haploview出现“more than two alleles”的解决方法

弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因，haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因，因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。

解决方案一：针对vcf格式的文件；

用到命令：--min-alleles 2 --max-alleles 2

先在linux上下载安装vcftools软件，下载地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html”

具体命令如下 ：

/vcftools --gzvcf  your.vcf.gz --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out yourvcf_snps
/vcftools --vcf /to/your/pathway/yourvcf_snps.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink --out /to/your/pathway/file

　　

“/vcftools”指vcftools软件在终端上的路径

“file”是指你想保存的文件名字。

VCFtools的所有命令见此网页：https://vcftools.github.io/man_latest.html

解决方案二：如果原始文件是plink格式，也可以用以下格式修改：

/software/plink --noweb --file filetext --snps-only --recode --out filetext_snponly