在分析转录组数据时，用bowtie2比对生成的bam文件，下一步call peak使用m6Aviewer，需要bam文件的index文件。所以我直接敲命令

  1. samtools index xx.bam 
  1. [E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end  -

报上面的错误。后来发现，samtools建索引时，bam或sam文件必须是排序好了的，而且必须使用samtools的默认排序方法，即坐标顺序排序。

  1. time nohup samtools sort -@  .m6A.bam -o .m6A.sort.bam &

然后在进行index

[E::hts_idx_push] NO_COOR reads not in a single block at the end 10 -1的更多相关文章

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