从基因组可视化工具——circos说起，circos安装

 

这是博客改版的第一篇博文，选择最近使用的生物信息学软件——circos开始写起。circos是用perl写的生物软件，从发表的文章来看

学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法，搞清楚其中的标签、参数的含义。只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出主要用于基因组序列的可视化（绘制基因组圈图），至少目前我是用来干这个事情的。现在circos也被其他领域模仿用来做很多图形。

你想要的图片。如果你的英语基础还不错，推荐直接到官方网站看教程，一遍看教程一遍练习上手会很快（官方教程地址：http://circos.ca /documentation/tutorials/）。如果读起来有困难，也可以参考一些中文的经验文章，目前好像也没有找到完整的中文教程。在豆瓣小 组似乎有一个翻译计划，但是这么久也没有看到成果出来，所以我只能硬着头皮自己学习并做了一些笔记，随后在我的博客（www.dengfeilong.com)上分享出来。

先说circos的安装， circos是免安装的perl软件，但是必须安装perl，我在用的ubuntu上自带了perl。如果没有安装，可以下载Strawberry Perl：http://strawberryperl.com/。除了perl，则是安装一些perl需要的cpan。方法（以linux系统为例）：
  1、首先安装perl并检查哪些模块没有安装。cd到解压后的circos目录下，再操作一下命令。

> cd bin
> ./list.modules

此时可以看到已安装的modules和未安装的modules，使用shell命令安装需要的perl模块。

> perl -MCPAN -e shell
...
cpan[1]>install Math::Bezier
...

注意：需要注意安装的权限，在运行shell代码的时候可以用sudo perl-MCPAN -e shell

安装全部modules之后就可以运行circos了，cd到example目录下运行run测试软件能否正常工作。如果在example目录下生成图片成功，则可以正常使用，如果不能，请看具体的错误提示。欢迎留言探讨。