Martini初步

部分内容来自http://jerkwin.github.io/9999/08/01/Martini%E7%B2%97%E7%B2%92%E5%8C%96%E5%8A%9B%E5%9C%BA%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%89%8B%E5%86%8C/

参考了Martini官网的一些内容http://cgmartini.nl/

Martini力场是一种适用于生物分子体系分子动力学模拟的粗粒化(CG, coarse-grain)力场, 该力场采用系统化的方式进行参数化,结合了”自上而下”和”自下而上”两种拟合策略: 非键相互作用基于再现大量化合物在极性和非极性溶剂中分配自由能的实验值（自上而下）, 而键合相互作用则来源于参考的全原子模拟（自下而上）.

Martini模型采用四合一的映射方式, 即平均来说, 将使用一个作用中心来代表四个重原子及与其连接的氢原子. 为了保持模型简洁, 只定义了四种主要的相互作用位点类型: polar(极性), non-polar(非极性, 亲水), apolar(无极性, 疏水), charged(荷电). 每种粒子类型可进一步划分为几种亚型, 这样可以准确地代表分子原子结构的化学本质.

Martini的流程图可以参见，对新人实在是太友好了！http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction/flowchartfile

建立粗粒化蛋白模拟的三个基本步骤:

1. 将全原子蛋白模型转换为粗粒化蛋白模型
2. 生成与粗粒化模型匹配的拓扑文件
3. 在所需要的环境中对蛋白进行溶剂化

Python环境还未配置好，配置好后再写。