KO 数据库分类系统介绍
KEGG Orthology数据库不仅对基因的功能进行了扩充和整理,还对功能进行了细致的分类;
针对基因的功能,共有3级分类,第一级有6个大类;
打开下面这个链接 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001.keg, 可以看到 如下所示的一级分类
在左上角的4个灰色的朝下的三角形指示了不同的分类层级,第一个代表一级分类,第二个代表二级分类,第三个代表三级分类,第四个代表全部展开;
一级分类包含 代谢相关,遗传信息处理,环境因素处理,细胞过程,生物系统,人类疾病共6个大类;每个大类又对应不同的二级分类和三级分类;
以代谢为例, 对应的二级分类有
在 代谢 这个大类下面,又分为碳水化合物代谢, 脂质代谢,氨基酸代谢,核酸代谢等共13个二级分类,在二级分类下面,又有对应的三级分类
以Overview 为例,包含碳代谢, 脂肪酸代谢等三级分类;
对于某一个基因来说,其产物的功能一般会有多个方面的作用,比如在代谢中发挥作用,在细胞组分中也会发挥作用,所以一个K number 会出现在多个分类中,利用KEGG 的API 可以直接返回某个K number 对应的具体信息,格式如下
http://rest.kegg.jp/get/Knumber
以K00844 为例,http://rest.kegg.jp/get/K00844 会返回这个KO对应的信息
可以看到,K00844 在代谢,环境因素处理,生物系统,人类疾病等方面都发挥了作用
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