主要使用技术:
1)FFmpeg,用于主流格式之间的转换,例如AVI,MP4,FLV等。
2)MEncoder,用于奇葩格式转主流格式,例如RMVB转AVI。这样我们可以把奇葩格式先转AVI,再由FFmpeg把AVI转成想要的格式。
3)java的执行命令行操作的技术,这样安装在服务器上的↑这两个转换器就可以被java调用了。
包括ProcessBuilder和Runtime这两种调法。
可以参考这篇

FFmpeg的官网在这里,其文档在这里
MEncoder的官网在这里,其中文文档在这里

主要参考:这篇文章,使用的FFmpeg和MEncoder也直接用的这篇文章后面提供的压缩包。
但正如有的网友指出的,这篇文章中代码的硬伤在于,当rmvb->avi->flv这样两步转换的时候,需要等待前一步完成,再进行后一步。
所以改了改代码,如下:

package test;

import java.io.BufferedReader;
import java.io.File;
import java.io.InputStreamReader;
import java.util.ArrayList;
import java.util.Calendar;
import java.util.List;
import java.util.UUID;

public class Test {
    
    public static final String BASEPATH = "d:\\ftest\\";

public static void main(String[] args) {
        String fromFilePath1 = BASEPATH + "from\\test.mp4";
        doConvert(fromFilePath1, "flv");
        
        String fromFilePath2 = BASEPATH + "from\\test.rmvb";
        doConvert(fromFilePath2, "flv");
    }

/**
     * 尝试进行转换
     */
    public static void doConvert(String fromFilePath, String goalType){
        if (!checkInput(fromFilePath)) {
            System.out.println("文件" + fromFilePath + "不存在");
        }else{
            if (process(fromFilePath, goalType)) {
                System.out.println("转换成功");
            }else{
                System.out.println("转换失败");
            }
        }
    }

/**
     * 进行转换
     * @return
     */
    private static boolean process(String fromFilePath, String goalType) {
        int type = checkContentType(fromFilePath);
        boolean status = false;
        if (type == 0) {
            status = getResult(fromFilePath, goalType);
        } else if (type == 1) {
            String avifilepath = getPreResult(type, fromFilePath);
            if (avifilepath == null){
                return false;
            }
            status = getResult(avifilepath, goalType);
        }
        return status;
    }

/**
     * 判断源视频的种类(主流格式 or 奇葩格式)
     */
    private static int checkContentType(String fromFilePath) {
        String type = fromFilePath.substring(fromFilePath.lastIndexOf(".") + 1, fromFilePath.length())
                .toLowerCase();
        // ffmpeg能解析的格式:(asx,asf,mpg,wmv,3gp,mp4,mov,avi,flv等)
        if (type.equals("avi")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mpg")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("wmv")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("3gp")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mov")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("mp4")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("asf")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("asx")) {
            return 0;
        } else if (type.equals("flv")) {
            return 0;
        }
        // 对ffmpeg无法解析的文件格式(wmv9,rm,rmvb等),
        // 可以先用别的工具(mencoder)转换为avi(ffmpeg能解析的)格式.
        else if (type.equals("wmv9")) {
            return 1;
        } else if (type.equals("rm")) {
            return 1;
        } else if (type.equals("rmvb")) {
            return 1;
        }
        return 9;
    }

/**
     * 检查指定的输入文件是否存在
     */
    private static boolean checkInput(String path) {
        File file = new File(path);
        if (!file.isFile()) {
            return false;
        }
        return true;
    }

/**
     * 对ffmpeg无法解析的文件格式(wmv9,rm,rmvb等), 可以先用别的工具(mencoder)转换为avi(ffmpeg能解析的)格式.
     */
    private static String getPreResult(int type, String fromFilePath) {
        String fileName = UUID.randomUUID().toString() + ".avi";
        
        //预处理指令
        List<String> commend = new ArrayList<String>();
        commend.add(BASEPATH + "util\\mencoder");
        commend.add(fromFilePath);
        //commend.add("-oac lavc");
        commend.add("-oac");
        commend.add("mp3lame");
        commend.add("-lameopts");
        commend.add("preset=64");
        commend.add("-lavcopts");
        commend.add("acodec=mp3:abitrate=64");
        commend.add("-ovc");
        commend.add("xvid");
        commend.add("-xvidencopts");
        commend.add("bitrate=600");
        commend.add("-of");
        commend.add("avi");
        commend.add("-o");
        commend.add(BASEPATH + "pre\\" + fileName);
        
        try {
            //预处理进程
            ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder();
            builder.command(commend);
            builder.redirectErrorStream(true);

//进程信息输出到控制台
            Process p = builder.start();
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
            String line = null;
            while((line = br.readLine()) != null){
                System.out.println(line);
            }
            p.waitFor();//直到上面的命令执行完,才向下执行
            
            return BASEPATH + "pre\\" + fileName;
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
            return null;
        }
    }

/**
     * ffmpeg能解析的格式:(asx,asf,mpg,wmv,3gp,mp4,mov,avi,flv等)
     * @param oldfilepath
     * @param goalType
     * @return
     */
    private static boolean getResult(String oldfilepath, String goalType) {
        String fileName = UUID.randomUUID() + "." + goalType;
        
        if (!checkInput(oldfilepath)) {
            System.out.println(oldfilepath + "不存在");
            return false;
        }
        
        // 文件命名
        Calendar c = Calendar.getInstance();
        
        //转换格式命令
        List<String> commend = new ArrayList<String>();
        commend.add(BASEPATH + "util\\ffmpeg");
        commend.add("-i");
        commend.add(oldfilepath);
        commend.add("-ab");
        commend.add("56");
        commend.add("-ar");
        commend.add("22050");
        commend.add("-qscale");
        commend.add("8");
        commend.add("-r");
        commend.add("15");
        commend.add("-y");
        commend.add("-s");
        commend.add("600x500");
        commend.add(BASEPATH + "to\\" + fileName);

try {
            Runtime runtime = Runtime.getRuntime();
            //截图命令
            String cut = BASEPATH + "util\\ffmpeg.exe   -i   "
                    + oldfilepath
                    + "   -y   -f   image2   -ss   8   -t   0.001   -s   600x500   " + BASEPATH + "\\to\\" + fileName + ".jpg";
            
            //截图进程
            Process proce = runtime.exec(cut);
            proce.waitFor();//直到上面的命令执行完,才向下执行
            
            //转换格式进程
            ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(commend);
            builder.command(commend);
            builder.redirectErrorStream(true);
            
            //进程信息输出到控制台
            Process p = builder.start();
            BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader(p.getInputStream()));
            String line = null;
            while((line = br.readLine()) != null){
                System.out.println(line);
            }
            p.waitFor();//直到上面的命令执行完,才向下执行
            
            return true;
        } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
            return false;
        }
    }
}

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