连锁不平衡LD
在某一群体中,不同座位上某两个等位基因同时遗传的频率明显高于预期的随机频率的现象,称连锁不平衡 (linkage disequilibrium) 。由于 HLA 不同基因座位的某些等位基因经常连锁在一起遗传,而连锁的基因并非完全随机地组成单体型,有些基因总是较多地在一起出现,致使某些单体型在群体中呈现较高的频率,从而引起连锁不平衡。
如果在研究过的群体中,A和B两个位点上的等位基因不是独立关联的,我们就说这两个位点是连锁不平衡的。
在群体遗传学中, 连锁不平衡是非随机组合的等位基因在两个或多个位点 ,而不一定要在同一染色体上。
在群体遗传学中, 联锁不平衡性是指在两个或者多个位点上的非随机关联性,这些位点既可能在同一条染色体上,也可以在不同的染色体上。连锁不平衡性也被称作配子水平的不不平衡性或配子不平衡性。从另一个角度讲,连锁不平衡是等位基因或者遗传标记在一个人群中表现出高于或低于由等位基因的随机频率而预测的单模标本的频率。联锁是指染色体上的两个或者多个位点进行有限的组合,而联锁不平衡性不等同于联锁。连锁不平衡的数量取决于观察和预期的位点频率的差异。对于那些重组后位点或者基因型的频率等于预期的群体我们称其为连锁平衡。 联锁不平衡的程度取决于多方面的因素,包括遗传连锁,选择,和重组的概率,遗传漂变,选型交配以及群体结构。对于采用无性繁殖的生物,比如细菌,则不会发生重组进而体现了连锁平衡。
连锁不平衡LD的更多相关文章
- soft selective sweeps 下的群体进化
1.Hard and soft selective sweeps 长期以来,快速适应主要与选择作用于高度多基因的数量性状有关,例如在育种试验期间.这些性状可以通过对大量已经存在的多态性的群体频率的微小 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- LDheatmap | SNP连锁不平衡图(LD)可视化,自己数据实现版!
本文首发于“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 连锁不平衡图,用来可视化不同SNP之间的连锁程度,前同事间俗称“倒三角”图 ...
- plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值(LD)
PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据 ...
- 哈代平衡 &连锁不平衡
哈代-温伯格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium),即HW平衡,是指对于一个大且随机交配的种群,基因频率和基因型频率在没有迁移.突变和选择的条件下会保持不变. 它是建立在一个 ...
- /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lGL /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lX11
/usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lGL /usr/bin/ld.bfd.real: cannot find -lX11 根据网上大多数的说法,以及官网的介绍.截至 ...
- LD算法获取字符串相似度
一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算 ...
- Undefined symbols for architecture x86_64: "_OBJC_CLASS_$_The49DayPersonalFullscreenGiftModel", referenced from: objc-class-ref in The49DayPersonalRoomGiftModel.o ld: symbol(s) not found for a
Undefined symbols for architecture x86_64: "_OBJC_CLASS_$_The49DayPersonalFullscreenGiftModel&q ...
- 关于问题ld:library not found for -lXXX的错误
我猜想错误引起的原因可能是因为我复制target的时候原来的工程中的的link binary with libraries中原来的libpods-xxx.a没有删除.我将多余的libPods删除后解决 ...
随机推荐
- VC6.0 调试.dll文件
对于自己制作的.DLL文件,一直没有比较好的调试方法,其实是知道的太少. 下面就说说VC6.0下面 怎么调试DLL文件: 首先得有一个调用DLL文件的可执行程序,然后调用这个可执行程序. 在工程上 右 ...
- FusionCharts使用问题及解决方法(五)-FusionCharts常见问题大全
在前4篇文章中,我们总结了FusionCharts XT图表使用中的一些常见问题(FAQ)及解决方法,本文继续讨论FusionCharts使用者常见的一些复杂报错及错误的调试/解决方法. 问题描述:是 ...
- CentOS 单用户登录&命令行、图像界面
如何单用户登录: 这是一个很简单的问题,以前没重视,每次linux服务器无法正常启动时,都找应急盘,想偷懒,反而浪费了时间. 今天备忘如下: 1.系统启动时,按光标键调出GRUB引导菜单. 2.选定一 ...
- drawRect & 内存 -> 深究
转载自:http://bihongbo.com/2016/01/03/memoryGhostdrawRect/ 在平日的开发中,随意覆盖drawRect方法,稍有不慎就会让你的程序内存暴增.下面我们来 ...
- kali系统安装
kali live 安装到U盘 http://www.backtrack.org.cn/thread-17197-1-1.html 用Live U盘安装Kali Linux http://cn.doc ...
- python 打印类的属性、方法
打印变量db的类(class):[root@fuel ~]# pythonPython 2.6.6 (r266:84292, Jan 22 2014, 09:42:36)[GCC 4.4.7 2012 ...
- .NET反射应用
.Net中,在编写框架时,反射是最长用的一个知识点,在这举个小例子,旨在说明反射如何应用:本文只程序中只涉及到System.Type的应用,通过这个类可以访问关于任何数据类型的信息,注释部分涉及到Sy ...
- Quartus14.1中Qsys无法更新custom component的问题
如果对Qsys中custom component进行了改动,如果直接generate HDL无法使改动应用到实际的编译过程,需要对Qsys进行刷新操作,如下:
- 修炼dp(1)
从最简单的开始: POJ:The Triangle #include <cstdio> #include <algorithm> #include <cstring> ...
- 皓轩的jquery mobile之路(二)
jQuery Mobile 使用 HTML5 & CSS3 最小的脚本来布局网页. 编写代码要注意最外层div需要添加data-role="page" ,标题需要添加dat ...