转载果子学生信  https://mp.weixin.qq.com/s/Ph1O6V5RkxkyrKpVmB5ODA 前面我们从GDC下载了TCGA肿瘤数据库的数据,也能够把GDC下载的多个TCGA文件批量读入R 今天我们讲一下TCGA数据的标准化,以及差异分析,得到了标准化后的数据,我们就可以按照以前的帖子,做一系列操作 Y叔推荐的这个图有毒! 图有毒系列之2 多个基因在多亚组疾病中的展示 在得到了差异分析的结果后,我们可以完成热图,火山图,GO分析,KEGG分析,GSEA分析,就跟这个帖子中

做差异表达的软件DEseq和edgeR所需要的数据格式必须是原始counts,经过normalization和log2后的数据都不适合,所以对于做差异表达计算的童鞋可以使用ExperimentHub下载TCGA的原始数据. GEO地址:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE62944安装:首先安装环境要求BioC 3.4## In R-3.3library(BiocInstaller)useDevel()biocValid()

https://github.com/Jialab-UCR/GDCRNATools GDCRNATools - An R package for downloading, organizing, and integrative analyzing lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC Introduction The Genomic Data Commons (GDC) maintains standardized genomic, clinical, and

http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/TCGAbiolinks/inst/doc/tcgaBiolinks.html#gdcquery:_searching_tcga_open-access_data 举例: Working with TCGAbiolinks package Antonio Colaprico, Tiago Chedraoui Silva, Luciano Garofano, Catharina Olsen,

上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/   网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal   ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左

Atitit常见的标准化组织与规范数量jcp ecma iso 1. 常见的标准化组织1 1.1. 重要的基金会apache1 1.2. 美国国家标准学会(American NationalStandards Institute,ANSI)1 1.3. W3c组织 开展1500个规范大概2 1.4. Gb系列  52133条2 1.5. iso系列 ,有10750个国际标准和2700个国际标准草案的录入数据.2 1.6. Jcp  400个jsr3 1.7. ecma  European Com

一.标准化(Z-Score),或者去除均值和方差缩放 公式为:(X-mean)/std  计算时对每个属性/每列分别进行. 将数据按期属性(按列进行)减去其均值,并处以其方差.得到的结果是,对于每个属性/每列来说所有数据都聚集在0附近,方差为1. 实现时,有两种不同的方式: 使用sklearn.preprocessing.scale()函数,可以直接将给定数据进行标准化. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 >>> from skle

本章节介绍个UNIX编程环境的标准化的进展,对ISO C,POSIX和Single UNIX Specification三个主要标准进行了说明 本章后面部分介绍了限制的具体实例. 我学习本章的心得是:云里雾里,不知道这些标准的具体有和用处,和限制的作用,捉不到本章的关键,做个记号,回头重新细读一遍.

机器学习中离散特征的处理方法 Updated: August 25, 2016 Learning with counts is an efficient way to create a compact set of features for a dataset, based on counts of the values. You can use the modules in this section to build a set of counts and features, and late

Atitit USRqc62204 证书管理器标准化规范 /atiplat_cms/src/com/attilax/cert/CertSrv4mv.java /** * */ package com.attilax.cert; import java.io.File; import java.util.Date; import com.attilax.device.HardWareUtils; import com.attilax.io.FileExistEx; import com.attil

Atitit 发帖机系列(6) USRQBN2201 setup spec安装程序的实现规范与标准化解决方案 安装主要解决一个问题,就是resin的内容启动路径以及端口..这里是使用的端口8077 主要是加载模板配置,然后替换,即可. 遇到的问题主要有主目录路径的提取,截取最后一个反斜杠.. setup安装.bat set javaexec="%java_home%\bin\java.exe" rem a  start explorer z:  WEB-INF\lib rem chec

Atitit 发帖机实现(4 )- usbQBM1601 gui操作标准化规范与解决方案attilax总结 1.1. 根据gui的类型使用不同的gui调用api1 1.2. Script化1 1.3. 同步化1 1.4. webdriver标准化1 1.5. Dom的jq标准化1 1.6. 控件的选取优先使用id,其次name属性css选择器,然后val属性等.2 1.7. 界面的跳转,使用win.localtion即可2 1.8. 参考资料2 1.1. 根据gui的类型使用不同的gui调用ap

Atitit   发帖机实现(3 )---usrQBN023 js提交ajax内容到后端规范与标准化 大段内容务必要替换转义换行符号1 提交务必使用utf编码,否则解码后的可能缺失,是web server的bug应该.Resin4.0.221 大段内容务必要替换转义换行符号 C:\0workspace\AtiPlatf_cms\WebRoot\poster\gejy_pub.js cmd= cmd.replace(new RegExp("\r\n",'gm'),"\\r\\n

Atitit usrQBK1600 技术文档的规范标准化解决方案 1.1. Keyword关键词..展关键词,横向拓展比较,纵向抽象细化拓展知识点1 1.2. 标题必须有高大上词汇,参考文章排行榜,1 1.3. 标题带语言关键词c#.net js javascript  c++ python1 1.4. 标题最好有英文版本的,方便英文查询1 1.5. 标题atitit前缀,attilax总结结尾方便查询1 1.6. 标题后面带上版本号v2 qbf等,方便时间对比1 1.7. 正文要求 修辞好(引

Atitit cms wordpress get_post  返回的WP_Post 规范 标准化 public $ID; public $post_author = 0; * The post's local publication time. public $post_date = '0000-00-00 00:00:00'; * The post's GMT publication time. public $post_date_gmt = '0000-00-00 00:00:00'; pu

Atitit usrqbg1821 Tls 线程本地存储(ThreadLocal Storage 规范标准化草案解决方案ThreadStatic 1.1. ThreadLocal 设计模式1 1.2. 标准化现状 线程局部存储在不同的平台有不同的实现,可移植性不太好.1 1.3. Java与c#的ThreadLocal1 1.4. windowsTLS的4个 API: TlsAlloc.TlsGetValue.TlsSetValue 和 TlsFree1 1.5. Linux下支持两种方式定义和

Atitit usrqbg1834 html的逻辑化流程化 规范标准化解决方案 常用指令1 ..v-if.v-else指令2 v-for指令3 MVVM大比拼4 常用指令 本来按照Vue文档说明,常用指令应该是放在后面介绍的,但是从使用的层面考虑,先介绍常用指令还是非常必要的,因为博主觉得这些指令是我们入手使用Vue的桥梁,没有这些基石,一切的高级应用都是空话. Vue里面为我们提供的常用指令主要有以下一些. · v-text · v-html · v-if · v-show · v-else

Atitit usbQb212 oo 面向对象封装的标准化与规范解决方案java c# php js 1.1. 封装性是面象对象编程中的三大特性之一  三个基本的特性:封装.继承与多态1 1.2. 魔术方法 预定义方法2 1.3. 魔术常量(Magic constants) 预定义变量2 1.4. 适用领域 js php java c#2 1.5. 构造函数 __construct( ) vs xxxCls()3 1.6. 析构函数名称必须是__destruct( )  finally()3 1

Atitit 数据处理查询 中的异常标准化草案 jpa jdbc hb  oql规范attilax总结 Javaee6 与net 异常规范1 Jpa规范 JPA全称Java Persistence API.1 Jdbc api1 Hibernate api1 Javaee6 与net 异常规范 Jpa规范 from jee6 Jpa规范 JPA全称Java Persistence API. package javax.persistence; NonUniqueResultException N

Atitit.复合文档的格式 标准化格式 1. Docfile1 2. Iso   Cdf  cd file1 3. Zip1 4. Ooxml1 5. Odf  :OpenDocument Format2 5.1.1. 本质2 6. 参考3 1. Docfile paip.docfile二进制复合文档 前言Docfile Docfile是二进制复合文档,打开文件可看到文件头签名..类似于文件夹存储的方式来存储文档…如以前的DOC文件夹,OLE文档等.. 2. Iso   Cdf  cd fil