参考资料:

【cfDNA专题】cell-free DNA在非肿瘤疾病中的临床价值(好)

ctDNA, cfDNA和CTCs有什么区别吗?

cfDNA你懂多少?

新发现 | 基因是否表达,做个cfDNA全基因组测序就可揭晓

游离DNA

Cell-Free DNA (cfDNA) Isolation

游离DNA (circulating cell free DNA,cfDNA),是一种在细胞外呈现游离状态且无细胞状态的的DNA,广泛存在于动植物及人类的血清、血浆、脑脊液、尿液、痰液或粪便当中。过去,有许多文献证实,肿瘤患者的血浆和血清中检测到了癌基因突变,并且与原发肿瘤相一致[1.2.3],因此cfDNA逐渐受到重视。如今,游离在血液中DNA的研究促成了「非侵入性检测」技术的发展。除肿瘤检测(tumor gene screening) 与监控外,还发展其他应用,胎儿产前诊断(prenatal screening)。这些应用,皆可透过次世代定序技术来进行检测,同时为非侵入性,风险低且准确率高。

适用研究目的:1.非侵入性产前染色体检测;2.肿瘤检测监控。

基本分析:Quality trimmed, Mapping to reference genome, SNP/INDEL detection, SNP/INDEL annotation by VEP

cfDNA(circulating cell free DNA)全基因组测序的更多相关文章

  1. 全基因组测序 Whole Genome Sequencing

    全基因组测序 Whole Genome Sequencing 全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,测定其 ...

  2. PacBio全基因组测序和组装

    PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...

  3. 全基因组测序 从头测序(de novo sequencing) 重测序(re-sequencing)

    全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing). 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序 ...

  4. WGS 全基因组测序数据分析

    1. DNA测序技术 https://www.jianshu.com/p/6122cecec54a 2.FASTA和FASTQ文件格式 https://www.jianshu.com/p/50ff30 ...

  5. 利用ONT测序检测真核生物全基因组甲基化状态

    摘要 甲基化在真核生物基因组序列中广泛存在,其中5mC最为普遍,在真核生物基因组中也有发现6mA.捕获基因组中的甲基化状态的常用技术是全基因组甲基化测序(WGBS)和简化甲基化测序(RRBS),而随着 ...

  6. 如何鉴定全基因组加倍事件(WGD)

    目前鉴定全基因组加倍(whole-genome duplication events)有3种 通过染色体共线性(synteny) 方法是比较两个基因组的序列,并将同源序列的位置绘制成点状图,如果能在点 ...

  7. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  8. 柳叶刀重磅出击!全外显子测序在胎儿结构异常的评估Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective cohort study

    柳叶刀发表的文献解读:Whole-exome sequencing in the evaluation of fetal structural anomalies: a prospective coh ...

  9. 【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

    英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析 期刊:Na ...

随机推荐

  1. VIM 常用快捷键

    一,光标移动 大家不要觉得光标移动不重要,其实它是基础,更好的光标移动,复制,粘贴,删除等才能更加的得心应手,进入了编辑器里面后,鼠标就不能用了. 光标移动 h 或 向左箭头键(←) 20h或者20( ...

  2. python生成器实现杨辉三角

    def triangels(): """ 杨辉三角 """ lst = [1] n_count = 2 # 下一行列表长度 while Tr ...

  3. C# BackgroundWorker组件学习入门介绍

    C# BackgroundWorker组件学习入门介绍 一个程序中需要进行大量的运算,并且需要在运算过程中支持用户一定的交互,为了获得更好的用户体验,使用BackgroundWorker来完成这一功能 ...

  4. iOS简单动画

    知识架构 CALayer 图层类 CABasicAnimation 基础动画 CAKeyFrameAnimation 帧动画 CATransition 转场动画 CAAnimationGroup 动画 ...

  5. 五步教你实现使用Nginx+uWSGI+Django方法部署Django程序

    Django的部署可以有很多方式,采用nginx+uwsgi的方式是其中比较常见的一种方式. 在这种方式中,我们的通常做法是,将nginx作为服务器最前端,它将接收WEB的所有请求,统一管理请求.ng ...

  6. Flexbox布局(转)

    Flexbox布局( Flexible Box 或CSS3 弹性布局),是CSS3中的一种新的布局模式,是可以自动调整子元素的高和宽,来很好的填充任何不同屏幕大小的显示设备中的可用显示空间,收缩内容防 ...

  7. SSAS中事实表中的数据如果因为一对多或多对多关系复制了多份,在维度上聚合的时候还是只算一份

    SSAS事实表中的数据,有时候会因为一对多或多对多关系发生复制变成多份,如下图所示: 图1 我们可以从上面图片中看到,在这个例子中,有三个事实表Fact_People_Money(此表用字段Money ...

  8. 在SQL Server 2005中连接Oracle,完成查询、插入操作

    建立指向Oracle的连接假设Oracle数据库的用户名为test,密码为test,在SQL Server数据库所在服务器上建立的指向Oracle数据库的服务命名为hisorcl.1. 在SQL Se ...

  9. 关于ibatis中mysql的@变量问题作用域、污染问题

    搞了1天,过程不想多说,结论如下: ibatis.net 是有连接池的,用ab.exe 并发测试,可以测出默认的max连接数 ibatis.net的数据操作 xml 中可以用@变量,也就是 Sessi ...

  10. Linux中的命令 make -f 是什么意思

    出处:http://cache.baiducontent.com/c?m=9f65cb4a8c8507ed4fece7631046893b4c4380146d96864968d4e414c422460 ...