15、TSA数据上传(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide/#SP)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsa/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tsaguide ###TSA提交流程
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/tbl2asn2/ ###
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/converters/by_program/tbl2asn/ ###tbl2asn工具下载页面,有win,linux版本
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK53709/#gbankquickstart.Submission_using_tbl2asn
https://wenku.baidu.com/view/1fac238f4431b90d6d85c750.html
http://downloads.asperasoft.com/
1、SUBMITTER
提交者的一些信息
2、GENE INFO
1):bioproject PRJNA395283
2):biosample SAMN07374786 SAMN07374806
3):SRA run accession
SRR5877206,SRR5877205,
SRR5877204,SRR5877203
4):assembly metadata
assembly method #组装方法
version or data program was run #版本
description of assembly method #组装方法描述
sequencing technology #测序平台
3、FILE
file type (默认)
TSA submitter guide #进入界面链接
structured comment template #填写组装结构信息并下载 assembly.cmt https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/structcomment/nongenomes/
template.stb #联系人和数据所有者并下载 template.sbt https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/template.cgi
Reference title(文章) :
Publication status:A.Unpublished B.In-press C.Published
4、SEQUENCE
上传*.sqn文件
tbl2asn -t *.sbt -i *.fa -w *.cmt -M t -a s -j "[organism=...][moltype=mRNA][SRA=SRR...,SRR...][tech=TSA]" 具体参数根据实际情况填写,所给文件名一定要与文件夹中文件名字一致,且不能有空格,空格用_代替。
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