[USACO]Bovine Genomics

Description

给定两个字符串集合A,B，均包含N个字符串，长度均为M，求一个最短的区间[l,r]，使得不存在字符串\(a\in A,b\in B，\)且\(a[l,r]=b[l,r]\) ，字符串只由ACGT组成，

\(n,m\leq500\)

Input Format

第一行包含N，M，

接下来N行，每行一个长度为M的字符串，描述集合A

最后N行，描述集合B

Output Format

一行表示最短区间的长度

Sample Input

3 8

AATCCCAT

ACTTGCAA

GGTCGCAA

ACTCCCAG

ACTCGCAT

ACTTCCAT

Sample Output

4

Solution

emmm，可以用字典树\(O(n^3)\)过，

枚举左端点，对于集合A每个字符串构造字典树，

然后查询集合B中每个字符串，更新答案即可

这里有个优化，即如果集合B中存在一个字符串在字典树中完全存在，直接break跳到下个左端点因为答案一定不存在

Code

#include <cstdio>
#include <algorithm>
#include <cstring>
#define N 550
using namespace std;

int n,m,tr[N*N][5],Ans,cnt;
char s1[N][N],s2[N][N];

inline int opx(const char &c){
	switch(c){
		case 'A':return 1;break;
		case 'C':return 2;break;
		case 'G':return 3;break;
		default:return 4;break;
	}
}

inline void add(const int &id,const int &l){
	int now=0;
	for(int i=l;i<m;++i){
		int k=opx(s1[id][i]);
		if(!tr[now][k]) tr[now][k]=++cnt;
		now=tr[now][k];
	}
}

inline int Find(const int &id,const int &l){
	int now=0;
	for(int i=l;i<m;++i){
		int k=opx(s2[id][i]);
		if(!tr[now][k]) return i-l+1;
		now=tr[now][k];
	}
	return -1;
}

int main(){
	scanf("%d%d",&n,&m);
	for(int i=1;i<=n;++i) scanf("%s\n",s1[i]);
	for(int i=1;i<=n;++i) scanf("%s\n",s2[i]);
	Ans=1e9;
	for(int l=0;l<m;++l){
		cnt=0;
		int mx=0;
		memset(tr,0,sizeof(tr));
		for(int i=1;i<=n;++i) add(i,l);
		for(int i=1;i<=n;++i){
			int len=Find(i,l);
			if(len==-1){mx=1e9;break;}
			mx=max(mx,len);
		}
		if(mx==1e9) break;
		Ans=min(Ans,mx);
	}
	printf("%d\n",Ans);
	return 0;
}