Gblocks命令行

 使用默认的设置：

 $ Gblocks proteins.fasta -t=p

 必须是 fasta 文件在前，参数在后。若没有参数，则进入交互式界面。

 Gblocks cds.fasta −t=c −b1=“$b1” −b2=“$b1” −b3= −b4= −b5=h

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 -t= default:p

 设置序列的类型，可选的值是 p,d,c 分别代表 protein， DNA， Codons 。

 -b1= default:（ 序列条数的 % +  ）

 设定保守性位点必须有 >= 该值的序列数。该参数后接一个 integer 数，默认下比序列条数的 % 大 .

 -b2= default: 序列条数的 %

 确定保守位点的侧翼位点时，其位点必须有 >= 该值的序列数。该值必须要比 -b1 的值要大。

 -b3= default: 

 最大连续非保守位点的长度。

 -b4= default: 

 保守位点区块的最小长度。该值必须 >= 。

 -b5= default: n

 设置允许含有 Gap 位点。可选的值有 n,h,a 分别代表 None, With Half, All 。 当为 h 时，表示

 -e= default: -gb

 设置输出结果的后缀。

注意：where b1 = % of the sequences sampled in the data set.