新工具DPR的一些想法
可行性分析
假设:
连续性 - 与clustering的假设正好相反
分支事件
特征的选择;距离的度量;
限定KNN的必要性;
MST构建;
主支的构建和简化;省略中间点;最短路径;
迭代处理所有分支;统计
投射所有细胞;使用longest branch
root the tree;
相对主线的深度的拓展
简化的ggtree;nodes center
下游分析
分支的显著性排列,节点数、深度;
branching driving factor
聚类比较
pseudotime比较
技术细节:
特征选择
drop out处理
outlier处理
拓展:
大规模测序应用,减少算法复杂度;
留好各种接口,便于个性化分析;
方便使用,提高引用率;
敏感性和特异性的平衡;
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