24、嵌合体序列Chimeras
转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html
嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下:
在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例,
在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列;
在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,进行延伸
在PCR过程中,大概有1%的几率会出现嵌合体序列,所以在16S 扩增子测序的分析中,需要去除嵌合体序列
参考文章:http://drive5.com/usearch/manual/chimera_formation.html
24、嵌合体序列Chimeras的更多相关文章
- 扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分 ...
- 利用USearch去除嵌合体(chimeras)
嵌合体序列指在pcr过程中,两条不同的序列产生杂交扩增的序列,属于人工污染,在ITS和16S分析中,应该首先去除,USearch提供去除嵌合体的功能 usearch -uchime_ref reads ...
- 剑指 Offer 题目汇总索引
剑指 Offer 总目录:(共50道大题) 1. 赋值运算符函数(或应说复制拷贝函数问题) 2. 实现 Singleton 模式 (C#) 3.二维数组中的查找 4.替换空格 ...
- Chap4: question: 19 - 28
19. 二叉树的镜像(递归) 即:交换所有节点的左右子树.从下往上 或 从上往下 都可以. #include <iostream> #include <string> usin ...
- Python内置函数详解——总结篇
2个多月来,将3.5版本中的68个内置函数,按顺序逐个进行了自认为详细的解析,现在是时候进行个总结了.为了方便记忆,将这些内置函数进行了如下分类: 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...
- SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...
- OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元
转自http://www.dxy.cn/bbs/topic/35655953 1.OTU是什么? OTU(operational taxonomic units),即操作分类单元.通过一定的距离度量方 ...
- Iso-seq 必备基础
Iso-seq , 全称叫做 Isoform-sequencing, 是 Pacbio 公司对自己开发的转录本测序技术的规范化命名:是利用三代测序长读长的特点,不打断转录本,直接测序,从而得到全长转录 ...
- 5.python内置函数详解
内置函数 声明,转载至这位大哥,感谢之至 http://blog.csdn.net/oaa608868/article/details/53506188 关于分类 数学运算(7个) 类型转换(24个) ...
随机推荐
- jenkins实现自动部署
主机A搭建gitlab.gitlab下载:https://www.gitlab.cc/downloads/ (gitlab中文网) 主机B搭建jenkinsjenkins下载:https://j ...
- python实现并绘制 sigmoid函数,tanh函数,ReLU函数,PReLU函数
Python绘制正余弦函数图像 # -*- coding:utf-8 -*- from matplotlib import pyplot as plt import numpy as np impor ...
- 剑指offer——和为s的两个数字VS和为s的连续正数序列
两种方法都类似于快排的变形. #include <iostream> #include <string> using namespace std; bool FindNumbe ...
- tp导出excel
//数据导出 protected function dao($db,$where,$join,$field){ $data = M($db)->join($join)->where($wh ...
- jsp操作xml
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <!-- 说明是xml文件,文件的版本和字符编码 --> ...
- 英语发音规则---Z字母
英语发音规则---Z字母 一.总结 一句话总结:字母Z的名称zed /zed/,美式英语的称zee /zi:/,少数方言(如香港)读izzard /'izəɹd/. 1.字母Z在单词中发[z]? pu ...
- eclipse自动提示功能没了的解决办法
由于重新配置了环境,并且eclipse也是装的4.2的,今天用的时候发现了,居然没有自动提示功能,也就是当一个对象居然点不出他的相关方法.后来网上搜索了下,成功的 办法是. 1.我window-> ...
- mysql连接超时问题
前几天使用个脚本不停的查看redis队列中的事件.如果有则把事件取出来,然后进行一些数据库操作. 后来发现,每天的第一次有事件时都会到导致,找不到数据. 后来定位到问题,是mysql在连接长时间无活动 ...
- 【BZOJ 4199】[Noi2015]品酒大会 后缀自动机+DP
题意 两个长度为$r$的子串相等称为$r$相似,两个$r$相似的权值等于子串开头位置权值乘积,给定字符串和每个位置权值,求$r$相似子串数量和最大权值乘积 对反串建立后缀自动机得到后缀树,后缀树上两个 ...
- 【leetcode刷题笔记】Sum Root to Leaf Numbers
Given a binary tree containing digits from 0-9 only, each root-to-leaf path could represent a number ...