Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装
直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件
官网:
http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.38.zip
unzip Trimmomatic-0.38.zip
wget http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36.zip
unzip Trimmomatic-0.36.zip
.
├── adapters
│ ├── NexteraPE-PE.fa
│ ├── TruSeq2-PE.fa
│ ├── TruSeq2-SE.fa
│ ├── TruSeq3-PE-2.fa
│ ├── TruSeq3-PE.fa
│ └── TruSeq3-SE.fa
├── LICENSE
└── trimmomatic-0.38.jar
2. 运行软件
一般我们使用默认参数运行即可,具体使用方法可参见官网http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
使用默认参数运行程序:
sudo java -jar trimmomatic-0.36.jar PE \
-phred33 ~/SRR733/SRR2854733_1.fastq ~/SRR733/SRR2854733_2.fastq \
~/SRR733/clsseq/SRR2854733_1_paired.fq ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_1_unpaired.fq \
~/SRR733/clsseq/SRR2854733_2_paired.fq ~/SRR733/clsseq/SRR2854733_2_unpaired.fq \
ILLUMINACLIP:/usr/local/src/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36/adapters/TruSeq3-PE.fa:2:30:10 \
LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 HEADCROP:8 MINLEN:36
运行结果:
Input Read Pairs: 23396043
Both Surviving: 20842668 (89.09%)
Forward Only Surviving: 2537100 (10.84%)
Reverse Only Surviving: 13969 (0.06%)
Dropped: 2306 (0.01%)
TrimmomaticPE: Completed successfully
3. 常用参数说明
PE/SE
设定对Paired-End或Single-End的reads进行处理,其输入和输出参数稍有不一样。
-threads
设置多线程运行数
-phred33
设置碱基的质量格式,可选pred64
ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10
切除adapter序列。参数后面分别接adapter序列的fasta文件:允许的最大mismatch数:palindrome模式下匹配碱基数阈值:simple模式下的匹配碱基数阈值。
LEADING:3
切除首端碱基质量小于3的碱基
TRAILING:3
切除尾端碱基质量小于3的碱基
SLIDINGWINDOW:4:15
从5'端开始进行滑动,当滑动位点周围一段序列(window)的平均碱基低于阈值,则从该处进行切除。Windows的size是4个碱基,其平均碱基
质量小于15,则切除。
MINLEN:50
最小的reads长度
CROP:<length>
保留reads到指定的长度
HEADCROP:<length>
在reads的首端切除指定的长度
TOPHRED33
将碱基质量转换为pred33格式
TOPHRED64
将碱基质量转换为pred64格式
Question: Which truseq trimmomatic adapters file to use when removing truseq adapters?
Trimmomatic过滤Illumina低质量序列的更多相关文章
- fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads
高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data,通常测序公司在将数据返还给客户之前会做"clean"处理,即得到clean_data.然而,这些clean_data是否真的 ...
- RxJava开发精要4 – Observables过滤
原文出自<RxJava Essentials> 原文作者 : Ivan Morgillo 译文出自 : 开发技术前线 www.devtf.cn 转载声明: 本译文已授权开发者头条享有独家转 ...
- 流畅的python--2 序列构成的数组
我们把文本.列表和表格叫做数据火车...FOR命令通常能作用于数据火车上. ---ABC Programmer's Handbook 不管是哪种数据结构,字符串.列表.字节序列.数组.XML ...
- 扩增子分析解读4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表
本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分 ...
- Spring Security 学习笔记-securityContext过滤器过滤链学习
web.xml配置委托代理filter,filter-name默认与filter bean的名字保持一致. <filter> <filter-name>springSecuri ...
- fastx_toolkit软件使用说明
高通量测序数据下机后的原始fastq文件,包含4行,其中一行为质量值,另外一行则为对应序列,我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制,这些过程包括去接头.过滤低质量reads.去除低质量的3'和5 ...
- RNA-Seq数据去接头(Adapter)
1.adapter是一段短的序列已知的核酸链,用于链接序列未知的目标测序片段. 2.barcode,也称为index,是一段很短的寡居核酸链,用于在多个样品混合测序时,标记不同的样品. 3.inser ...
- cutadapt 的安装与使用
cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cu ...
- 扩增子分析QIIME2-4分析实战Moving Pictures
本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点 ...
随机推荐
- mysql分区/分片
一.分区概念 mysql 5.1 以后支持分区, 有点类似MongoDB中的分片概念. 就是按照一定的规则, 将一个数据库表分解成很多细小的表, 这些细小的表可以是物理的分区, 就是在不同的位置. 但 ...
- 2017-2018-1 20155228 《信息安全系统设计基础》第六周学习总结&课下作业
20155228 2017-2018-1 <信息安全系统设计基础>第六周学习总结&课下作业 教材学习内容总结 异常及其种类 异常可以分为四类:中断(interrupt) ,陷阱(t ...
- 取n到m行
取n到m行 . select top m * from tablename where id not in (select top n id from tablename order by id as ...
- MongoDB在windows上的安装
D:\MongoDB\Server\4.0\bin 下载地址:https://www.mongodb.com/download-center/community 中文教程:http://www.run ...
- 13年总结js,css,java xml
--------------------------------------javaScript知识点----------------------------- jQuery对象[Object obj ...
- make: *** /lib/modules/3.10.0-327.el7.x86_64/build: 没有那个文件或目录。 停止。
1.问题: [root@localhost]# make make -C /lib/modules/-.el7.x86_64/build M=/home/csri/poc/adore modules ...
- How to use CAR FANS C800 Diagnostic Scan Tool to do diagnosis operation
How to use Heavy Duty Diagnostic CAR FANS C800 Diagnostic Scan Tool to do diagnosis operation Here i ...
- 关于spark进行实时日志解析,保存hbase与mysql
进行地域分析 rowkey=中国_上海_201901016 value=访问次数 areaStartAmt.foreachRDD(rdd => { rdd.foreachPartition(pa ...
- Linux shell 时间操作(取昨天 前天)
1. 取今天时间 $date -d "now" +%Y-%m-%d 2. 取昨天时间 $date -d "yesterday" +%Y-%m-%d $date ...
- wait与sleep的区别
1.这两个方法来自不同的类分别是,sleep来自Thread类,和wait来自Object类. sleep是Thread的静态类方法,谁调用的谁去睡觉,即使在a线程里调用了b的sleep方法,实际上还 ...