解惑rJava R与Java的高速通道

R的极客理想系列文章,涵盖了R的思想,使用,工具,创新等的一系列要点,以我个人的学习和体验去诠释R的强大。

R语言作为统计学一门语言,一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发,R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入,R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域,教育,银行,电商,互联网….都在使用R语言。

要成为有理想的极客,我们不能停留在语法上,要掌握牢固的数学,概率,统计知识,同时还要有创新精神,把R语言发挥到各个领域。让我们一起动起来吧,开始R的极客理想。

关于作者:

  • 张丹(Conan), 程序员Java,R,PHP,Javascript
  • weibo:@Conan_Z
  • blog: http://blog.fens.me
  • email: bsspirit@gmail.com

转载请注明出处:
http://blog.fens.me/r-rjava-java

前言

Java语言在工业界长期处于霸主地位,Java语法、JVM、JDK、Java开源库,在近10年得到了爆发式的发展,几乎覆盖了应用开发的所有领域。伴随着Java的全领域发展,问题也随之而来了。语法越来越复杂,近似的项目越来越多,学好Java变得很难。对于没有IT背景的统计人员,学用Java更是难于上青天。

R一直是统计圈内处于佼佼者的语言,语法简单,学习曲线不太长也不太陡。如果能结合Java的通用性和R的专业性,碰撞出的火花,将会缤纷绚烂。

本文将介绍R与Java连接的高速通道,rJava通信方案。另外一篇文章介绍的Rserve通信方案,请参考:Rserve与Java的跨平台通信

目录

  1. rJava介绍
  2. rJava安装
  3. rJava实现R调用Java
  4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)
  5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

1. rJava介绍

rJava是一个R语言和Java语言的通信接口,通过底层JNI实现调用,允许在R中直接调用Java的对象和方法。

rJava还提供了Java调用R的功能,是通过JRI(Java/R Interface)实现的。JRI现在已经被嵌入到rJava的包中,我们也可以单独试用这个功能。现在rJava包,已经成为很多基于Java开发R包的基础功能组件。

正式由于rJava是底层接口,并使用JNI作为接口调用,所以效率非常高。在JRI的方案中,JVM直接通过内存直接加载RVM,调用过程性能几乎无损耗,因此是非常高效连接通道,是R和Java通信的首选开发包。

2. rJava安装

系统环境:

  • Linux Ubuntu 12.04.2 LTS 64bit server
  • R version 3.0.1 64bit
  • Java (Oracle SUN) 1.6.0_29 64bit Server VM

~ uname -a
Linux conan 3.5.0-23-generic #35~precise1-Ubuntu SMP Fri Jan 25 17:13:26 UTC 2013 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux ~ cat /etc/issue
Ubuntu 12.04.2 LTS \n \l ~ R --version
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/. ~ java -version
java version "1.6.0_29"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_29-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.4-b02, mixed mode)

rJava安装


#配置rJava环境
~ sudo R CMD javareconf #启动R
~ sudo R
> install.packages("rJava")
installing via 'install.libs.R' to /usr/local/lib/R/site-library/rJava
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (rJava) The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpiZyCE7/downloaded_packages’

3. rJava实现R调用Java

在R环境中,使用rJava包编程


#加载rJava包
> library(rJava)
> search()
[1] ".GlobalEnv" "package:rJava" "package:stats"
[4] "package:graphics" "package:grDevices" "package:utils"
[7] "package:datasets" "package:methods" "Autoloads"
[10] "package:base" #启动JVM
> .jinit() #声明并赋值到字符串
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> s
[1] "Java-Object{Hello World!}" #查看字符串长度
> .jcall(s,"I","length")
[1] 12 #索引World的位置
> .jcall(s,"I","indexOf","World")
[1] 6 #查看concat的方法声明
> .jmethods(s,"concat")
[1] "public java.lang.String java.lang.String.concat(java.lang.String)" #使用concat方法连接字符串
> .jcall(s,"Ljava/lang/String;","concat",s)
[1] "Hello World!Hello World!" #打印字符串对象
> print(s)
[1] "Java-Object{Hello World!}" #打印字符串值
> .jstrVal(s)
[1] "Hello World!"

rJava优化过的方法调用,用$来调用方法


#同.jcall(s,"I","length")
> s$length()
[1] 12 #同.jcall(s,"I","indexOf","World")
> s$indexOf("World")
[1] 6

4. rJava(JRI)实现Java调用R (win7)

在win7中安装rJava

系统环境:

  • win7 64bit 旗舰版
  • R 3.0.1
  • Java 1.6.0_45

设置环境变量


PATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\bin\x64;D:\toolkit\java\jdk6\bin;;D:\toolkit\java\jdk6\jre\bin\server
JAVA_HOME: D:\toolkit\java\jdk6
CLASSPATH: C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri

在R中安装rJava


> install.packages("rJava") #加载rJava
> library(rJava)
> .jinit() #R调用Java变量测试
> s <- .jnew("java/lang/String", "Hello World!")
> s
[1] "Java-Object{Hello World!}"

启动Eclipse编写程序


package org.conan.r.rjava; import org.rosuda.JRI.Rengine; public class DemoRJava { public static void main(String[] args) {
DemoRJava demo = new DemoRJava();
demo.callRJava();
} public void callRJava() {
Rengine re = new Rengine(new String[] { "--vanilla" }, false, null);
if (!re.waitForR()) {
System.out.println("Cannot load R");
return;
} //打印变量
String version = re.eval("R.version.string").asString();
System.out.println(version); //循环打印数组
double[] arr = re.eval("rnorm(10)").asDoubleArray();
for (double a : arr) {
System.out.print(a + ",");
}
re.end();
}
}

在Eclipse启动设置VM参数:

-Djava.library.path="C:\Program Files\R\R-3.0.1\library\rJava\jri\x64"

运行结果:


R version 3.0.1 (2013-05-16)
0.04051018703700011,-0.3321596519938258,0.45642459001166913,-1.1907153494936031,1.5872266854172385,1.3639721994863943,-0.6309712627586983,-1.5226698569087498,-1.0416402147174952,0.4864034017637044,

打包DemoRJava.jar

在Eclipse中完成打包,上传到linux环境,继续测试。

5. rJava(JRI)实现Java调用R (Ubuntu)

新建目录DemoRJava,上传DemoRJava.jar到DemoRJava


~ mkdir /home/conan/R/DemoRJava
~ cd /home/conan/R/DemoRJava
~ ls -l
-rw-r--r-- 1 conan conan 1328 Aug 8 2013 DemoRJava.jar

运行Jar包


~ export R_HOME=/usr/lib/R
~ java -Djava.library.path=/usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri -cp /usr/local/lib/R/site-library/rJava/jri/JRI.jar:/home/conan/R/DemoRJava/DemoRJava.jar org.conan.r.rjava.DemoRJava

运行结果


R version 3.0.1 (2013-05-16)
0.6374494596732511,1.3413824702002808,0.04573045670001342,-0.6885617932810327,0.14970067632722675,-0.3989493870007832,-0.6148250252955993,0.40132038323714453,-0.5385260423222166,0.3459850956295771,

我们完成了,R和Java的互调。包括了R通过rJava调用Java,Java通过JRI调用R。并演示了win和linux中的使用方法。

转载请注明出处:
http://blog.fens.me/r-rjava-java

This entry was posted in JAVA语言实践R语言实践

解惑rJava R与Java的高速通道的更多相关文章

  1. 解惑rJava R与Java的快速通道

    阅读导读: 1.什么是RJava? 2.怎样安装RJava? 3.怎样用RJava实现R调用Java? 1. rJava介绍 rJava是一个R语言和Java语言的通信接口.通过底层JNI实现调用,同 ...

  2. R与JAVA的整合

    R是统计计算的强大工具,而JAVA是做应用系统的主流语言,两者天然具有整合的需要.关于整合,一方面,R中可以创建JAVA对象调用JAVA方法,另一方面,JAVA中可以转换R的数据类型调用R的函数,互相 ...

  3. r与java整合(转)

    http://jliblog.com/archives/10 R是统计计算的强大工具,而JAVA是做应用系统的主流语言,两者天然具有整合的需要.关于整合,一方面,R中可以创建JAVA对象调用JAVA方 ...

  4. Java NIO:通道

    最近打算把Java网络编程相关的知识深入一下(IO.NIO.Socket编程.Netty) Java NIO主要需要理解缓冲区.通道.选择器三个核心概念,作为对Java I/O的补充, 以提升大批量数 ...

  5. Java NIO Channel通道

    原文链接:http://tutorials.jenkov.com/java-nio/channels.html Java NIO Channel通道和流非常相似,主要有以下几点区别: 通道可以读也可以 ...

  6. IDC机房与阿里云vpc网络建立高速通道

    本操作以下图所示的场景为例,演示如何通过高速通道建立本地数据中心与VPC之间的私网通信. 前提条件 已提交工单获取接入点的地理位置. 步骤一: 申请物理专线并完成专线接入 登录高速通道管理控制台. 在 ...

  7. rJava包---R与Java的接口

    1.安装 版本说明:Win10+R3.2.5+JKD1.7+eclipse-jee-mars-R-win32-x86_64 install.packages("rJava") 2. ...

  8. Java NIO之通道

    一.前言 前面学习了缓冲区的相关知识点,接下来学习通道. 二.通道 2.1 层次结构图 对于通道的类层次结构如下图所示. 其中,Channel是所有类的父类,其定义了通道的基本操作.从 Channel ...

  9. 【NIO】Java NIO之通道

    一.前言 前面学习了缓冲区的相关知识点,接下来学习通道. 二.通道 2.1 层次结构图 对于通道的类层次结构如下图所示. 其中,Channel是所有类的父类,其定义了通道的基本操作.从 Channel ...

随机推荐

  1. Sysenter/Kifastcallentry hook 检测与恢复

    关于Sysenter.Kifastcallentry.中断之类的内核入口hook技术早就烂大街了,可是对hook的检测与恢复代码却是寥寥无几,一切抛开代码将原理的行为都是耍流氓. 下面以Sysente ...

  2. Java 常用类库一,main方法传参String[] args;获取输入Scanner ;hasNext();hasNextInt()

    1. main方法传参 package com.zmd.common_class_libraries; /** 给mian方法传参测试 */ public class MainArgsTest { p ...

  3. Linux(debian7)操作基础(四)之CPU频率调整 Linux系统CPU频率调整工具使用

    在Linux中,内核的开发者定义了一套框架模型来完成CPU频率动态调整这一目的,它就是CPU Freq系统.如下为CPU的几种模式(governor参数): ondemand:系统默认的超频模式,按需 ...

  4. docker部署验证码项目报错:at sun.awt.FontConfiguration.getVersion(FontConfiguration.java:1264)

    如果docker部署启动报错 java.lang.NullPointerException: nullat sun.awt.FontConfiguration.getVersion(FontConfi ...

  5. IDEA安装vue.js插件后,new没有Vue component

    首先要安装vue相关的插件vue.js 但是很多人安装vue.js右键发现没有vue Componment,解决方法如下 Settings>Editor>File and Code Tem ...

  6. c++基础之operator =处理

    1.注意自我赋值 先看个例子: class A {}; A a ; a = a; // 注意这句 可能实际中,你不会这样做,但是实际中,是有可能的,并且这样做,也不违背语法. BUT, 如果上面的例子 ...

  7. 【经验】基于阿里云 Ubuntu 的 LAMP 网站搭建及配置完全教程

    本文同步发表在负雪明烛的博客:https://fuxuemingzhu.cn/2016/03/02/My-Aliyun-Server-Setting/ 起因 最近老师让我做一个众筹系统,可以在微信公众 ...

  8. 【LeetCode】84. Largest Rectangle in Histogram 柱状图中最大的矩形(Python)

    作者: 负雪明烛 id: fuxuemingzhu 个人博客: http://fuxuemingzhu.cn/ 目录 题目描述 题目大意 解题方法 单调栈 日期 题目地址: https://leetc ...

  9. 【LeetCode】650. 2 Keys Keyboard 只有两个键的键盘(Python)

    作者: 负雪明烛 id: fuxuemingzhu 个人博客: http://fuxuemingzhu.cn/ 目录 题目描述 题目大意 解题方法 递归 素数分解 日期 题目地址:https://le ...

  10. 1289 - LCM from 1 to n

    http://blog.csdn.net/acdreamers/article/details/18507767 这个是位图的链接,这篇写的挺好. 模板: 1 #include<math.h&g ...