1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。

2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。

3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。

一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter。测序开始时前几个碱基无法测得，第一个adapter在数据输出时被去除；由于测序仪读长限制，第二个adapter通常无法测得。所以，经常得到类似 barcode--部分insert的read。最后，把barcode去除，只保留测度insert的片段，这个操作的术语是demultiplexing。但是有时候测序时会测穿，也就是说会得到barcode--insert的read--部分adapter，那么这里就包含了接头了，这里的接头也就是大家经常说去接头要去除的部分。

接头序列一般提供的比较稳定，是一个类似fasta的文件序列

  1. cutadapt -a adapt2 -A adapt1_REV -m 20 --pair-filter=both -o out_fq1 -p out_fq2 fq1 fq2

  2. trimmomatic 去接头，处理reads (模式一：去除adapter  模式二： 去除adapter并且去除低质量序列）

RNA-Seq数据去接头(Adapter)的更多相关文章

  1. 关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲

    关于RNA-Seq数据去接头(Adapter)这事需要讲一讲 RNA-Seq adapter barcode cutadapt 首先来了解一下三个概念: 1.adapter是一段短的序列已知的核酸链, ...

  2. RNA seq 两种计算基因表达量方法

    两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比 ...

  3. sql 游标例子 根据一表的数据去筛选另一表的数据

    sql 游标例子 根据一表的数据去筛选另一表的数据 DECLARE @MID nvarchar(20)DECLARE @UTime datetime DECLARE @TBL_Temp table( ...

  4. 【云栖大会】阿里巴巴集团CTO张建锋:用计算和数据去改变整个世界

    摘要: 当浩瀚的数字化信息能够联网在线,在万物互联网的新世界中,所有东西都可能有感知.变智能,想象一下电表.冰箱.心电图监测仪等设备的信息都能数字化并联网,从城市管理到个人生活,都会迎来翻天覆地的变化 ...

  5. RNA -seq

    RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同 ...

  6. iOS请求服务器数据去空NSNull

    我们在处理数据库接口的过程中,如果数据中出现null,我们是没法处理的.我在使用NSUserDaults保存后,出现崩溃. null产生原因 null是后台在处理数据的时候,如果没有设置value值, ...

  7. 继上篇-jquery ajax提交 本篇用ajax提交的数据去数据库查询

    上篇讲到如何用jquery ajax提交数据至后台,后台接收并返回给ajax.https://www.cnblogs.com/tiezhuxiong/p/11943328.html 今天我们把数据传到 ...

  8. Js数据去重复,时间更换格式，cookie，localStorage和sessionStorage的使用等通用方法

    一,数组去重复 function unique(arr) { // 遍历arr,把元素分别放入tmp数组(不存在才放) var tmp = new Array(); for (var i in arr ...

  9. mysql数据去重复distinct、group by

    使用distinct 和group by都可以实现数据去重. select distinct 字段 group by 一般放在where条件后

随机推荐

  1. java方法中增加不固定参数

    JDK1.5以上支持 一.定义方法 有时方法的参数个数不固定,可以使用...来省略个数,使用时直接遍历即可,例如下面的方法 public class hi { public void print(St ...

  2. myeclipse2014安装aptana3.4.0插件（转）

    1.下载aptana3.4.0_eclipse的zip包  http://pan.baidu.com/s/1qXOiZl6 或者是:https://pan.baidu.com/s/1jIqOYcI 2 ...

  3. new usercontrol

    http://www.codeproject.com/Articles/12421/The-Grouper-A-Custom-Groupbox-Control

  4. Python3 reversed 函数

    Python3 reversed 函数  Python3 内置函数 描述 reversed 函数返回一个反转的迭代器. 语法 以下是 reversed 的语法: reversed(seq) 参数 se ...

  5. xshell常用的快捷键

    删除ctrl + d      删除光标所在位置上的字符相当于VIM里x或者dlctrl + h      删除光标所在位置前的字符相当于VIM里hx或者dhctrl + k      删除光标后面所 ...

  6. e-olymp Problem9 N-digit numbers（打表）

    传送门:点我 N-digit numbers Find the quantity of N-digit numbers, which the sum is equal to their product ...

  7. 100-days: Four

    Title: Weekend 'catch-up sheep' is a lie catch-up n.补做:赶做 play catch-up 通过追赶,达到同样的水平或程度 catch-up sle ...

  8. QT各模块

    基本模块: QT core QT gui QT widgets QT multimedia QT webkit 浏览器引擎 QT network QT sql QT test 单元测试 QT webv ...

  9. [剑指Offer]42-连续子数组的最大和(DP)

    题目链接 https://www.nowcoder.com/practice/459bd355da1549fa8a49e350bf3df484?tpId=13&tqId=11183&t ...

  10. Q in Q

    简介 Q in Q技术(也称Stacked VLAN 或Double VLAN).标准出自IEEE 802.1ad,将用户私网VLAN Tag封装在公网VLAN Tag中,使报文带着两层VLAN Ta ...