p值还是 FDR ?
p值还是 FDR ?
经常有同学询问如何筛选差异的基因(蛋白)。已经计算了表达量和p value值,差异的基因(蛋白)太多了,如何筛选。其中最为关键的是需要对p value进行校正。
基本概念:
零假设:在随机条件下的分布。
p值:在零假设下,观测到某一特定实验结果的概率称为p值。
假阳性:得到了阳性结果,但这个阳性结果是假的。
假阴性:得到了阴性结果,但这个阴性结果是假的。
单次检验:
针对单个基因(蛋白),采用统计检验,假设采用的p值为小于0.05,我们通常认为这个基因在两个(组)样本中的表达是有显著差异的,但是仍旧有5%的概率,这个基因并不是差异基因。
单多次检验:
当两个(组)样本中有10000个基因采用同样的检验方式进行统计检验时,这个时候就有一个问题,单次犯错的概率为0.05, 进行10000次检验的话,那么就有0.05*10000=500 个基因的差异被错误估计了。
多重检验矫正:
为了解决多次检验带来的问题,我们需要对多次检验进行校正。那如何校正呢?在此介绍两种方法:
Bonferroni 校正法
Bonferroni校正法:如果进行N次检验,那么p值的筛选的阈值设定为p/N。 比如,进行10000次检验的话,如果p值选择为0.05, 那么校正的p值筛选为0.000005。 p值低于此的基因才是显著性差异基因。
该方法虽然简单,但是过于严格,导致最后找的差异基因很少,甚至找不到差异的基因。FDR(False Discovery Rate) 校正法
FDR错误控制法是Benjamini于1995年提出的一种方法,基本原理是通过控制FDR值来决定p值的值域。相对Bonferroni来说,FDR用比较温和的方法对p值进行了校正。其试图在假阳性和假阴性间达到平衡,将假/真阳性比例控制到一定范围之内。
那么怎么从p值来估算FDR呢,人们设计了几种不同的估算模型。其中使用最多的是Benjamini and Hochberg方法,简称BH法。该方法分两步完成,具体如下:
2.1 假设总共有m个候选基因,每个基因对应的p值从小到大排列分别是p(1),p(2),…,p(m)
2.2 若想控制FDR不能超过q,则只需找到最大的正整数i,使得 p(i)<= (i*q)/m . 然后,挑选对应p(1),p(2),…,p(i)的基因做为差异表达基因,这样就能从统计学上保证FDR不超过q。
如何实现多重检验:
如果你了解R语言的话,那么采用p.adjust方法就可以了。
p值还是 FDR ?的更多相关文章
- Population-based metagenomics analysis reveals markers for gut microbiome composition and diversity
读paper的时候觉得自己就是个24K纯学渣(=.=)一大堆问题等着我去解决...所以在这里写一个Q&A好了,先列问题,逐步填充答案- ××××××××××××××××××我是分割线么么哒×× ...
- ONCOCNV软件思路分析之tumor处理
前期处理 perl脚本统计RC(RC(read counts)) 读入control baseline 和 sigma(最后baseline 预测的mad值) 将gc < 0.28或gc > ...
- 生信基础知识【04】GO和pathway分析
非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是G ...
- 【R方差分析】蛋白质表达量多组比较
初始数据类似: 蛋白质组数据虽不是严格的正态分布,但目前最常用的检验方法还是T检验(两组比较)和方差分析(多组比较).这个话题值得深究,这里不展开. 主要是求多个蛋白的Pvalue值或FDR,用于差异 ...
- FDR错误发现率-P值校正学习[转载]
转自:https://baike.baidu.com/item/FDR/16312044?fr=aladdin https://blog.csdn.net/taojiea1014/article/d ...
- MongoDB学习笔记~MongoDB实体中的值对象
回到目录 注意,这里说的值对象是指在MongoDB实体类中的,并不是DDD中的值对象,不过,两者也是联系,就是它是对类的补充,自己本身没有存在的价值,而在值对象中,也是不需要有主键Id的,这与DDD也 ...
- matlab FDR校正
http://home.52brain.com/forum.php?mod=viewthread&tid=27066&page=1#pid170857 http://www.mathw ...
- SPM FDR校正
来源: http://blog.sciencenet.cn/blog-479412-572049.html,http://52brain.com/thread-15512-1-1.html SPM8允 ...
- 假设检验:p-value,FDR,q-value
来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6b1c9ed50101l02a.html,http://wenku.baidu.com/link?url=3mRTbARl0uPH ...
随机推荐
- php常见排序
public function actionQuickSort(){ $arr = ['5', '4', '3', '2', '1', '0']; $quickRes = $this->quic ...
- Bootstrap 轮播
[Bootstrap 轮播] 1.要设置一个轮播界面,需要注意以下几点: 1)根div 必须为 class="carousel slide" 2)根div下含有三块子div a)& ...
- sqlite3调试
[sqlite3调试] 1.adb shell 激活模拟器shell. 2.cd /data/data/com.xxx.xxx/databases 进入app 数据库目录. 3.ls 查看有哪些数据库 ...
- meta标签的使用
meta标签是html标记head区的一个关键标签,它位于HTML文档的<head>和<title>之间(有些也不是在<head>和<title>之间) ...
- vue中使用全局函数
方法一: 在mian.js中写入函数: Vue.prototype.bb = function () { alert('OK'); } 然后在任何组件中都可以调用: this.bb() ...
- Python memoryview() 函数
Python memoryview() 函数 Python 内置函数 描述 memoryview() 函数返回给定参数的内存查看对象(Momory view). 所谓内存查看对象,是指对支持缓冲区协 ...
- Django、Flask、Tornado的比较
一:常用请求参数的接收 Django中: request.GET/POST Tornado中: self.get_query_argument()/get_query_arguments() self ...
- HDU-1069.MonkeyandBanana(LIS)
本题大意:给出n个长方体,每种长方体不限量,让你求出如何摆放长方体使得最后得到的总高最大,摆设要求为,底层的长严格大于下层的长,底层的宽严格大于下层的宽. 本题思路:一开始没有啥思路...首先应该想到 ...
- Alley Bird 跳跳鸟源码
<跳跳鸟Alley Bird>是一款敏捷小游戏.<跳跳鸟Alley Bird>采用了点击屏幕操作玩法,非常简单易上手,同时游戏内容也趣味性十足.<跳跳鸟Alley Bir ...
- Unity 场景分页插件 World Streamer 支持无限大地图的解决方案(二)
Terrain Streaming 可以用WorldCreator创建Tile地形,然后用WorldStreamer实现分块地图.比如10000*10000(16平方公里) 的地形,需要1000*10 ...