无需超级用户mpi多机运行

在之前的一篇博文中（Linux下mpi环境配置与运行步骤（Ubuntu为例）），有讨论过怎样使用MPI在两个不同的机器上运行程序，在那篇博文中使用了超级用户权限。不幸的是。有些情况下，我们不能拥有操作系统的超级用户权限，导致我们不能改动除用户文件夹以外的文件夹。因此写这篇博文讨论怎样使用普通用户来实现mpi程序的编译和双机器运行。如果知道了如果双机器运行，多机器道理是相通的。

此文针对没有多少linux经验的读者，仅仅要你会打开终端。这个问题能够被非常好的解决。

前提

如果有两台机器，两台机器的主机名称分别为A、B，而且知道两台机器的IP（如果你不知道，请咨询管理员）。如果A机器的IP为192.168.1.5，机器B的ip为192.168.1.6。

如果在两台机器上有同一个username，为讲述方便，临时如果这个username为demo；

如果两台机器上安装了全然同样的mpi版本号。

不满足如果条件，请绕行。

步骤

完毕无需超级用户mpi程序的编译和运行。分以下几步：

1、设置两台机器上PATH。使得在两台机器上分别能够运行mpicc --version命令。

2、设置两台机器相互之间能够免password登陆。

3、运行自己的程序

1、设置两台机器上的PATH

如果你如今在A机器上，使用的是demo账户。

打开终端（Terminal），运行例如以下命令：

mpicc --version

如果上面的命令得到相似例如以下结果。直接能够去第2步：

gcc (Ubuntu 4.8.2-19ubuntu1) 4.8.2
Copyright (C) 2013 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

如果得到相似例如以下结果，则继续。

mpicc: command not found

打开终端，运行例如以下命令

echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc

关闭终端。打开一个新的终端，再运行mpicc --version看看结果是否正确。如果还是不对，这里就临时不写此种情况下的解决方式了（穷尽全部情况太麻烦了）。

运行例如以下命令来登陆B机器（前提中如果了B机器的IP为192.168.1.6），在提示输入password的时候。输入用户的password。由于我们如果用的是demo用户，你此时要输入的是demo的password。注意password并不显示。输入完毕后，直接敲击回车就可以。

ssh demo@192.168.1.6

如果成功登陆。运行例如以下命令：

echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc

然后运行exit命令退出机器B。

2、设置两台机器之间相互无password登陆。

仍然如果如今用的是机器A（IP为192.168.1.5），打开终端，运行例如以下命令

ssh-keygen -t rsa

上面的命令在运行的时候可能要等待你的输入，不要输入不论什么内容，直接敲击回车就可以。

运行例如以下命令：

ssh demo@192.168.1.6 mkdir -p .ssh

运行上述命令后，会等待你输入demo在机器B（如果的IP为192.168.1.6）上的password。输入password后，敲击回车。

运行例如以下命令：

cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.6 'cat >> .ssh/authorized_keys'

运行例如以下命令，以登陆B机器：

ssh demo@192.168.1.6

继续运行例如以下命令：

ssh-keygen -t rsa

遇到让输入yes或者no的地方是如yes或者y。遇到其它情况的等待输入，一律敲击回车。

cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.5 'cat >> .ssh/authorized_keys'

最后运行例如以下命令，以推出机器B

exit

完毕上面的命令后。就能够实现demo用户在两个机器之间无password相互登陆了。

3、运行自己的程序

仍然如果你在A机器上，ip的相关如果继续保持。

将程序复制到A机器上。对于没有linux经验的读者。请特别注意你拷贝的程序在哪个文件夹下，如果你不能在终端下找到自己的程序，那么这一切你都白做了。

如果你的程序复制到了A机器的/home/demo/文件夹下，那么你打开终端之后。运行 cd ~/ 就可以进入这个文件夹。

在终端中进入源码文件夹后，如果你的程序有Makefile，直接运行make命令就可以（一般人写的makefile，这样运行会产生可运行文件的。如果不是一般人写的，请咨询写makefile的人）。

由于我们使用的两个机器是独立的，他们之间没有共享磁盘，你若要使用mpi在两个机器上运行，你必须将在A机器上生成的可运行程序复制到B机器上。

如果你不了解mpi的运行方式，请保证在两个机器上的可运行程序存放在同一个文件夹下。

为方便，你能够把程序放到用户根文件夹（~/ 就是用户根文件夹），然后再复制到B机器上。

拷贝程序的命令例如以下（如果你的程序叫main.exe）

scp ~/main.exe demo@192.168.1.6:~/

以下你要新建一个文本文件，这个文本文件第一行写A机器的IP，第二行写B机器的IP。文件名称任意。最好使用英文。

我门如果的A、B两个机器的IP各自是192.168.1.5和 192.168.1.6，所以我们的文件里能够这样写

192.168.1.5
192.168.1.6

如果我门命名这个文件为hosts，而且保存在~/文件夹下，那么我门就能够打开终端。启动我们的程序了。

cd ~/
mpiexec -f ./hosts -n 2 ./main.exe

结束语

如果你是linux新手（不知道怎么使用终端的都是新手），一定要严格运行每个命令，依照说明一步步运行。注意命令中的下划线，短线。英文点 .。大写和小写字母，/，～等。这篇博文临时写完了，剩下的就是祝你好运了。