GEO数据库
GEO数据库隶属于NCBI，是最大最全面的基因表达数据库，主要是芯片和转录组测序数据。除储存数据外，也提供一些数据挖掘工具，因此利用好这个数据库，没有实验，没有自己的数据也能发好文章！
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/
 
SRA文件的存放

从NCNI的这个站点（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/）可以看出，sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的，该目录下的analysis是分析结果文件

reads目录下，又分为ByExp，ByRun和ByStudy三个目录，每个目录下都有sra子目录，而且又分为三个子目录，所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。

GEO/SRA数据库的更多相关文章

  1. NCBI SRA数据库使用详解

    转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...

  2. NCBI SRA数据库

    简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...

  3. 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据

    目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...

  4. 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库

    SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...

  5. GEO（Gene Expression Omnibus）：高通量基因表达数据库

    Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...

  6. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  7. FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库

    RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...

  8. 用R包来下载sra数据

    1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sa ...

  9. NCBI SRA数据预处理

    SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...

随机推荐

  1. 在不同的系统中的virtualbox中安装Ubuntu SDK

    对非常多的开发人员来说.你们可能使用的不是Ubuntu操作系统.在这样的情况下,开发人员须要在自己的操作系统中(OS X及Windows)安装virtualbox,并在VirtualBox中安装Ubu ...

  2. npm won't install packages “npm ERR! network tunneling socket could not be established, cause=Parse Error”

    昨天在使用npm安装react-native的时候一直报网络不能connection,可是在浏览器中直接访问时是成功,搜索百度无果,最后在google中找到了这个解决方案:http://stackov ...

  3. 安装linux系统-CentOS-6.8-x86_64-minimal.iso

    1: 2: 3:单击[Next]继续安装. 4:安装语言,选择[Chinese(Simplified)(中文(简体))]菜单,单击[Next]继续. 5:系统键盘,选择[美国英语式]菜单,单击[下一步 ...

  4. 中文man

    1.下载中文包:cd /usr/local/src wget http://pkgs.fedoraproject.org/repo/pkgs/man-pages-zh-CN/manpageszh-1. ...

  5. 在ARM-linux上实现4G模块PPP拨号上网【转】

    本文转载自:http://blog.csdn.net/zqixiao_09/article/details/52540887 在ARM平台上实现4G模块的PPP拨号上网,参考网上的资料和自己的理解,从 ...

  6. 美国诚实签经验——我们准备了XX万的存款，这足以应付我预算表中涉及的所有开支，如果有意外情况我们的资金不足以应付，我们双方的父母也会支援我们，绝对不会占用美国的任何福利

    闲话少絮,直接分享本人诚实签的经验,希望对有此打算的朋友有帮助! 个人经验有限,经历仅供参考~~ 第一步:决定赴美生子. 第二步:选择诚实签. 第三步:填写DS160表格(网址https://ceac ...

  7. 解决 django 中 mysql gone away 的问题

    最近在项目中,我使用 Django Command 模块写了一个脚本,处理从 MQ 发来的消息,并入库.在测试过程中,程序运行良好,但是在程序上线并运行一段时间后,出现了以下错误: Operation ...

  8. Could not find modernizr-2.6.2 in any of the sources

  9. 25.EXTJS 主页面的jsp

    1. /** * @author sux * @time 2011-1-11 * @desc main page */ var mainPage = Ext.extend(Ext.Viewport,{ ...

  10. 昆石VOS3000_2.1.2.4完整安装包及安装脚本

    安装包下载地址:http://www.51voip.org/post/56.html 安装教程: 上传安装包 ·给整个目录授权 chmod 777 /root/vosintsall `核实 关闭sel ...