将 R 整合到 markdown 中

markdown 易于写入和读取，具有编写报告的必要功能，例如简单的文本格式，嵌入图
片、链接、表、引用、数学公式以及代码块。
虽然在 markdown 中编写纯文本很容易，但是创建具有许多图片和表格的报告却不是
很容易，特别是当图和表是由代码动态生成的时候。R Markdown 是将 R 整合到 markdown
的“杀手锏”级别的应用程序。
更具体地说，我们在本章前面展示的 markdown 都是静态文档。也就是说，它们在编写的过
程中就被确定下来了。但是，R Markdown是R代码和markdown文本的结
合。R 代码的输出可以是文本、表、图像以及交互式的小工具，可以渲染
成 HTML 网页、PDF 文档，甚至是 Word 文档。要了解更多 R Markdown
支持的格式，请访问 http://rmarkdown.rstudio.com/formats.html。
为了创建一个 R Markdown 文档，请单击菜单项，如图 15-7
所示。

图 15-7
如果还没有安装 rmarkdown 和 knitr，RStudio 会自动安装这些
必要的扩展包。然后，编辑标题和作者，并选择默认的输出格式，

如图 15-8 所示。
一个新的 R Markdown 文档就会被创建出来。新文档并非空文档，而是一个演示文档，
内容包括编写文本和嵌入生成的图像的 R 代码的基础知识。在模板文档中，我们可以看到
如图 15-9 所示的一些代码。

图 15-8

图 15-9
这段代码计算了 summary(cars)，并返回一些文本内容，如图 15-10 所示。

图 15-10
上面这段代码执行 plot(pressure)，并生成一幅图。注意，我们可以通过这样的
形式：{r [chunk_name], [options]}设置每段代码的选项。其中[chunk_name]是
可选的参数，用于命名生成的图像；[options]也是可选的，用于指定是否将显示代码在
输出文档中。此外，还可以限定图的宽度和高度等。还有很多可以设置的选项，具体内容
请访问 http://yihui.name/knitr/options/。
渲染文档，只需单击 Knit 按钮，如图 15-11 所示。

图 15-11
当文档被正确保存到硬盘时，RStudio 就会调用函数将文档渲染成到网页。具体来说，
渲染文档需要两个步骤。
1．knitr 模块运行每个代码块的代码，并根据代码块的选项对代码和输出进行相应的
设置，从而将 Rmd 完全渲染成为静态标记文档。
2．pandoc 模块则根据文件开始部分指定的 Rmd 选项，将 markdown 文档渲染成为
HTML、PDF 或 DOCX 文件格式。
当我们在 RStudio 中编辑一个 R Markdown 文档时，可以随时选择生成哪种文件格式，
然后它将自动调用 knitr 模块将文档渲染成 markdown，再运行已经设置了适当参数的 pandoc
模块来生成这种格式的文档。此外，也可以通过使用由 knitr 和 rmarkdown 模块提供的函数
来完成上面这些操作。
在新文档对话框中，我们还可以使用 R Markdown 选择演示文稿并创建幻灯片。由于
编辑文档和创建幻灯片是类似的，这里我们不再详细介绍这个主题。