使用 awk

awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' XXX.fastq > XXX.fasta

fastq 转换为 fasta的更多相关文章

  1. C语言 fastq文件转换为fasta文件2

    修改可读取压缩格式文件 1 #include <stdio.h> 2 #include <stdlib.h> 3 #include <string.h> 4 #in ...

  2. C语言 fastq文件转换为fasta文件

    目前只能处理短序列,若要处理长序列,可按照https://www.cnblogs.com/mmtinfo/p/13036039.html的读取方法. 1 #include <stdio.h> ...

  3. FASTQ format

    FASTQ format 每个FASTQ文件中每个序列通常有四行信息: 1: 以 '@' 字符开头,后面紧接着的是序列标识符和可选字段的描述(类似FASTA title line). 2: 序列 3: ...

  4. shell关于文件操作

    一.如何将一个十进制的整数用2进制表示出来? echo "obase=2;50" | bc 二.Linux下经常需要删除空白行,grep,sed,awk,tr等工具均可实现 gre ...

  5. fasta/fastq格式解读

    1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量 ...

  6. fastx tookit 操作fasta/fastq 文件 (1)

    准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件,碱基编码格式为phred64; @FC12044_91407_8_200_406_24 NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA + ...

  7. FASTQ格式

    FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sange ...

  8. fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

    格式转换: use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++ ...

  9. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

随机推荐

  1. permission

    import 'package:flutter/material.dart'; import 'dart:io'; import 'dart:async'; import 'package:rxdar ...

  2. layui 框架 table插件 实现键盘快捷键 切换单元格编辑

    最近使用layui的框架时,发现table插件不支持键盘快捷键切换单元格,花了点时间实现此功能. 分享给有需要的朋友们~~~ 效果图 代码: 1.支持 enter,上,下,右键 切换单元格,支持隐藏列 ...

  3. day 20 作业

    作业 1.下面这段代码的输出结果将是什么?请解释. class Parent(object): x = 1 class Child1(Parent): pass class Child2(Parent ...

  4. python系列:一、Urllib库的基本使用

    开篇介绍: 因为我本人也是初学者,爬虫的例子大部分都是学习资料上面来的,只是自己手敲了一遍,同时加上自己的理解. 写得不好请多谅解,如果有错误之处请多赐教. 我本人的开发环境是vscode,pytho ...

  5. SQL必知必会实践--mysql

    -- mysql安装 --   https://www.mysql.com/downloads/

  6. php审核流程详解

    在公司运营中,人员的变动及请假.离职情况都很普遍,这就需要有一个管理系统来系统的做一套流程,可以提升工作效率节省时间.在流程中需要有顺序的进行提交审核,接下来我们做一套简单的新建流程以及提交审核的系统 ...

  7. mongodb驱动接口

    mongodb对外接口或驱动:https://docs.mongodb.com/ecosystem/drivers/,包含C,C++,Go,Python等. C驱动 mongodb的C驱动,即libm ...

  8. VS Code好用到飞起的配置设置

    Visual Studio Code是一个轻量级但功能强大的源代码编辑器,可在桌面上运行,适用于Windows,macOS和Linux.它内置了对JavaScript,TypeScript和Node. ...

  9. C语言基础知识-运算符与表达式

    C语言基础知识-运算符与表达式 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.常用运算符分类 1>.算术运算符 用于处理四则运算. 2>.赋值运算符 用于将表达式的 ...

  10. C++(四十七) — 文件输入、输出流

     1.文件输入.输出流 由于文件设备并不像显示器屏幕与键盘那样是标准默认设备,不能像cout那样预先定义的全局对象,所以我们必须自己定义一个该类的对象. ifstream类,它是从istream类派生 ...