将interproscan的结果转化格式

很奇怪 tsv格式里没有go, kegg, inter-domain信息，但是xml文件里面却有，tsv文件比较好处理，所以先将xml文件转化为tsv。用软件自带的工具:

The convert mode is designed to work only for XML documents created with the same version. This makes sure we can introduce new schema updates in the future. However the XML schema is stable and will only change, if we need to add new features for instance.

You can use InterProScan 5's CONVERT mode to reformat your XML result file into any other possible output format (TSV, GFF3, SVG and HTML). For compatibility reasons you can also convert XML results into InterProScan 4.8 raw format. This will give our users enough time to migrate their pipeline to InterProScan 5.

Please note it is NOT possible to reformat any non-XML format. XML is the richest data type and is therefore the only format which allows us to produce any other format of interest.

To enable InterProScan 5 to run in CONVERT mode you need to set the mode option to 'CONVERT'.

Usage instructions

./interproscan.sh -mode convert

You will see the following usage instructions:

Welcome to InterProScan v5 CONVERT mode.usage: java -XX:+UseParallelGC -XX:+AggressiveOpts            -XX:+UseFastAccessorMethods -Xms512M -Xmx2048M -jar            interproscan-5.jar

Please give us your feedback by sending an email tointerhelp@ebi.ac.uk -b,--output-file-base <OUTPUT-FILE-BASE>   Optional, base output                                            filename.  Note that this                                            option and the --outfile (-o)                                            option are mutually exclusive.                                            The appropriate file extension                                            for the output format(s) will                                            be appended automatically. By                                            default the input file                                            path/name will be used.

 -d,--output-dir <OUTPUT-DIR>               Optional, output directory.                                            Note that this option and the                                            --outfile (-o) option or the                                            --output-file-base (-b) option                                            are mutually exclusive. The                                            appropriate file extension for                                            the output format(s) will be                                            appended automatically. By                                            default the input file                                            path/name will be used.

 -f,--formats <OUTPUT-FORMATS>              Optional, case-insensitive,                                            comma separated list of output                                            formats. Available formats are                                            TSV, GFF3 (default set) and                                            RAW (InterProScan 4 TSV),                                            HTML, SVG.

 -i,--xml <XML-FILE-PATH>                   Mandatory, path to the IMPACT                                            XML file that should be loaded                                            and converted.

 -o,--outfile <EXPLICIT_OUTPUT_FILENAME>    Optional explicit output file                                            name.  Note that this option                                            and the --output-file-base                                            (-b) option are mutually                                            exclusive. If this option is                                            given, you MUST specify a                                            single output format using the                                            -f option.  The output file                                            name will not be modified.                                            Note that specifying an output                                            file name using this option                                            OVERWRITES ANY EXISTING FILE.

 -T,--tempdir <TEMP-DIR>                    Optional, specify temporary                                            file directory. The default                                            location is /temp.

具体使用：

/share/bioinfo/miaochenyong/interproscan-software/tars/interproscan-5.7-48.0/interproscan.sh -mode convert -f tsv -i your_xml_file
如果输入文件为test.xml

默认输出文件为：test.xml.tsv

by freemao

FAFU

 

Interproscan, xml文件转化为tsv的更多相关文章

  1. C#中将xml文件反序列化为实例时采用基类还是派生类的问题

    基类: using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; namespace ...

  2. Java中将xml文件转化为json的两种方式

    原文地址https://blog.csdn.net/a532672728/article/details/76312475 最近有个需求,要将xml转json之后存储在redis中,找来找去发现整体来 ...

  3. XML文件与实体类的互相转换

    XML文件与实体类的互相转换 一.将XML文件反序列化为实体类对象 1. 通常程序的配置信息都保存在程序或者网站的专门的配置文件中(App.config/web.config).但是现在为了演示XML ...

  4. R处理xml文件

    最近处理数据的时候需要处理一些xml文件,但是xml文件的格式之前并不是很熟悉.幸好R有一些函数可以帮助快速处理xml文件.其中的xmlToList函数尤其方便,可以使你从陌生的XML迅速回到熟悉的R ...

  5. Java 操纵XML之修改XML文件

    Java 操纵XML之修改XML文件 一.JAVA DOM PARSER DOM interfaces The DOM defines several Java interfaces. Here ar ...

  6. Java 操纵XML之读取XML文件

    Java 操纵XML之读取XML文件 一.JAVA DOM PARSER DOM interfaces The DOM defines several Java interfaces. Here ar ...

  7. Android中将xml布局文件转化为View树的过程分析（下）-- LayoutInflater源码分析

    在Android开发中为了inflate一个布局文件,大体有2种方式,如下所示: // 1. get a instance of LayoutInflater, then do whatever yo ...

  8. C++ 利用 libxl 将 Excel 文件转化为 Xml 文件

    在游戏开发工作中,策划和运营一般会用Excel来编写配置文件,但是程序读取配置,最方便的还是xml文件.所以最好约定一个格式,然后在二者之间做一个转化. 本文利用libxl来读取Excel文件,利用 ...

  9. Android中将xml布局文件转化为View树的过程分析（上）

    有好几周没写东西了,一方面是因为前几个周末都有些事情,另外也是因为没能找到好的写作方向,或者说有些话题 值得分享.写作,可是自己积累还不够,没办法只好闷头继续研究了.这段时间一边在写代码,一边也在想A ...

随机推荐

  1. Zabbix安装图解教程

    说明: 操作系统:CentOS IP地址:192.168.21.127 Web环境:Nginx+MySQL+PHP zabbix版本:Zabbix 2.2 LTS 备注:Linux下安装zabbix需 ...

  2. python day1 常用模块

    键盘输入: python2.7 raw_input() python3 input() 键盘输入默认为字符串,可通过例如 int(input())方式,实现类型转换. ‘密文’输入: 仅python的 ...

  3. ZooKeeper 编程(一)

    Zookeeper的节点都是存放在内存中的,所以读写速度很快.更新日志被记录到了磁盘中,以便用于恢复数据.在更新内在中节点数之前,会先序列化到磁盘中. 为避免单点失效,zookeeper的数据是在多个 ...

  4. XAF响应式布局皮肤界面展示

    XAF为了对手机.平板电脑的支持,增加了新的响应式布局皮肤支持,这个功能已经出来很久了,对于平板电脑.PC的支持已经很不错了,对于手机的界面还不是很完美. 本篇展示一下当前的效果,让有需要的同学.还没 ...

  5. Linux系统信息查看

    转自:http://blog.chinaitlab.com/html/31/1365331-180901.html 查看redhat版本:cat /etc/redhat-release或者cat /e ...

  6. <hr/> 水平线样式

    <hr style="width:490px;" /> <hr size=8 style="COLOR: #ffd306;border-style:ou ...

  7. [Prodinner项目]学习分享_第三部分_Service层(业务逻辑层)

    前两节讲到怎样生成一个Model和怎样将Model映射到数据库,这一节将讲到业务逻辑层,也就是Service层. 1.Prodinner架构已经构建好的,基本的增删改查. 假设,我现在想操作第二节中讲 ...

  8. angular directive scope

    angular directive scope 1.当directive 中不指定scope属性,则该directive 直接使用 app 的scope: 2.当directive 中指定scope属 ...

  9. 鼠标点击输入框文字消失 value placeholder 以及JQ实现效果 （仿京东的输入框效果）

    鼠标点击输入框文字消失 value实现方法  placeholder实现方法     以及JQ实现placeholder效果 <input type="text" value ...

  10. MySQL 死锁问题分析

    转载: MySQL 死锁问题分析 线上某服务时不时报出如下异常(大约一天二十多次):"Deadlock found when trying to get lock;". Oh, M ...