GEO/SRA数据库
从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的analysis是分析结果文件
reads目录下,又分为ByExp,ByRun和ByStudy三个目录,每个目录下都有sra子目录,而且又分为三个子目录,所以从这里找sra文件是非常繁琐的。不如从GEO主页上直接搜索编号。
GEO/SRA数据库的更多相关文章
- NCBI SRA数据库使用详解
转:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下载SRA http://ww ...
- NCBI SRA数据库
简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和D ...
- 2021-2-3-利用anaconda+prefetch+aspera从NCBI的SRA数据库中下载原始测序数据
目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连 ...
- 上传RNA-seq数据到NCBI GEO数据库
SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一 ...
- GEO(Gene Expression Omnibus):高通量基因表达数据库
Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web ...
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现,在过去的十几年里,RNA-seq 测序数据不断增加,发现的融合基因的数据也不断增加: FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库,利用N ...
- 用R包来下载sra数据
1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sa ...
- NCBI SRA数据预处理
SRA数据的的处理流程大概如下 一.SRA数据下载. NCBI 上存储的数据现在大都存储为SRA格式. 下载以后就是以SRA为后缀名. 这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据. 1.通过http方式 ...
随机推荐
- jQuery -> 获取指定上下文中的DOM元素
jQuery函数的第二个參数能够指定DOM元素的搜索范围. 第二个參数可分为下面类型 DOM reference jQuery wrapper document 代码演示样例 <!DOCTYPE ...
- Eclipse或SVN—怎样在Eclipse中安装SVNclient插件
1.下载SVN插件,下载地址:http://download.csdn.net/download/wangshuxuncom/7638615 2.解压下载下来的压缩文件然后依据里面名为"使用 ...
- visual studio , JavaScript , UnitTest
https://docs.microsoft.com/en-us/visualstudio/cross-platform/tools-for-cordova/debug-test/basic-test ...
- 获得了Root权限后Read-only file system
获得了Root权限后,adb shell进入文件系统,有时仍然不能对系统文件夹进行写操作,典型的如删除/system/app下的Apk, 例如系统报:rm failed for xxx.apk, Re ...
- hdnoip2017
T1: 小喵喵有 n 个小鱼干排成一列,其中第 i个小鱼干有两种属性,美味度 ai 和特殊度 bi 现在小喵喵要吃掉一些小鱼干,出于一些原因,小喵喵会吃掉连续的一段区间中的所有小鱼干. 如果吃掉了 [ ...
- POJ2503 Babelfish map或者hash_map
POJ2503 这是一道水题,用Map轻松AC. 不过,可以拿来测一下字符串散列, 毕竟,很多情况下map无法解决的映射问题需要用到字符串散列. 自己生成一个质数, 随便搞一下. #include&l ...
- 9. Ext基础1 -- Ext中 getDom、get、getCmp的区别
转自:https://blog.csdn.net/huobing123456789/article/details/7982061 要学习及应用好Ext框架,必须需要理解Html DOM.Ext El ...
- Tomcat根目录下work文件夹的作用(转载)
用 tomcat作web服务器的时候,部署的程序在webApps下,这些程序都是编译后的程序.tomcat有一个work目录,里面存放了页面的缓存, 访问的jsp都会编译,编译后的文件都会存储在wor ...
- 在Android.mk文件中输出打印消息 (转载)
转自:http://blog.csdn.net/xiaibiancheng/article/details/8479694 在进行Android NDK的开发当中有时想看看Android.mk文件当中 ...
- Rails 插入代码与注释
醉了醉了,在原来那个表格最后加了然后更新博客,然后最后写的内容就没了.来来回回试了n次都一样.不得已新开一个 插入代码 <% ... %> 打印值 <%= ... %&g ...