在进行深度学习之前，我们需要图像进行一些预处理操作，其中配准是很重要的一环，以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准

3D Slicer是（1）一个软件平台，用以图像分析（包括配准和实时编辑），图像可视化以及图像引导治疗；（2）是一个免费、开源软件，并适用于Linux、MacOSX和windows操作系统；（3）拥有强大的可扩展性，可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用。3D slicer的主要特征有：（1）适用于从头到脚的各个组织器官；（2）兼容MRI、CT、US（超声）、核医学以及显微镜下的影像；（3）拥有双向可交互性

准备

1. 3D Slicer下载

下载链接

安装过程不予累述，注意如果有独显的话，打开该软件的时候，右击鼠标，选择用图形处理器运行，不然会使用CPU运行，会比较卡

安装及加载文件教程

2. 获取两组dicom文件

3. 获取module -- Elastix

点击view，选择Extension Manager。搜索Elastix，安装SlicerElastix

配准

  1. 将两组需要配准的dicom文件拉入软甲所在位置，根据提示框将两组文件都进行加载

  2. 点击搜索框，选择Elastix

  3. 在Inputs框，依次选择配准的文件，其中Fixed volume表示配准的基准，Moving volums表示待配准的文件

  4. 选择配准之后输出的名字

  5. 点击Apply等待即可

结果

  1. 点击data，可看见左侧中间部分显示原文件和配准结果文件，点击即可查看

  2. 保存文件，点击save即可保存，同时可以保存多种格式

使用3D Slicer对图像进行配准的更多相关文章

  1. 3D Slicer中文教程（七）—图像中值滤波

    1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...

  2. 3D Slicer中文教程（六）—调用matlab函数（MatlabBridge使用方法）

    1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...

  3. 3D Slicer中文教程（五）—三维视图颜色改变

    3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...

  4. 使用3D Slicer进行颅骨去除

    关于3D Slicer的下载.安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除 准备 此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软 ...

  5. 3D Slicer Programmatically Set Slice Offset and Intersections 用代码修改Slicer中的切片偏移和交叉点显示

    在3D Slicer中,当我们导入.mha/.mhd等格式的volume文件后,那么我们就可以在Axial, Sagittal, Coronal三个方向来观察我们的MRI或者CT的图像了.3D Sli ...

  6. 3D Slicer中文教程（八）—导出STL文件

    一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...

  7. 3D Slicer中文教程（四）—图像分割

    1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...

  8. 3D Slicer中文教程（三）—数据加载及保存方式

    1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...

  9. 3D Slicer中文教程（一）—下载及安装方法

    3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...

随机推荐

  1. jquery购物车计算总价

    //计算总价 function cartTotal(){ var total = 0; //循环计算的列,选中计算的数量和价格 //accAdd为精BigDecimal准计算方法 $.each($(& ...

  2. ES6使用fetch请求数据

    ie是完全不支持fetch的. fetch(url,{method:"get/post"}).then(res=>{   }) 如果请求返回的status是200,body是 ...

  3. 微信二次开发点击菜单openId的获取

    首先普及一个知识:一个关注的用户对于一个微信公众号是唯一的,也就是说一个用户针对与一个微信公众号是唯一的,对于不同的公众号,同一个微信号具有不同的openId; 在微信开发中,我们添加了一个二级菜单并 ...

  4. C#如何以管理员身份运行程序 转

    在使用winform程序获取调用cmd命令提示符时,如果是win7以上的操作系统,会需要必须以管理员身份运行才会执行成功,否则无效果或提示错误. 比如在通过winform程序执行cmd命令时,某些情况 ...

  5. BP神经网络 详解模板

    %原始数据输入 P=[ - 6.142 - 27.5 5.068 - 31.7 5.196 - 34.1 6.362 - 31.54 6.472 - 30.17 6.578 - 29.53 6.351 ...

  6. charming_memory

    Memory Master 一 .Forget遗忘 遗忘似乎是记忆的天敌,但是善用遗忘规律却能帮助我们更好的记忆. 复习的最佳时间是实际材料的1~24小时,最晚不超过2天,复习时间太长,就有一种生疏的 ...

  7. IOS 模拟器多开集成测试和那些坑

    #### 前言公司一直没有IOS自动化,搞得很尴尬,个人感觉搞自动测试的,不搞IOS自动化,就像金X,少了重要一点啊.也向领导申请过不止一次,总只都各种原因没有分配机器,不了了之.某天线上IOS出bu ...

  8. HTML5之日历控件

    HTML5定义了几个与日期有关的新控件.支持日期控件的浏览器会提供一个方便的下拉式日历,供用户选择. 以下测试和截图都是在谷歌浏览器完成的,其他浏览器可能略有差异. 1.日期时间控件 HTML代码: ...

  9. Python开发网站目录扫描器

    有人问为什么要去扫描网站目录:懂的人自然懂 这个Python脚本的特点: 1.基本完善 2.界面美观(只是画了个图案) 3.可选参数增加了线程数 4.User Agent细节处理 5.多线程显示进度 ...

  10. 生产apollo搭建记录（五）

    1. 生产apollo搭建记录(五) 1.1. 目标   搭建两个环境配置,dev和pro,但目前可用服务器限制,打算mysql用同一个,服务器分生产和测试 1.2. 数据库 建三个库 注意注意:在启 ...