元组. 3 列表和元组(序列) 列表和元组一个很重要的区别是,列表可以修改,元组则不能被修改.几乎所有情况下列表都可以替代元组,但有一个列外

目录 数据的图示 不同类型的基于图的特征 节点属性 局部结构特征 节点嵌入 DeepWalk简介 在Python中实施DeepWalk以查找相似的Wikipedia页面 数据的图示 当你想到"网络"时,会想到什么?通常是诸如社交网络,互联网,已连接的IoT设备,铁路网络或电信网络之类的事物.在图论中,这些网络称为图. 网络是互连节点的集合.节点表示实体,它们之间的连接是某种关系. 例如,我们可以用图的形式表示一组社交媒体帐户: 节点是用户的数字档案,连接表示他们之间的关系,例如谁跟随谁

该软件对于处理FASTA/Q十分方便,省去自己编写脚本 安装 1 conda install seqkit 使用 序列操作(seq) 1 ## 取方向序列 2 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 3 4 ## 取互补序列 5 seqkit seq test.fa -p > test_com.fa 6 7 ## 取方向互补序列 8 seqkit seq test.fa -r -p > test_re_com.fa 9 10 ## RNA---> DN

前言 在之前 <Oracle打怪升级之路一>中我们主要介绍了Oracle的基础和Oracle常用查询及函数,这篇文章作为补充,主要介绍Oracle的对象,视图.序列.同义词.索引等,以及PL/SQL编程的相关知识 视图 什么是视图 视图是一种数据库对象,是从一个或者多个数据表或视图中导出的虚表,视图所对应的数据并不真正地存储在视图中,而是存储在所引用的数据表中,视图的结构和数据是对数据表进行查询的结果.根据创建视图时给定的条件,视图可以是一个数据表的一部分,也可以是多个基表的联合,它存储了要执

LINQ 标准查询操作概述 序 “标准查询运算符”是组成语言集成查询 (LINQ) 模式的方法.大多数这些方法都在序列上运行,其中的序列是一个对象,其类型实现了IEnumerable<T> 接口或 IQueryable<T> 接口.标准查询运算符提供了包括筛选.投影.聚合.排序等功能在内的查询功能.        各个标准查询运算符在执行时间上有所不同,具体情况取决于它们是返回单一值还是值序列.返回单一值的方法(例如 Average 和 Sum)会立即执行.返回序列的方法会延迟查询

数据分区      LINQ 中的分区指的是在不重新排列元素的情况下,将输入序列划分为两部分,然后返回其中一个部分的操作.      下图显示对一个字符序列执行三个不同的分区操作的结果. 第一个操作返回序列中的前三个元素. 第二个操作跳过前三个元素,返回剩余的元素. 第三个操作跳过序列中的前两个元素,返回接下来的三个元素. 运算符 运算符名称 说明 C# 查询表达式语法 Visual Basic 查询表达式语法 更多信息 Skip 跳过序列中的指定位置之前的元素. 不适用. Skip Enume

一.序列 python包含六种内建的序列:列表.元组.字符串.unicode字符串.buffer对象.xrange对象. 列表可以修改,元组是不能修改的. 二.列表 列表list是变长序列,其中的内容也是可以修改的.序列通过方括号[]或者list函数进行定义,而且序列中还可以嵌套包含序列. >>> a=['wang',15]>>> print a['wang', 15]>>> b=['chen',18]>>> print b['che

这个系列是我在学习Python语言的过程中记录的笔记,主要是一些知识点汇总,而非学习教程,可供有一定编程基础者参考.文中偏见和不足难以避免,仅供参考,欢迎批评指正. 本系列笔记主要参考文献是官网文档:http://docs.python.org/.在此向文档编辑者致谢.请勿将本文用于商业用途. 一.Python语言介绍 首先,Python是一种广泛应用的通用高级编程语言,具有较高的抽象层次,支持面向对象的编程方法.其具有高级的数据结构和许多方便的库文件,可以完成文件IO.系统调用.网络编程,甚至

http://www.cnblogs.com/terryzh/archive/2012/11/10/2763538.html LinQ To Object 基本用法 inq的基本语法:var result = from item in container select item; linq获取数据子集: var result = from item in container where booleanexpression select item; Select用法: var selectedIt

Python学习2-列表和元组 标签(空格分隔): 列表 元组 在Python中,最基本的数据结构是序列(sequence).序列中的每个元素被分配一个序号--即元素的位置,也称为索引.索引从0开始. Python中包括6种内建的序列.本次暂时讨论列表和元组. 列表和元组的主要区别在于,列表可以修改,元组则不能. 一般来说,几乎所有的情况下列表都可以替代元组(需要注意的例外情况:使用元组作为字典的键.这种情况下,因为键不可修改,所以不能使用列表). 序列示例: >>>tom = ['to

return返回值: python函数都有返回值,函数体内无return,默认返回值None, 函数参数: 1.普通参数 严格按照顺序,将实际参数赋值给形式参数,一一对应. 例: def send(xxx,z,content): print(xxx,z,content) send("yy","dd",'niubi') 2.默认参数 必须放在参数列表的最后,且实际参数可以缺省和覆盖. 例: def send(xxx,z,content=123): print(xxx,

2.2 通用序列操作 #2.2 通用序列操作 #所有序列类型都可以进行的操作:索引indexing,分片sliceing,加adding,乘multiplying,成员资格, #计算序列长度,找出最大元素,最小元素的内建函数. #2.2.1 索引 #使用负数索引时,最后一个元素的编号为-1. greeting = 'Hello' print(greeting[0]) print(greeting[-1]) #字符串字面值可以直接进行索引 print('zhangxin'[0], 'lyj'[-1

之前为了编写一个svm分词的程序而简单学了下Python,觉得Python很好用,想深入并系统学习一下,了解一些机制,因此开始阅读<Python学习手册(第三版)>.如果只是想快速入门,我在这里推荐了几篇文章,有其他语言编程经验的人简单看一看就可以很快地开始编写Python程序了. 黑体表示章节, 下划线表示可以直接在原文对应位置查到的专有技术名词. 原书配套答案请到http://www.hzbook.com/Books/4572.html下载,简单注册即可. 第三章 如何运行程序 impor

最近在看<python基础教程>(基于python2.x),下面总结一下第二章列表与元组的知识: 在这章中引入了数据结构的概念.数据结构是通过某种方式组织在一起的数据元素的集合.在python中,最基本的数据结构就是序列.序列中的每个元素被分配一个序号,即元素的位置,也被称为索引.注意:第一个索引是0. 1.序列概览 python有6种内建的序列:列表,元组,字符串,Unicode字符串,buffer对象和xrange对象. 这里重点介绍列表和元组.列表和元组主要区别在于,列表可以修改,元组不

引:此文是自己学习python过程中的笔记和总结,适合有语言基础的人快速了解python3和没基础的作为学习的大纲,了解学习的方向:笔记是从多本书和视频上学习后的整合版. (一)初识python 1.一般文件以.py为格式:用#作注释. 2.一般对象不用特别声明,python会自动识别:一个对象也可以重新绑定到不同数据类型,因为python采用的是动态类型机制:但对已经声明过的对象则不能改变. 3.输出print("a"),在python控制台中也可以直接用这个对象名称,就会打印出来,

转载:http://www.cnblogs.com/wuyuegb2312/archive/2013/02/26/2910908.html 之前为了编写一个svm分词的程序而简单学了下Python,觉得Python很好用,想深入并系统学习一下,了解一些机制,因此开始阅读<Python学习手册(第三版)>.如果只是想快速入门,我在这里推荐了几篇文章,有其他语言编程经验的人简单看一看就可以很快地开始编写Python程序了. 黑体表示章节, 下划线表示可以直接在原文对应位置查到的专有技术名词. 原书